Bir üniversite hastanesinde karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direnç genlerinin moleküler analizi ve suşların klonal ilişkisi
Investigation of the carbapenem resistance genes and the clonal relationships of the carbapenem resistant klebsiella pneumoniae strains in A University Hospital
- Tez No: 462668
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF YAKUPOĞULLARI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Amaç: Klebsiella pneumoniae önemli insan patojenlerinden biridir. Özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonlarda saptanan suşlarında gözlenen karbapenem direnci tedavi alternatiflerini önemli düzeyde kısıtlamaktadır. Klebsiella türlerinde karbapenem direncinin gelişiminin önlenmesi ve dirençli suşların yayılımının azaltılması için uygulanacak önlemlerin geliştirilmesinde bu dirence neden olan moleküler dinamiklerin bilinmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerde saptanan karbapenem dirençli K. pneumoniae suşlarında daha önce tanımlanmış olan karbapenemaz genlerinin araştırılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Kesitsel bir araştırma olarak planlanan bu çalışmaya hastanemiz tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden Ocak 2012-Haziran 2014 tarihleri arasında soyutlanan karbapenem dirençli K. pneumoniae suşları dahil edilmiştir. Prospektif olarak toplanan izolatların karbapenem direnci ertapenem disk yöntemi ve Modifiye Hodge testi çalışılmış; izolatların imipenem MİK düzeyleri Etest yöntemi ile saptanmıştır. Suşlarda OXA-48, NDM, VIM, IMP, KPC karbapenemaz genleri in-house PZR ile ve izolatlar arasındaki klonal ilişki Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çalışma süresince 70 karbapenem dirençli K. pneumoniae suşu tanımlanmıştır. Yapılan moleküler analizde toplam 61 (%87.1) izolatta en az bir karbapenemaz geni saptanmış geri kalan 9 (%12.9) suşta ise çalışılan genlerden herhangi biri bulunamamıştır. Çalışma sonucunda suşların 51'inde (%72.8) blaOXA-48, 11'inde (%15.7) blaNDM, 3'ünde (%4.2) blaVIM bulunmuş ve blaOXA-48 üreten suşlardan 4'ünde (%7.8) blaNDM gen birlikteliği olduğu gözlenmiştir. Çalışmaya dahil edilen suşların hiçbirinde blaIMP ve blaKPC saptanmamıştır. Yapılan Etest MİK analizinde, çalışmaya alınan 70 izolatın 23'ünün (%32,8) imipenem MİK düzeyi duyarlı sınırlar içinde (
Özet (Çeviri)
Aim: Klebsiella pneumoniae is among the leading human pathogens. The carbapenem resistance, particularly seen in the strains from the nosocomial infections, significantly limits the treatment options. Knowing the molecular dynamics of this resistance is important for development of the control measurements intended to prevent the emergence of carbapenem resistance in Klebsiella strains and to reduce the spreading of such resistant strains. In this study, previously determined carbapenemase genes and the clonal relationships of the carbapenem resistant K. pneumonia strains isolated from clinical samples were aimed to be investigated. Material and Methods: In this cross sectional study, the carbapenem resistant K. pneumoniae strains which were isolated from the clinical samples between January 2012 and June 2014 in the medical microbiology laboratory of our hospital were included. Strains were prospectively collected, the carbapenem resistance was determined with ertapenem disc and Modified Hodge test, and imipenem MICs of these strains were studied with Etest method. Carriage of the carbapenemase genes including OXA-48, NDM, VIM, IMP, and KPC were determined with in-house PCR, and clonal relationships of the strains was studied with Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Results: AAim: Klebsiella pneumoniae is among the leading human pathogens. The carbapenem resistance, particularly seen in the strains from the nosocomial infections, significantly limits the treatment options. Knowing the molecular dynamics of this resistance is important for development of the control measurements intended to prevent the emergence of carbapenem resistance in Klebsiella strains and to reduce the spreading of such resistant strains. In this study, previously determined carbapenemase genes and the clonal relationships of the carbapenem resistant K. pneumonia strains isolated from clinical samples were aimed to be investigated. Material and Methods: In this cross sectional study, the carbapenem resistant K. pneumoniae strains which were isolated from the clinical samples between January 2012 and June 2014 in the medical microbiology laboratory of our hospital were included. Strains were prospectively collected, the carbapenem resistance was determined with ertapenem disc and Modified Hodge test, and imipenem MICs of these strains were studied with Etest method. Carriage of the carbapenemase genes including OXA-48, NDM, VIM, IMP, and KPC were determined with in-house PCR, and clonal relationships of the strains was studied with Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Results: A total 70 carbapenem resistant K. pneumoniae were identified throughout the study. With the molecular analysis, at least one carbapenemase gene was determined in 61 (87.1%) strains, and there was no studied genes in any of the remaining 9 (12.9%) strains. After the analyses, blaOXA-48 was found in 51 (72.8%) strains, blaNDM in 11 (15.7%) strains, and blaVIM in 3 (4.2%) strains; and it was observed that 4 (7.8%) strains harboring blaOXA-48 were also carrying blaNDM. blaIMP and blaKPC were not determined any of the studied strains. With the Etest MIC analyses, imipenem MICs of 23 (32.8%) of the 70 studied strains were found under the susceptibility breakpoint (
Benzer Tezler
- Karaciğer nakli yapılan hastaların kan kültüründe üreyen karbapenem dirençli enterobacteriacea suşlarında fosfomisin duyarlılığı ve fosfomisin direnç genlerinin araştırılması
Investigation of phosphomycin sensitivity and phosphomycin resistance genes in carbapenem-resistant enterobacteriacea strains in the blood culture of liver transplant patients
YAKUP GEZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİnönü ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR BAYINDIR
- Karbapenem duyarlı olmayan klebsiella pneumoniae izolatlarının MLSt, maldı-tof, PFGE ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi
Evaluating molecular epidemiology of carbapenem nonsusceptible klebsiella pneumoniae isolates with MLST, malditof, PFGE
YUNUS EMRE İBİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞEGÜL ÇOPUR ÇİÇEK
- Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin araştırılması
Investigation of carbapenem resistance and responsible enzymes in escherichia coli and klebsiella pneumoniae isolates
ÖZLEM ALBAYRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYTULLAH KENAR
- Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması
Investigation of carbapenem resistance in enterobacteriaceae species and the presence of the enzymes responsible from resistance
ASLI BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH AŞIK
- Karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının MALDI-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization – time of flight mass spectrometry) ile araştırılması ve real-time PCR yöntemi ile karşılaştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in carbapenem-resistant klebsiella pneumoniae strains by MALDİ-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization – time of flight mass spectrometry) and comparison with real-time PCR method
MELİKE YAŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA FERİHA ÇİLLİ