Predictive analysis of conditional epigenetic variability
Koşula bağlı epigenetik varyasyonların tahminsel analizi
- Tez No: 461040
- Danışmanlar: PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Genetik, Biostatistics, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 155
Özet
DNA metilasyonu, transkripsiyonel regülasyon, hücre farklılaşması ve genomik tanımlanmada işlev gördüğü için en çok çalışılan epigenetik mekanizmalardan biridir. Bozulmuş, anormal DNA metilasyon örüntüleri, Alzheimer, Parkinson ve çeşitli kanserler gibi birçok karmaşık hastalığın en belirgin özelliklerinden biridir. Spesifik olarak, metilasyon örüntülerinin genel kaybı ve metilasyon örüntülerinin promotör-spesifik kazanımının karsinogenez ve tümörlerin adaptasyonu için epigenetik manzarayı şekillendirdiği tespit edilmiştir. Literatürde hastalıkla ilişkili diferansiyel metilasyon bölgeleri yoğun bir şekilde çalışılmış olmakla birlikte, anormal DNA metilasyon bölgelerinin ortak özelliklerini ve bu bölgelerin olu¸sumuna yol açan mekanizmaları sistematik olarak incelemek için herhangi bir girişim yapılmamıştır. Bu tez çalışmasında, anlamlı anormal metilasyon olaylarının ortak özelliklerini hastaya özgü bir şekilde açıklayabilmek için karaciğer hepatosellüler karsinomalı bir hasta seti ile rasgele orman tabanlı bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu yaklaşım ile bölge dizisinden çıkarılan öznitelikler, genomik seçilim ve korunum, DNA ¸sekli, cis düzenleyici proteinlerin bağlanma bölgeleri, genom segmentasyonu, histon modifikasyonları ve DNAse I hassas bölgeler gibi bilinen düzenleyici özniteliklerin yanısıra, hastaya özgü mRNA ve miRNA ifade örüntüleri, kopya sayısı varyasyonları, tek nükleotid polimorfizmleri ve klinik deği¸skenler gibi özniteliklerin, önemli olanları seçilerek, incelenmiştir. Son olarak, protein-protein etkileşim ağları, anormal DNA metilasyon kalıplarına neden olabileceği tahmin edilen hasta-spesifik ve ortak mekanizmaları tespit etmek için kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
DNA methylation is one of the most studied epigenetic mechanisms, as it functions in transcriptional regulation, cell differentiation, and genomic imprinting. Aberrant DNA methylation is shown to be one of the hallmarks of many complex diseases, such as Alzheimer's, Parkinson's, and various cancers. Specifically, global loss of methylation patterns and promoter-specific gain of methylation patterns were found to shape the epigenetic landscape for carcinogenesis and adaptation of tumours. Although disease-associated differential methylation regions are heavily studied in the literature, no attempt so far has been made to systematically examine the common characteristics of aberrant DNA methylation regions, and the mechanisms that may lead the formation of these regions. In this dissertation, we have developed a random forest-based approach using a set of liver hepatocellular carcinoma patients to identify common characteristics of significant differential methylation events in a patient-specific manner. A variety of information, including features derived from region sequence, genomic selection and conservation, DNA shape, known regulatory features such as cis-regulatory elements, genome segmentation, histone modifications, and DNAse I hypersensitive sites, as well as, patient-specific mRNA and miRNA expression patterns, copy number variations, single nucleotide polymorphisms, and clinical variables were investigated. Lastly, protein-protein interaction networks were utilised to devise putative patient-specific and common mechanisms that may drive aberrant DNA methylation patterns.
Benzer Tezler
- İnsan hatalarını sayısallaştırmak için bir model
A model for quantifying of human error
COŞKUN ÖZKAN
Doktora
Türkçe
1992
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF. DR. AHMET F. ÖZOK
- Hepatorenal sendrom: Dekompanse sirozlu üremik hastalarda sıklık, klinik özellikler, prediktif faktörler ve prognoz
A prospective analysis of hepatorenal syndrome: Frequency, clinical course, predictive factors and prognosis in ureic patients with decompansated liver cirrhosis
ZEREN ÖZGEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
GastroenterolojiDicle Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. KENDAL YALÇIN
- Genç yetişkinlerde algılanan ebeveyn biçimleri ve kişilerarası problemlerin borderline kişilik bozukluğu inançları üzerindeki yordayıcı rolü
The predictive role of perceived parenting styles and interpersonal problems on borderline personality beliefs in young adults
SERGEN AKBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
PsikolojiIşık ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SELİN KARAKÖSE ÇELİK
- Finansal krizlerin tahmininde kullanılan öngörü değişkenlerinin LSTAR-GARCH, LSTAR-APGARCH ile analizi
Analysis of forecast variables used in predicting financial crises using the LSTAR-GARCH and LSTAR-APGARCH models
IŞIL ŞAHİN ONAT
Doktora
Türkçe
2022
EkonometriYıldız Teknik Üniversitesiİktisat Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİKE ELİF BİLDİRİCİ
- Yaşam çözümlemesinde alıcı işlem karakteristiği eğrileri
Receiver operating characteristic curves in survival analysis
ŞEYMA SERTKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
İstatistikHacettepe Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURU KARASOY