Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde yeni bir viroid türü: Australian grapevine viroid
A new viroid species in autochthonous grapevine varieties in the vineyards of Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions: Australian grapevine viroid
- Tez No: 456490
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Asma, viroid, Apscaviroid, AGVd, Grapevine, viroid, Apscaviroid, AGVd
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 39
Özet
Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu Bölgeleri'nde yerli asma varyeteleriyle kurulmuş yaşlı bağlardan, temmuz ayında yeşil yapraklı sürgün ve geç ağustos-eylül aylarında bir yaşlı odun çelikleri toplanmıştır. Örnekleme çalışması virüs ve virüs-benzeri hastalık belirtisi taşıyan ve sağlıklı görünüşlü asmalardan tesadüfi olarak yapılmıştır. Odun çelikleri (20-30 cm, 3-4 göz) sera ortamında köklendirilmiştir. Toplam 200 adet örnekten toplam nükleik asit izolasyonu ve cDNA sentezi yapılmıştır. Hazırlanan cDNA'lar Avustralya asma viroid (Australian grapevine viroid, AGVd) için hazırlanmış primer dizinleriyle PCR ile testlenmiştir. Testlenen örneklerin 7 tanesinde 369 bç büyüklüğünde AGVd DNA bantları elde edilmiştir. Beş örnekten alınan PCR DNA'ların doğrudan dizilemesi iki yönlü olarak yaptırılmış ve MEGA 6.0 yazılımıyla yapılarak gen bankasında kayıtlı yüksek benzerlik gösteren viroid nükleotid dizileriyle karşılaştırılmıştır. Türk AGVd izolatları Gen Bankasına kaydedilmiştir (Gen bankası erişim no: KY114492 - KY114496). Neighbor-joining (NJ) yöntemiyle hazırlanmış filogenetik ağaç üzerinde Türk (TR) AGVd izolatları birbirlerine yakın pozisyonda, aynı grupta yer alırken, TR179 ve TR189 izolatları farklılık göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Green shoots in july and one-year old dormant cuttings in late august-september were collected from old vineyards with autochthonous grapevine cultivars in the Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions. Sampling was randomly made from healthy- and diseased-looked plants. Woody cuttings (20-30 cm in length, 3-4 buds) were rooted in greenhouse conditions. Nucleic acid isolation was done from a total of 200 plant samples followed by cDNA synthesis. Prepared cDNA's were subjected to PCR analysis with primer stes specific to Australian grapevine viroid (AGVd). Of the seven samples, DNA bands at 369 bp in size were obtained. PCR DNA's from five samples were sequenced in two directions and blastn analysis was performed in MEGA 6.0 software to retrieve the homologous nucleotides in GenBank. Nucleotide sequences of five samples were registered in GenBank (GenBank acc.no: KY114492 - 114496). Phylogenetic tree prepared by Neighbor-joining (NJ) method showed that Turkish (TR) AGVd isolates were grouped in one cluster except TR179 and TR189 with minor changes in their nucleotides.
Benzer Tezler
- Doğu akdeniz ve güneydoğu anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde bazı vıtıvırus (GVA, GVB) ve nepovirus (GFLV) grubu virüslerin genetik çeşitliliğinin araştırılması
Studies on genetic diversity of some viruses in the genus vitivirus (GVA, GVB) and nepovirus (GVFL) in autochthonous grape varities the vineyards in eastern mediterranean and southeast anatolia regions
SELİN CEREN BALSAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde asma yaprak kıvırcıklık ilişkili virüs-2 (GLRaV-2)'ün genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Molecular diversity of Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2) in autocthonous grapevine varities in Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions
MERVE YAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. NİHAL BUZKAN
- Future changes in hourly extreme precipitation, return levels, and non-stationary impacts in Türkiye
Türkı̇ye'de saatlı̇k aşırı yağışlarda gelecektekı̇ değı̇şı̇mler, tekerrür miktarı ve durağan olmayan etkı̇ler
KUTAY DÖNMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YURDANUR ÜNAL
- Güneydoğu Anadolu'da Ubaid kültürü
Ubaid culture in Southeast Anatolia
MEHMET KAAN UĞUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ArkeolojiDokuz Eylül ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET UHRİ
- Investigating effects of better soil moisture initialization on forecasting capability with WRF model
Başlangıç koşullarında daha iyi toprak nemi kullanılmasının WRF modeli ile tahmin kapasitesi üzerindeki etkilerinin incelenmesi
ŞULE HALİLOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ ÖNOL
DOÇ. DR. MERAL DEMİRTAŞ