Pattern formation of two-dimensional model phospholipid molecules by molecular dynamics simulation
Moleküler dinamik simulasyon ile iki boyutlu model fosfolipid moleküllerin yapı oluşturmalarının incelenmesi
- Tez No: 23569
- Danışmanlar: PROF. DR. JÜRGEN BRİCKMANN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Fosfolipidler, Fosfolipid Membranlar, Model Membranlar.Yapı Oluşumu.Moleküler Dinamik Simulasyonu.Kompütür Simulasyonu, Phospholipids, Phospho!ipid Membranes, Model Membranes, Pattern Formation.Molecular Dynamics Simulation.Computer Simulation
- Yıl: 1992
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
öz MOLEKÜLER DİNAMİK SİMULASYONU İLE İKİ BOYUTLU MODEL FOSFOLİPİD MOLEKÜLLERİNİN YAPI OLUŞTURMALARININ İNCELENMESİ YURTSEVER, Mine Doktora Tezi, Kimya Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Prof.Dr.Jürgen BRICKMANN Yardımcı Tez Yöneticisi:Prof.Dr.H.Önder PAMUK Şubat, 1992,86 sayfa. Bu çalışmada fosfolipid membranlar için bir model önerilmiştir. Bu modelle gerçek membranların gösterdiği bazı temel özellikler ve davranışlar incelenmiştir. Bu özelliklerden bazıları model parametrelerine bağlı olarak değişik yapılar oluşturmaları, faz geçişleri ve membranın yapısında bulunan diğer moleküllerle olan etkileşmesi sonucu yapıda meydana gelen değişikliklerdir. Bu özellikler moleküler dinamik simulasyon metodu ile çalışılmıştır. Membranların. yapısında bulunan diğer moleküllerle ve çevresi ile olan etkileşmeleri genellikle membranların yüzeyinde olduğundan,fosfolipid baş gruplarının oluşturduğu yüzey iki boyutlu bir model olarak çalışılmıştır. Baş grupları arasındaki etkileşmeler Lennard-Jones ve Coulomb tipi etkileşmelerdir. Sistem parametreleri seçildikten sonra yüzeydeki yapı oluşumları ve faz geçişleri sıcaklığın bir fonksiyonu olarak çalışılmıştır. Farklı parametre setleri arasında ilişki kuran matematiksel bir formülasyon geliştirilmiştir. Bu formülasyon, çalışılacak sistemlerin parametrelerini tayin etmede büyük kolaylık sağlamaktadır. Son olarak yüzeye yabancı bir molekül eklenerek, bu molekülün yüzeye ve faz geçiş sıcaklığına olan etkisine bakılmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PATTERN FORMATION OF TWO-DIMENSIONAL MODEL PHOSPHOLIPID MOLECULES BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION YURTSEVER,Mine Ph.D in Chemistry Supervisor.-Prof.Dr.Jürgen BRICKMANN Co-Supervisor:Prof.Dr.H.Önder PAMUK Februarys 992,86 pages. In this work, we aim to present a model for phospholipid monolayers that attempts to illustrate some basic characteristics of lipid membranes such as pattern formation and phase transitions as a function of characteristic system parameters and interaction with a foreign molecule in the membrane by employing the molecular dynamics simulation technique. Since interactions which cause structural changes usually occur in the head group region of the membrane, a quasi three-dimensional model is developed to represent the surface formed by the head group of the phospholipid molecules. Interactions between the parts of the different head groups are taken as Lennard-Jones and Coulomb type. After establishing a iiiset of system parameters, pattern formation and phase transitions are studied as functions of the temperature. A scaling argument is used to relate different regions of the parameter space. Finally a bulky molecule (Gramicidin-A like) is placed into the model surface layer and changes in the transition temperature due to its presence are investigated.
Benzer Tezler
- Normal ve patolojik eritrosit zarlarının lipit ve protein paternlerinin belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
AHMET KILINÇ
- Küt cisimlerde sürüklenme kuvvetinin azaltılması için kilitlenmiş girdap oluşumlarının deneysel yöntemlerle araştırılması
Başlık çevirisi yok
ŞEREF ERKARA
Doktora
Türkçe
1997
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. ZEKİ ERİM
- İstanbul topografyası üzerine görsel bir inceleme
Başlık çevirisi yok
SEZER BAHTİYAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. K. FERHAN YÜREKLİ
- Düzgün yayılı yük etkisindeki betonarme plakların sonlu elemanlar yöntemi ile doğrusal olmayan hesabı
Finite elements method for the non-linear analysis of reinforced concrete plates subjected to uniformly distributed loads
KUTLU DARILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiYapı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAHİT KUMBASAR
- The interfacial dynamics of Amari type neural field models on finite domains
Sınırlı alanlarda Amari tipi nöral alan modellerinin arayüz dinamikleri
AYTÜL GÖKÇE
Doktora
İngilizce
2017
MatematikThe University of NottinghamMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. STEPHEN COOMBES
DOÇ. DR. DANIELE AVITABILE