Proteomics based search for novel SIK2 substrates involved in endoplasmic reticulum homeostasis
SIK2'nin endoplasmik retikulum homeostazı ile ilişkili yeni substratlarının proteomiks temelli yaklaşımla araştırılması
- Tez No: 474331
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON, DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Yüksek kalorili beslenme ve düşük fiziksel aktivitenin bir sonucu olarak, obezite son yirmi yılda dünya çapında yaygınlaşmıştır. Diyabet, hipertansiyon ve karaciğer yağlanması gibi birçok hastalık için risk faktörü olan obezite, insan sağlığını önemli ölçüde tehdit etmektedir. Obezite ve ilgili metabolik hastalıkların tedavisini amaçlayan moleküler çalışmalar çoğunlukla beslenme davranışlarının ve metabolik sinyal yolaklarının regülasyonu ile ilgilidir. Metabolik yolaklarda merkezi bir rol oynayan SIK2, metabolik hastalıklara karşı teröpatik ilaç geliştirmede bir farmakolojik hedef olarak görülmektedir. Son çalışmalar, Endoplazmik Retikulum (ER) stresinin metabolik hastalıkların patolojik gelişiminde yer aldığını ve SIK2'nin bu strese yanıt olarak protein homeostazını sağlamada kilit bir rol oynadığını göstermiştir. Ancak, moleküler ayrıntılar henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, ER stresi yanıtında SIK2'nin rolünü aydınlatmak için, LC-MS/MS tabanlı proteomik yaklaşımla SIK2'nin ER-yerleşik yeni substratlarını araştırdık. Analiz sonrası, aday proteinler olarak ele alınan IRS4 ve CHIP proteinlerinin eş immün çöktürme (co-IP) deneyleriyle SIK2 ile etkileşime girdiği saptanmıştır. İnsülin ve leptin sinyalinin adaptör moleküllerinden biri olan IRS4'ün devamında ER stres sensörü olan IRE1 ile de etkileşime girdiği tespit edilmiştir. IRS4'ün ER stresi yanıtı üzerindeki etkisine dair bir takım deneyler yapılmış ve bunun neticesinde XBP1 kırpılmasında ve ERAD substratı olan rekombinant CD3d'nin yıkımında düzenleyici rolü olabileceği bulunmuştur. Özet olarak bu çalışma, ER stres yanıtında SIK2'nin protein homeostasindeki rolünü anlamaya yardımcı olacak yeni protein etkileşimleri sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
As a result of high calorie diet and low physical activity, obesity has become widespread worldwide in the last two decades. Obesity, which is a risk factor for many diseases including diabetes, hypertension, and fatty liver, threatens human health considerably. Molecular studies aiming the treatment of obesity and related metabolic diseases are mostly concerned with the regulation of the feeding behaviours and metabolic pathways. SIK2, having a central role in metabolic pathways, is considered as a pharmacological target in the development of therapeutic drugs against metabolic diseases. Recent studies have shown that Endoplasmic Reticulum (ER) stress is involved in the pathological development of metabolic diseases and SIK2 plays a key role in maintaining protein homeostasis in response to ER stress. However, the molecular details have not yet been fully understood. In this study, to elucidate the role of SIK2 in ER stress response we searched for the novel ER-resident substrates of SIK2 by LC-MS/MS-based proteomic analysis. IRS4 and CHIP, considered as candidate proteins after proteomic analysis, were found to interact with SIK2 by co-immunoprecipitation experiments. In the subsequent co-IP experiments, it was also found that IRS4 interacts with the ER stress sensor protein IRE1. A series of experiments have been carried to further investigate the possible roles of IRS4 on ER-stress response and it has been concluded that IRS4 has a regulatory role on the XBP1-splicing activity of IRE1 and the degradation of the ERAD substrate CD3d. To sum up, results of this study reveal novel protein interactions which will help better understanding the molecular function of SIK2 in maintaining proteostasis in response to ER stress.
Benzer Tezler
- Search for the novel protein markers that may allow early diagnosis of breast cancer by using comparative serological proteome analysis of breast cancer tissues
Meme kanser dokularında karşılaştırmalı serolojik proteom analizi yaparak meme kanserinin erken tanısında kullanılabilecek potansiyel biyomarker moleküllerin araştırılması
KÜBRA KARAOSMANOĞLU YÖNETEN
Doktora
İngilizce
2020
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT KASAP
- Ray: A profile-based approach for homology matching of tandem-ms spectra to sequence databases
Ray: Dizi veritabanlarında tandem ms spektraların homolji eşleşmesini sağlamak amacı ile profile dayalı yaklaşım
ŞULE YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. JENS ALLMER
DOÇ. DR. BİLGE KARAÇALI
- Importance of database normalization for reliable protein identification in mass spectrometry-based proteomics
Kütle spektrometri tabanlı proteomik çalışmalarındaki güvenilir protein tanımlanmasında veritabanı normalizasyonunun önemi
MEHMET DİRENÇ MUNGAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. JENS ALLMER
PROF. DR. TALAT YALÇIN
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs
Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu
BESTE TURANLI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA