Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde asma yaprak kıvırcıklık ilişkili virüs-2 (GLRaV-2)'ün genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Molecular diversity of Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2) in autocthonous grapevine varities in Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions
- Tez No: 473146
- Danışmanlar: PROF. NİHAL BUZKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 45
Özet
Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu Bölgelerinde bağcılığın yaygın olduğu alanlarda, otokton (yerli) asma varyetelerinde Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2)' nin bulunma durumu ve izolatlarının genetik çeşitliliği araştırılmıştır. Araştırma materyali olarak önceki çalışmalarda toplanmış ve -20 oC'de depolanmış yeşil örnekler ile sera koşullarında sürdürülmüş köklü çelikler kullanılmıştır. GLRaV-2 tanılaması için toplam nükleik asit (TNA) izolasyonu yaprak ve yaprak saplarından, silika yakalama yöntemiyle yapılmıştır. İki aşamalı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) virüse spesifik hazırlanmış primer dizinleri (LR-2F/LR-2R) kullanılarak uygulanmıştır. Testlenen toplam 206 adet asma örneğinden 4 tanesinde GLRaV-2 primerleriyle 543bç büyüklüğünde DNA bantları gözlenmiştir. PCR DNA'larının doğrudan çift yönlü dizinleri CLUSTALW ile hizalanmış, Blastn ile gen bankasında kayıtlı GLRaV-2 izolatlarıyla çoklu karşılaştırması yapılmıştır. Asmadan izole edilen Türk GLRaV-2 izolatlarının nükleotid dizilerinin, gen bankasında kayıtlı diğer GLRaV-2 izolatlarıyla %99'a varan benzerlik taşıdığı belirlenmiştir. MEGA 6 yazılımında neighbour-joining metodu kullanılarak tüm izolatlarla hazırlanan filogenetik ağaç üzerinde, Türk LR-2 izolatları Polonya (JN865253.1), İtalya izolatına yakın pozisyonda yer almıştır (DQ314603.1) ve Güney Afrika (AY881628.1)'dan izole edilen LR-2 izolatlarına yakın pozisyonda yer almıştır.
Özet (Çeviri)
In this research, prevelance and molecular diversity of Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2) was investigated in autochthonous grapevine varieties in major viticultural areas of Eastern Mediterranean and South-east Anatolia regions. Research materials were green tissues stored at -20 oC and greenhouse-forced rooted cuttings from previous research. Leaf and petiole were used for total nucleic acid (TNA) isolation with silica capture method in GLRaV-2 detection. Two step polymerase chain reaction (PCR) was performed with virus-specific primers (LR-2F/LR-2R). Four out of 206 tested grapevine samples resulted positive in PCR and gave a DNA band of 543 bp in size. PCR DNAs were sequenced in two directions, aligned with CLUSTALW and analysed in Bastn for multiple comparison of other isolates in gene bank. Nucleotide sequence of the Turkish LR-2 isolates from grapevine showed 99% of identity with those from other LR-2 isolates. The Turkish LR-2 isolates were closely related to other isolates from Poland (JN865253.1), Italy (DQ314603.1) and South Africa (AY881628.1) in the phylogenetic tree prepared with neighbour-joining method in MEGA 6.
Benzer Tezler
- Doğu akdeniz ve güneydoğu anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde bazı vıtıvırus (GVA, GVB) ve nepovirus (GFLV) grubu virüslerin genetik çeşitliliğinin araştırılması
Studies on genetic diversity of some viruses in the genus vitivirus (GVA, GVB) and nepovirus (GVFL) in autochthonous grape varities the vineyards in eastern mediterranean and southeast anatolia regions
SELİN CEREN BALSAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde yeni bir viroid türü: Australian grapevine viroid
A new viroid species in autochthonous grapevine varieties in the vineyards of Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions: Australian grapevine viroid
DÖNE KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Future changes in hourly extreme precipitation, return levels, and non-stationary impacts in Türkiye
Türkı̇ye'de saatlı̇k aşırı yağışlarda gelecektekı̇ değı̇şı̇mler, tekerrür miktarı ve durağan olmayan etkı̇ler
KUTAY DÖNMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YURDANUR ÜNAL
- Güneydoğu Anadolu'da Ubaid kültürü
Ubaid culture in Southeast Anatolia
MEHMET KAAN UĞUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ArkeolojiDokuz Eylül ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET UHRİ
- Investigating effects of better soil moisture initialization on forecasting capability with WRF model
Başlangıç koşullarında daha iyi toprak nemi kullanılmasının WRF modeli ile tahmin kapasitesi üzerindeki etkilerinin incelenmesi
ŞULE HALİLOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ ÖNOL
DOÇ. DR. MERAL DEMİRTAŞ