Geri Dön

Model membranların moleküler simülasyonu

Molecular simulation of model membranes

PDF İndir

  1. Tez No: 455663
  2. Yazar: YENAL GÖKPEK
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. METİN BİLGE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Tüm canlı hücrelerde bulunan biyolojik membranlar yaşamın devamını sağlayan hayati yapılar olmakla birlikte canlı yapıların canlı kalabilmelerini sağlayan etmenlerden biridir. Hücrelerin dış sınırları ile hücre içi organelleri ayıran bariyer görevi yapan ince tabakalardır. Bu nedenle bu yapıların fonksiyonlarının belirlenmesi oldukça önemlidir. Model membran sistemlerinde sıcaklığın ve sisteme dahil edilen ilaç-aktif madde miktarının membran sisteminin özelliklerini ve davranışını değiştirdiği bilinmektedir. Tüm bu nedenlerle bu çalışmada amacımız dipalmitol fosfatidilkolin (DPPC) moleküllerinden oluşan membran sistemi oluşturmak ve su içerisinde farklı sıcaklıklarda enerji minimizasyonu gerçekleştirmektir. Bu amaç doğrultusunda önce tek bir DPPC molekülü ele alınarak yapısı yoğunluk fonksiyonel teorisi yöntemlerinden B3LYP/6-31G(d) ile gaz fazında ve su ortamında, Gaussian programı kullanılarak incelenmiştir. Molekülün geometrik parametreleri, titreşim frekansları ve elektriksel bant aralığı gibi özelliklerin yanında, çözücü etkisi de değerlendirilmiştir. Daha sonra yetmiş iki DPPC molekülünden oluşan çift katmanlı yapı su ortamına yerleştirilip moleküler dinamik yöntemler kullanılarak NAMD programı ile ele alınmıştır. Lipit başına düşen alan ve membran kalınlığı gibi çift katmana ait özellikler hesaplanmış ve literatürdeki değerlerle karşılaştırılmıştır. Gerçek biyolojik membranların yapılarının kompleks olması sebebiyle bir veya daha fazla lipit türünden meydana gelen model membranlar üzerinde araştırma yapmak, bu yapılar hakkında fiziksel bilgiler elde etmede, hastalıkların sebebini bulmada ve tedavide ilaç-lipit etkileşim mekanizmasını anlamada yeni ufuklar açabilir.

Özet (Çeviri)

Biological membranes, which could be found in all living cells, are a vital part of the living structure and a factor that keeps a living structure alive. They act as a thin barrier that seperate the outer media from the inner organelles. For this reason, determining the functions of these structures is highly important. In model membrane systems, it is known that temperature and amount of drug-active agents change the properties and behaviour of the structure. Considering all these reasons, the purpose of this study is to create the membrane system from dipalmitoyl phosphatidylcholine (DPPC) molecules in water and to carry out the energy minimisation of this membrane system. In accordance with this purpose, a single DPPC molecule is studied with the method B3LYP/6-31G(d) of density functional theory in gas phase and water medium, with Gaussian programme. Some properties like geometrical parameters, vibrational frequencies and electrical band gap are calculated and effect of solvent is evaluated as well. Afterwards, a bilayer created from seventy two DPPC molecules put into water medium and calculated via molecular dynamic methods using NAMD programme. Some properties like area per lipid and membrane thickness are calculated and compared with literature. Due to the complexity of real biological membranes, studying model membranes created from one or more lipid types can path way to obtain physical informations about these systems, to discover the reasons of multiple diseases and to understand the drug-lipid interaction for treatment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    23569

    Pattern formation of two-dimensional model phospholipid molecules by molecular dynamics simulation

    Moleküler dinamik simulasyon ile iki boyutlu model fosfolipid moleküllerin yapı oluşturmalarının incelenmesi

    MİNE YURTSEVER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1992

    KimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. JÜRGEN BRİCKMANN

  2. Tez No

    789280

    Molecular dynamics study of the interactions between thymoquinone and lipid bilayers

    Timokinon ve çift tabakalı lipit etkileşiminin moleküler dinamik çalışması

    ESRA ÜLGEY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NAZAR İLERİ ERCAN

  3. Tez No

    593251

    High throughput screening of mof membranes and mof/polymer mixed matrix membranes: Best materials for flue gas separation

    Mof membranların ve mof/polimer karışık yataklı membranların yüksek çatılı hesaplaması: Baca gazı ayırımı için en iyi malzemeler

    HİLAL DAĞLAR HARMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDA KESKİN AVCI

  4. Tez No

    313577

    Molecular modeling of mof membranes and polymer/MOF mixed matrix membranes for gas separations

    Gaz ayırımları için mof membranların ve polimer/MOF karışık yataklı membranların moleküler modellenmesi

    İLKNUR ERUÇAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SEDA KESKİN AVCI

  5. Tez No

    855293

    Olefin/paraffin separation in polymer/mof mixed-matrix membranes

    Polimer/mof karışık-matris membranlarda olefin/parafin ayrımı

    ELİF BEGÜM DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET GÖKTUĞ AHUNBAY

    PROF. DR. GUILLAUME MAURIN

Geri Dön