Drosophila melanogaster ' de Parkin geni ile etkileşen genomik elementleri̇n negatif jeotaksis ifadesi ile saptanması
Identification of the genomic elements interacting with Parkin gene related negative geotaxis in Drosophila melanogaster
- Tez No: 444618
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 146
Özet
Parkinson hastalığı, genetik altyapısı henüz aydınlatılamamış nörodejeneratif hastalıklardan biridir ve bir lokomotor sistem bozukluğudur. Birçok hastalıkta olduğu gibi Parkinson hastalığında da Mendel kalıtımı ile açıklanamayan idiyopatik formlar bulunmaktadır. Bu durum çoklu genler ile çevresel etmenlerin Parkinsonu açıklayabileceğini düşündürmektedir. Poligenik kavramı birden fazla genin aynı yolağa olan katkısı anlamına gelmekte ve çoğu durumda bu genler epistazi göstermektedir. Buradan hareketle, tez kapsamında, temelde lokomotor davranış bozukluğu olan Parkinson hastalığının erken başlangıçlı formu ile ilişkilendirilmiş PARK2 geninin, genetik çalışmalarda sıklıkla kullanılan model organizma Drosophila melanogaster' deki ortoloğu olan parkin geninin, epistatik etkileşim ağının keşfi hedeflenmiştir. Parkin ile etkileşen genlerin saptanması sonucunda, Parkinson yolağına ilişkin genetik repertuarın genişletilmesine katkı sağlamak amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, lokomotor davranışın yaşa bağlı değişimini saptamak amacıyla, parkin geni mutantı ile bu mutantın kontrolü genomik ilişkilendirmeye olanak tanıyan Drosophila Genetik Referans Paneli (DGRP) soyları ile çaprazlanmıştır. Çaprazlar sonucu oluşan F1 yavru dölleri için, dişi ve erkek olarak, lokomotor davranış bileşeni olan negatif jeotaksis açısından üç farklı yaş grubu (0-15-30 gün yaşı) bakımından fenotipleme gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda varyans analizi (ANOVA) yapılarak genotipler arasındaki farkın, girilen genomlar (DGRP) boyunca önemli değişkenlik gösterdiği saptanmıştır. Daha sonra, ANOVA ların gösterdiği istatistiksel açıdan hayli anlamlı bu genotipxgenotip etkileşimleri temelinde genom boyu ilişkilendirme analizi (GWAS) gerçekleştirilmiştir. GWAS sonucunda, yaygın minör SNP alel frekansı temelinde ortaya çıkan ilişkilenmeler açısından en azından bir tanesi p=10-5olan genetik varyantlar seçilmiştir. 3 farklı yaş grubu için toplamda sırasıyla 115, 81 ve 118 SNP ile ilişkilenen genetik varyant tespit edilmiştir. Bu varyantlar arasında bir çok gen bulunduğu tespit edilmiş ve bu genlerin insanda karşılığı olan ortologları ile birlikte görev aldıkları biyolojik süreçler ve moleküler fonksiyonlarının literatür taraması gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar doğrultusunda bulunan genlerin, lokomotor davranış ve Parkinson hastalığında görülen diğer bozukluklar ile ilgili yolaklarda ve Parkinson benzeri hastalıklarla ilişkili sistemlerde görev aldıkları saptanmıştır. Her yaş grubundaki genler ortak yolaklarda rol almalarına karşın, farklı yaş kategorilerinde genellikle farklı genlerin iş gördüğü anlaşılmaktadır. Sonuç olarak, tez kapsamının amacını oluşturan parkin geninin olası epistatik etkileşim ağına önemli bulgular elde edildiği düşünülmektedir. Bu olası ilişkiler ağında rol alan genler arasında, Drosophila lokomotor davranış genetik repertuarını genişleten pek çok yeni gen bulunmakta ve bu genlerin Parkinson hastalığının karmaşık genetiğini anlamaya önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Parkinson is a neurodegenerative disease and locomotor system failure with largely unknown genetic basis. As with many other diseases, Parkinson has idiopathic forms that cannot be explained by simple Mendelian inheritance. Thus it is thought that many genes might be contributing to Parkinson, which means Parkinson might be a complex disease. When many genes affect the value of a trait has, those genes are usually function in the same pathway or complex of pathways in which case epistasis is the normal functional aspect of the system. Here in this thesis study, it is aimed at finding the epistasis of a Drosophila locomotor behavior related gene, parkin. This Drosophila gene is an ortholog of the gene, PARK2, which is thought to contribute to the juvenile form of Parkinson disease. The goal of the thesis was, after having found the genes interacting with parkin, to enlarge the genetic repertoire for Parkinson related pathways. At first, a mutant of parkin and its control were crossed with Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP) lines. These lines comprise a mapping population and allow genome wide associations of any trait of interest. The F1 offspring obtained from the crosses were phenotyped for a locomotor behavior component, negative geotaxis, for three different age classes (as 0-15- 30 days of ages) for each sex. The negative geotaxis data were then analyzed by ANOVAs and it was found that phenotypic difference between parkin and its control varied significantly across the genomes (DGRPs) into which these genotypes were introduced. This indicated strong epistasis i.e. genetic contributions (genotype x genotype interactions) from across the genome to the phenotypic expression of the parkin. Hence a GWAS was designed, accordingly to assume the parkin-control differences as mean trait values in the model. Regarding the association threshold of p
Benzer Tezler
- Drosophila melanogaster'de parkin geni ile etkileşen ve lokomotor davranışı etkileyen genlerin genomik ilişkilendirme modeliyle saptanması
Determination of the genes underlying locomotor behavior and interacting with the parkin gene by using a genom wide association model of Drosophila melanogaster
DAMLA AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de lokomotor aktiviteyle açlık direnci arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of relationship between locomotor activity and starvation resistance in drosophila melanogaster
CANSU AYDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de larval ve ergin dönem besin kısıtlamasının ömür uzunluğu üzerine etkisinin araştırılması
The effect of dietary restriction at larval and adult stage on life span in Drosophila melanogaster
PINAR GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de coğrafi ve mevsimsel diyapoz değişimi ve insülin-benzeri reseptör (InR) polimorfizmi ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of geographical and seasonal diapause and relation to insulin-like receptor (InR) polymorphism in Drosophila melanogaster
BENGİSU SEZEN SUBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BANU ŞEBNEM ÖNDER
- Drosophila melanogaster'de gelişim biyolojisi üzerine bazı antidepresanların etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of some antidepressants on development in Drosophila melanogaster
ALPER ORHAN