Moleküler modelleme metodları kullanılarak protein ve peptit etkileşimlerinin incelenmesi
Modeling of protein-peptide interactions using HADDOCK web server for cancer therapy
- Tez No: 477834
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Peptidler ve proteinler, biyolojik sistemlerde hemen hemen tüm hücresel süreçlerde önemli bir role sahiptir. Protein-peptid etkileşimleri, işlevsel olarak uygun biyolojik etkileşimlerin ve dolayısıyla potansiyel terapötik hedeflerin belirgin bir bölümünü göstermektedir. Özellikle, kanser için peptid bazlı ilaç yolları, dünyadaki sağlık bakımında çok büyük etkiye sahip olduğu ve daha etkili tedavilere acil ihtiyaç duyulması nedeniyle araştırılmaktadır. Bu nedenle küçük moleküller ve antikorlar kullanılmaktadir, ancak bu yapilarin pahalı, hücresel uygulamalarında istenmeyen etkiler görülmüstür. Bundan dolayi, bir dizi farklı ilaç hedefi için oldukça güçlü ve spesifik olabilen peptidler, ilaç tasarımında kullanilmaktadir. Bu çalışmada, HADDOCK (Yüksek Belirgin Uyarılmış Biyolojik Moleküler Docking) çevrimiçi web sunucusu kullanarak kanser gibi insan hastalıklarının tedavisini iyileştirmek için ilaçlar tasarlamak için türevlendirilmiş peptidler ve vasküler endotel büyüme faktörü hakkında yapısal bilgileri keşfediyoruz ve tespit ediyoruz. Bu çalışmanın sonuçları, protein-peptid komplekslerinden türetilen peptid bağlayıcı epitopları kullanan inhibitörlerin rasyonel tasarım ve modellenmesinin klinik uygulamaların yanı sıra alternatif bir yaklaşım gösterdiğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Peptides and proteins have an important role in almost every cellular process in biological systems. Protein−peptide interactions show a prominent part of functionally suitable biological interactions, and so potential therapeutic targets. In particular, peptide-based drug leads for cancer are being explored because of the enormous impact it has on health care in the world and the urgent need for more effective treatments. Small molecules and antibodies were used to target binary system, but they are expensive, non-cell permeable and get undesired effects in their applications. Therefore, peptides are of significant interest in drug design as they can be highly potent and specific for a range of different drug targets. In this study, we discover and determine structural information on derived peptides and vascular endothelial growth factor to design drugs to improve treatment of human diseases, such as cancer by using HADDOCK (High Ambiguity Driven bio molecular DOCKing) online webserver. The results of this study reveal that the rational design and modeling of inhibitors using peptide-binding epitopes derived from protein–peptide complexes shows an alternative approach beside clinical applications.
Benzer Tezler
- Prediction of chondroitin competitive sulfotransferase enzyme inhibitors for the treatment of alzheimer's disease
Alzheımer hastalığının tedavisi için kondroitin kompetitif sülfotransferaz enzimi inhibitörleri tahmin edilmesi
BERNA SOYSAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications
hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı
GÜLRU KAYIK
Doktora
İngilizce
2017
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Variant pathogenicity prediction tool based on protein-protein interactions and the effects of variants on 3-dimensional protein structure:a model for monogenic autoinflammatory disorders
Protein protein etkileşimlerini ve varyantların 3 boyutlu protein yapısındaki etkilerini esas alan varyant patojenite tahmini
ABDULLAH ALPER BÜLBÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- In vitro and in silico investigation of NFIB-SUMO interactions
NFIB-SUMO etkileşimlerinin in vitro ve in silico olarak incelenmesi
AYBERK ÖZKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR