Geri Dön

Antepfıstığından geliştirilen EST-SSR markörler ile pistacia türlerinin filogenetik analizi

Phylogenetic analysis of pistacia species by EST-SSR markers developed in Pistacia vera L.

PDF İndir

  1. Tez No: 453435
  2. Yazar: HARUN KARCI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 122

Özet

Bu çalışmanın amacı, yeni genik basit dizi tekrar (EST-SSR) markörleri gelirtirmek ve Pistacia türleri arasındaki filogenetik ilişkileri belirlemektir. RNA sekanslaması P. vera türüne ait Siirt ve Atlı çeşitlerinin farklı organlarından alınan örneklerden yapılmıştır. Birleştirme analizi sonucunda yaklaşık 37.5 Mb veri birleştirilmiştir. Toplam 98,831 contig ve unigen elde edilmiştir. N50 değeri 1,333 olarak hesaplanmıştır. Ayrıca toplam 14,308 di-, tri-, tetra-, penta- and hekza-nükleotit SSR motif belirlenmiş ve en yoğun bulunan SSR motif tekrarları tri-nükleotit (%29.54), di-nükleotit (%24.06), hekza-nükleotit (%20.67), penta-nükleotit (%18.88) and tetra-nükleotit (%6.85) olarak belirlenmiştir. Toplam 250 adet primer çifti dizayn edilmiş ve 8 Pistacia türünde test edilmiş ve 233 genik SSR lokusu en az bir adet Pistacia türünde bant vermiştir. Toplam 233 EST-SSR primeri toplam 10 adet Pistacia türüne ait 11 adet P. vera çeşidi ve 78 adet yabani Pistacia genotipinin kapiler elektroforezi yapılmış ve tüm türlerde amplifiye olan polimorfik 82 adet EST-SSR lokusu belirlenmiştir. Bant veren polimorfik EST-SSR lokusları içerisinden kolay skorlanabilen toplam 55 adet EST-SSR lokusu seçilmiş ve 10 türe ait (P. vera, P. khinjuk, P. eurycarpa, P. atlantica, P. mutica, P.integerrima, P. chinensis, P. terebinthus, P. palaestina ve P. lentiscus) 89 genotipte ilk kez karakterizasyonu yapılmıştır. Toplam 89 genotipin genetik çeşitlilik, kümeleme (UPGMA) ve yapısal (STRUCTURE) genetik analizleri yapılmıştır. Genetik çeşitlilik analiz sonucunda 434 allel elde edilmiş ve ortalama allel sayısı Na=7.89 olmuştur. Tüm Pistacia genotipleri için ortalama etkili allel sayısı Ne=3.40 olarak hesaplamıştır. Ortalama gözlenen heterozigotluk Ho=0.39, ortalama beklenen heterozigotluk He=0.65 ve polimorfizm bilgi içeriği PIC=0.61 olarak saptanmıştır. Soyağacı ve yapısal genetik analizleri sonucunda 7 alt grup oluşmuş ve P. vera'ya en yakın tür P. khinjuk olmuştur. P. eurycarpa ise P. atlantica'ya daha yakın bulunmuştur. P. atlantica-P. mutica ve P. terebinthus-P. palaestina türleri türleri arasında net bir ayrım olmamış ve bu nedenle aynı tür oldukları belirlenmiştir. Bu çalışmada EST-SSR markörlerinin Pistacia tür ve çeşitlerinin karakterizasyonu ile genetik haritalama ve QTL çalışmalarında kullanılabileceği belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, we aimed to develop new genic simple sequence repeat (EST-SSR) markers and to study phylogenetic relationship among Pistacia species. Transcriptome sequencing was performed in different tissues of Siirt and Atlı cultivars of pistachio (P. vera). A total of about 37.5 Mb data was used in the assembly. The number of total contig and unigene was calculated as 98,831 and the length of N50 was 1,333 bp after assembly. A total of 14,308 di-, tri-, tetra-, penta- and hexa-nucleotide SSR motifs (4-17) were detected and the most abundant SSR repeat types were tri-nucleotide (%29.54), di-nucleotide (%24.06), hexa-nucleotide (%20.67), penta-nucleotide (%18.88) and tetra-nucleotide (%6.85) respectively. Overall 250 primer pairs were selected randomly and tested in eight Pistacia species for amplification. Of them, 233 were generated PCR products at least one of the Pistacia species. A total of 55 primer pairs that had amplification in all tested Pistacia species were used to characterize 11 P. vera cultivars and 78 wild Pistacia genotypes belonging to nine Pistacia species (P. khinjuk, P. eurycarpa, P. atlantica, P. mutica, P.integerrima, P. chinensis, P. terebinthus, P. palaestina ve P. lentiscus). A total of 434 alleles were generated from 55 polymorphic EST-SSR loci with an average of 7.89 alleles per locus. A mean number of effective alleles was 3.40 per locus. Polymorphism information content (PIC) was 0.61, while observed (Ho) and expected heterozygosity (He) values were 0.39 and 0.65, respectively. UPGMA and STRUCTURE analysis divided 89 Pistacia genotypes into seven populations. The closest species to P. vera was P. khinjuk. P. eurycarpa was closer P. atlantica than P. khinjuk. P. atlantica-P. mutica and P. terebinthus-P. palaestina pairs of species were not clearly separated from each other and they were suggested as the same species. The present study demonstrated that EST-SSR markers can be used in the characterization and phylogenetic analysis of Pistacia species and cultivars as well as genetic linkage mapping and QTL analysis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    513436

    Antepfistığı (Pistacia vera L.) çeşitlerinin genomik-SSR and EST-SSR markörleri ile karakterizasyonu

    Characterization of pistachio (Pistacia vera L.) with genomic-SSR and EST-SSR markers

    MEDERBEK ZHAANBAEV

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  2. Tez No

    178065

    Antepfıstığında mikrosatellit primerlerin geliştirilmesi ve diğer Pistacia türlerinde kullanılma durumlarının belirlenmesi

    Development of microsatellite markers in pistachio and their transferability to other Pistacia species

    SIDIKA NEZİHE ZALOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  3. Tez No

    453424

    Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması

    Development of novel SSR markers by next generation sequencing and constructon of the first SSR linkage referance maps in Pistachio

    MORTAZA KHODAEIAMINJAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  4. Tez No

    181954

    Antepfıstığında sıcaklığın çıtlama üzerine etkilerinin saptanması üzerine bir araştırma

    A research on determınatıon of the effects of temperature on crackıng in pıstachıo

    HASAN İHSAN CEM BİLİM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Tarım Makineleri Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. REFİK POLAT

  5. Tez No

    285231

    Antep fıstığı SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin geliştirilmesi

    Development of new ISSR primers from pistachio SSR loci

    ÖZNUR KARADUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

Geri Dön