A molecular dynamics analysis: Effect of colchicine on the activation of caspase-1
Bir moleküler dinamik analizi: Kolşisinin kaspaz-1 aktivasyonu üzerindeki etkisi
- Tez No: 461780
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyokimya, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biochemistry, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kaspaz-1 enzimi aspartik asit birimine özel sistein proteaz ailesinin bir üyesidir. Günümüzde inflamasyon sürecinde kaspaz-1 enzimi çalışmalarının artmasından dolayı, bu enzim kendisiyle ilişkilendirilen hastalıkları önlemek amacıyla önemli bir ilaç hedefi haline gelmiştir. Ailevi Akdeniz Ateşi ve gut artriti hastalıklarında kullanılan yaygın bir ilaç olan kolşisinin mekanizması tam olarak bilinmemekle birlikte kaspaz-1 enziminin aktivasyonunu engellediği düşünülmektedir. Prokaspaz-1 infalamazomda oligomerizasyonla kendiliğinden aktive olur. Bazı çalışmalar kaspaz-1'in dimer-dimer arayüzünde bir hidrojen bağ ağıyla allosterik regülasyona sahip olduğunu ve aktif ve allosterik kısımlarındaki inhibitörlerinin kontrolünde olan en az iki konformasyonel hali olduğunu gösterir. Bu çalışmada kolşisin ilacı prokaspaz-1 enziminin dimer-dimer ara yüzüne bağlanmıştır. Moleküler Dinamik simülasyonları yardımıyla, kolşisin bağlanmadan önce ve sonra, amino asit çiftleri arasındaki mesafe ve uyum değişimleri hesaplanmıştır. Kolşisinin dimer-dimer ara yüzüne bağlanmasından sonra enzimin aktif bölgesinde yapısal değişiklikler gözlemlendiği için, kolşisinin kaspaz-1 enzimi üzerindeki inhibitör etkisinin bu allosterik düzenleme aracılığıyla gerçekleşiyor olabileceği kanısına varılmıştır. Bu netice gelecekteki ilaç tasarımı ve keşifleri için bir kılavuz olabilir.
Özet (Çeviri)
Caspase-1 is a member of a family of aspartate-specific cysteine proteases. Since there is a large number of studies of caspase-1 in inflammation processes, this enzyme became an important drug target in order to prevent the disorders which are associated with caspase-1. Colchicine, which is a common drug used for Familial Mediterranean Fever and gouty arthritis disorders, inhibits caspase-1 activation, but the mechanism of inhibition is not clearly known. Procaspase-1 is activated through oligomerization in inflammasome and then becomes auto-activated. Some studies show that caspase-1 is regulated by allosteric regulation through a hydrogen bonding network passing dimer-dimer interface and has two conformational states which are controlled by active-site and allosteric-site inhibitors. In this study, colchicine is bound to dimer-dimer interface of procaspase-1 enzyme. By using Molecular Dynamics simulations, the changes of distances and correlations between residue pairs before and after colchicine bound was calculated. Since the structural changes on active site were observed after colchicine binding to allosteric site -dimer-dimer interface-, the inhibitory effect of colchicine on caspase-1 enzyme may be through the allosteric regulation. This outcome may be guide for further drug discoveries.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER