Predictive analysis of conditional epigenetic variability
Koşula bağlı epigenetik varyasyonların tahminsel analizi
- Tez No: 461040
- Danışmanlar: PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biyomühendislik, Biostatistics, Genetics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
DNA metilasyonu, transkripsiyonel regülasyon, hücre farklılaşması ve genomik tanımlanmada işlev gördüğü için en çok çalışılan epigenetik mekanizmalardan biridir. Bozulmuş, anormal DNA metilasyon örüntüleri, Alzheimer, Parkinson ve çeşitli kanserler gibi birçok karmaşık hastalığın en belirgin özelliklerinden biridir. Spesifik olarak, metilasyon örüntülerinin genel kaybı ve metilasyon örüntülerinin promotör-spesifik kazanımının karsinogenez ve tümörlerin adaptasyonu için epigenetik manzarayı şekillendirdiği tespit edilmiştir. Literatürde hastalıkla ilişkili diferansiyel metilasyon bölgeleri yoğun bir şekilde çalışılmış olmakla birlikte, anormal DNA metilasyon bölgelerinin ortak özelliklerini ve bu bölgelerin olu¸sumuna yol açan mekanizmaları sistematik olarak incelemek için herhangi bir girişim yapılmamıştır. Bu tez çalışmasında, anlamlı anormal metilasyon olaylarının ortak özelliklerini hastaya özgü bir şekilde açıklayabilmek için karaciğer hepatosellüler karsinomalı bir hasta seti ile rasgele orman tabanlı bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu yaklaşım ile bölge dizisinden çıkarılan öznitelikler, genomik seçilim ve korunum, DNA ¸sekli, cis düzenleyici proteinlerin bağlanma bölgeleri, genom segmentasyonu, histon modifikasyonları ve DNAse I hassas bölgeler gibi bilinen düzenleyici özniteliklerin yanısıra, hastaya özgü mRNA ve miRNA ifade örüntüleri, kopya sayısı varyasyonları, tek nükleotid polimorfizmleri ve klinik deği¸skenler gibi özniteliklerin, önemli olanları seçilerek, incelenmiştir. Son olarak, protein-protein etkileşim ağları, anormal DNA metilasyon kalıplarına neden olabileceği tahmin edilen hasta-spesifik ve ortak mekanizmaları tespit etmek için kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
DNA methylation is one of the most studied epigenetic mechanisms, as it functions in transcriptional regulation, cell differentiation, and genomic imprinting. Aberrant DNA methylation is shown to be one of the hallmarks of many complex diseases, such as Alzheimer's, Parkinson's, and various cancers. Specifically, global loss of methylation patterns and promoter-specific gain of methylation patterns were found to shape the epigenetic landscape for carcinogenesis and adaptation of tumours. Although disease-associated differential methylation regions are heavily studied in the literature, no attempt so far has been made to systematically examine the common characteristics of aberrant DNA methylation regions, and the mechanisms that may lead the formation of these regions. In this dissertation, we have developed a random forest-based approach using a set of liver hepatocellular carcinoma patients to identify common characteristics of significant differential methylation events in a patient-specific manner. A variety of information, including features derived from region sequence, genomic selection and conservation, DNA shape, known regulatory features such as cis-regulatory elements, genome segmentation, histone modifications, and DNAse I hypersensitive sites, as well as, patient-specific mRNA and miRNA expression patterns, copy number variations, single nucleotide polymorphisms, and clinical variables were investigated. Lastly, protein-protein interaction networks were utilised to devise putative patient-specific and common mechanisms that may drive aberrant DNA methylation patterns.
Benzer Tezler
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Marmara bölgesindeki kavun ve karpuz yetiştiriciliğinin bugünkü durumu, sorunları ve öneriler
The Status of melon and water melongrowing in Marmara region at present and its Problems and recommedations
MEHMET GÜLER
- Studies on the cuttability of rocks at O.A.L. Çayırhan district by laboratory cutting tests
Başlık çevirisi yok
KÜRŞAD CEYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Maden Mühendisliği ve MadencilikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ BÖLÜKBAŞI
- Sera domates üretiminde aşı uygulaması ile elde edilen çift kök sistemine sahip domateslerin verim ve kalite yönünden üstünlükleri üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
ALİ DİZDAROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHRETTİN MECİT
- Tokat ili merkez ilçesi tarım işletmelerinde işgücü varlığı ve değerlendirme durumu üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
KEMAL ESENGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatCumhuriyet ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AHMET ERKUŞ