Quantitative and network analysis of cytokinesis specific phosphoproteins
Sitokineze özgü fosfoproteinlerin niceliksel ve ağsal analizi
- Tez No: 473022
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çekirdek bölünmesi (mitoz) sırasında gerçekleşen protein fosforilasyonları geniş ölçüde tanımlanmıştır ancak çekirdek bölünmesi (sitokinez) sırasında gerçekleşen protein fosforilasyonları ve bu fosforilasyonlardan sorumlu kinazlar kapsamlı olarak tanımlanmamıştır. Kütle spektrometrisi analizimiz yaklaşık olarak 1500 adet protein fosforilasyonunun sitokinez sırasında gerçekleştiğini açığa çıkarmıştır. Bulduğumuz sitokineze özel fosforilasyonlar için kinaz – substrat tahmini algoritması kullanarak, sitokinez sırasında aktif olan 31 adet kinazı ortaya çıkardık. Bu kinazların içinde, daha önceden hücre döngüsünü düzenlediği belirlenmiş olan MAPK, CDK1/2 ve Aurora gibi kinazları da gördük. Yine bu fosforilasyonlar içinden, proliferasyon işaretçisi olan protein MKI67'nin sitokineze özel fosforilasyonunu ortaya çıkardık. MKI67 mitoz sırasında kromozomların etrafına yerleşerek, kromozomların kümelenmesini önleyen bir protein olarak bilinmektedir. Bu proteinde bulduğumuz sitokinez sırasında gerçekleşen fosforilasyonlar, proteinin N terminusuna yakın kendini tekrar eden bölümlerindedir ve bu bölümlerin işlevi bilinmemektedir. Sitokineze özel bu fosforilasyonlar MKI67 proteinin sitoplazmik bölünme sırasındaki işlevini aydınlatmak açısından önemli olabilir. Son olarak, tek kutuplu ve çift kutuplu sitokinez modellerinde görülen fosforilasyonların türler arasındaki korunumlarını, tek kutuplu sitokinezin çift kutuplu sitokinezden farkını görebilmek için karşılaştırdık. İki model arasında kayda değer bir fark göremedik ve tek kutuplu sitokinez modelinde gördüğümüz fosforilasyonların sitokinez çalışmalarında kullanılabileceği sonucuna vardık.
Özet (Çeviri)
Nuclear division (mitosis) phosphorylation events have been characterized extensively however phosphorylation events taking place during cytoplasmic division (cytokinesis) specific phosphoproteins and responsible kinases are not well characterized. Our mass spectrometry analysis revealed ~1500 phosphorylation events that are specific to cytokinesis. We identified responsible kinases that are active during cytokinesis using a kinase-substrate prediction algorithm on our dataset. Including previously known cell cycle regulator kinases such as MAPK, CDK1/2 and Aurora, total 31 kinases were predicted to be active during cytokinesis. We also identified phosphorylation sites that are only present during cytokinesis in MKI67 protein which is previously reported as proliferation marker. MKI67 localizes to chromosomes during mitosis, acting as a surfactant preventing chromosome condensation during mitosis. These phosphorylation sites are found in N terminus successive repeat domains with unknown function. We suggest that cytokinesis specific phosphorylation of MKI67 might be important for its function in cell division during cytoplasmic division. Lastly, we compared evolutionary conservation scores of phosphorylation sites that are specific to monopolar and bipolar cytokinesis to understand if differing phosphorylation events between two models are crucial. We observed no significant difference between two models, meaning monopolar cytokinesis specific phosphorylation events are not redundant.
Benzer Tezler
- Quantitative phosphoproteomic analysis of cytokinesis
Sitokinezin kantitatif fosfoproteomik analizi
ÖZGE KARAYEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- İki bileşenli ticari hormon preparatlarının spektral kantitatif analizleri için sürekli dalgacık dönüşüm ve yapay sinir ağları yöntemlerinin geliştirilmesi ve validasyonu
Development and validation of continuous wavelet transform and artificial neural network methods for spectral quantitative analysis of two-component commercial hormone preparations
ADEM MERT
Doktora
Türkçe
2025
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL DİNÇ
- Kardiyotoksisite öngörüsünde açıklanabilir derin öğrenme: HERG kanal blokajının tahmini ve analizi
Explainable deep learning in cardiotoxicity prediction: Estimation and analysis of HERG channel blockage
TUBA SEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Farmasötik ToksikolojiSakarya Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ALİ PALA
- Quantitative analysis of urban morphology: Exploring ethnic urban formations and structure in the city of İzmir
Kentsel morfolojide niceliksel çözümlemeler: İzmir kentinde etnik kentsel form ve yapının incelenmesi
SABRİ ALPER
Doktora
İngilizce
2009
Şehircilik ve Bölge Planlamaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüŞehir Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMAL ARKON
- Quantitative analysis of relationships between fluxome and metabolome in Escherichia coli
Başlık çevirisi yok
HİLAL TAYMAZ NİKEREL
Doktora
İngilizce
2010
BiyoteknolojiTechnısche Unıversıteıt Delft (delft Unıversıty Of Technology)PROF. DR. J. J. HEIJNEN
DR. W. M. VAN GULIK