Salmonella enterica kökenlerinin virulans faktörleri ile antibiyotik direncinin moleküler olarak incelenmesi ve kökenler arasındaki klonal ilişkilerin belirlenmesi
Investigation of virulence factors and antibiotic resistance of Salmonella enterica strains by using molecular techniques and identification of clonal relationships among the strains
- Tez No: 457326
- Danışmanlar: PROF. DR. HAMDİ MURAT TUĞRUL, PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Çalışmamızda Salmonella'ların virulansında etkili olan faktörlerin genetik boyutunu araştırmak, son yıllarda ortaya çıkan çoklu ilaç dirençli kökenlerin antibiyotik direncinde etkili olan genleri ve üzerilerinde taşındıkları plazmitleri saptamak son olarak da kökenler arası klonal ilişkileri belirlemek amaçlandı. Salmonella Patojenite Adası-1'de bulunan invA, sipA, sipD, sopB, sopD, sopE2, Salmonella Patojenite Adası-2'de bulunan ssaR, sifA ile plazmit üzerinde bulunan spvB, prot6E klasik virulans genleri polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre ampisiline dirençli ya da orta düzey direnç gösteren yedi kökende beta laktam direncinden sorumlu TEM-1, SHV-1 ve CTX-M-1 genleri ve plazmit aracılı kinolon direncinden sorumlu qnrA1, qnrB1, qnrS1 genleri ile trimetoprim-sulfometoksazol kombinasyonuna direnç gösteren bir kökende sulfonamid direncinden sorumlu sulI, sulII genleri araştırıldı. Direnç gelişimi ve aktarımında önemli bir yer tutan plazmitlerin varlığı ve kökenler içindeki dağılımı polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı replikon tiplendirmesi ile belirlendi. Kökenler arasındaki klonal ilişki Pulsed Field Jel Elektroforezi yöntemi ile araştırıldı. Araştırılan yedi kökenden üçünde blaTEM-1, altısında, blaSHV-1, birinde blaCTX-M-1, beşinde qnrS1 ve birinde qnrB1 geni saptandı. Trimetoprim-sulfometoksazol dirençli kökende sulI geni bulunurken, sulII geni bulunmadığı gözlendi. Kökenlerin birinde TEM-1 ve qnrS1, ikisinde SHV-1 ve qnrS1, birinde TEM-1, SHV-1, CTX-1 grubu ve qnrS1, birinde TEM-1, SHV-1 ve qnrB1, birinde SHV-1 ve sulI genleri birlikte saptandı. 50 kökende 25 replikonun araştırılması sonucunda, kökenlerin tümünde (%100) FIIS, 13'ünde (%26) I1, birinde I2 (%2), dördünde (%8) P, birinde (%2) A/C ve dördünde (%8) X1 replikonu saptandı. 50 adet Salmonella kökeninden 46'sı pulsed field jel elektroforezi ile tiplendirilebildi ve kökenlerin dendogramında sekiz küme, 25 özgül profil ve 33 pulsotip saptandı. Tüm kökenlerin hem SPA-1 hem de SPA-2'deki klasik virulans faktörlerinin tümüne sahip olduğu bu nedenle kökenlerimizin patojenik potansiyellerinin yüksek olduğu ve antibiyotik dirençli kökenlerin ilgili direnç genlerinden en az birini taşıdığı bu nedenle antibiyotik direnci açısından fenotip genotip ilişkisinin var olduğu söylenebilir.
Özet (Çeviri)
In this study we aimed to reveal the factors that effect virulence of Salmonella, to identify the antibiotic resistance genes and plasmids that confer to resistance to several antibiotics in multidrug resistant strains and to determine clonal relationship between the strains. InvA, sipA, sipD, sopB, sopD, sopE2 virulence genes located in Salmonella Pathogenicity Island-1, ssaR, sifA genes located in Salmonella Pathogenicity Island-2 and spvB, prot6E genes that are carried on plasmids are investigated by using polymerase chain reaction. According to antibiotic susceptibility results seven strains which are resistant or showing intermediate resistance to ampicillin were analyzed for the presence of TEM-1, SHV-1, CTX-M-1 beta lactam resistance genes and qnrA1, qnrB1, qnrS1 plasmid mediated quinolone resistance genes. Also one strain which is resistant to trimetoprim-sulfometoxazol combination was assayed for the presence of sulI and sulII sulfonamide resistance genes. Distribution and frequency of the plasmids among the strains that are responsible for the antibiotic resistance were investigated with plasmid based replicon typing. Moreover pulsed field gel electrophoresis was conducted in order to reveal the clonal relationship within the strains. Among the seven strains, blaTEM-1 was found in three, blaSHV-1 was found in six, blaCTX-M-1 was found in one, qnrS1 was found in five and qnrB1 was found in one strain. Trimetoprim-sulfometoxazol resistant strain was found as positivite to presence of sulI whereas negative to sulII. In addition, in one strain TEM-1 and qnrS1, in two strain SHV-1 and qnrS1, in one strain TEM-1, SHV-1, CTX-M-1 and qnrS1, in one strain TEM-1, SHV-1 and qnrB1 and in one strain SHV-1 and sulI genes were detected together. Plasmid based replicon typing assay demonstrated that among the 50 strains all carried FIIS (100%) 13 (26%) carried I1, one (2%) carried I2, four (8%) carried P, one (2%) carried A/C and four (8%) carried X1 replicon. 46 out of 50 strains were typed by using pulsed field gel electrophoresis. 46 strains were classified into eight major clusters, 33 pulsotypes and eight different clusters Experiments revealed that all strains carrying all virulence genes located on both Salmonella Pathogenicity Island 1-2, and plasmids suggested high potential of pathogenicity. In addition, all antibiotic resistant starins carried at least one of the resistance genes of interest indicating phenotype-genotype association in antibiotic resistance.
Benzer Tezler
- Klinik salmonella izolatlarında antimikrobiyal duyarlılık profilinin, virülans genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of antimicrobial susceptibility profile,virulence genes and epidemiological relationship of clinical salmonella isolates
YAMAÇ TEKİNTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE HOŞGÖR LİMONCU
- Salmonella serotiplerinde plazmit profillerinin araştırılması
Plasmid profile analysis of salmonella serotypes
MEHSETİ BAYRAMOVA
Doktora
Türkçe
2007
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BİRSEL ERDEM
- Spontane fermente et ürünleri: Laktik asit bakterilerinin muhtemel starter kültür olarak izolasyonu ve karakterizasyonu
Spontaneously fermented meats: Isolation and characterization of lactic acid bacteria as possible starter cultures
MERVE ECE ARABACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP DİLEK HEPERKAN
- İstanbul sokak köpeklerinin dışkı florasının, barsak parazitlerinin araştırılması ve çocuk parklarındaki kumların dışkı ile kontaminasyonundaki rollerinin incelenmesi
Detection of fecal flora and enteric parasites of dogs and their role in contamination of sand in play areas in Istanbul
GÖKHAN ŞENGÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. YAŞAR ALİ ÖNER
- Salmonella enterica serovar Typhimurium marT mutantlarının biyofilm oluşturma özellikleri açısından doğal tip s. Typhimurium 14028 ile karşılaştırılması
The comparision of Salmonella enterica serovar Typhimurium marT mutants and wild type s. Typhimurium 14028 according to their biofilm production abilities
BURCU YENER İLÇE
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NEFİSE AKÇELİK