Çeşitli klinik örneklerde cytomegalovırus (CMV) suşlarının ul55 ve ul75 gen bölgelerinde genotiplerinin araştırılması ve polimorfizm saptanması
Determination of genotype distribution and polymorphism in human cytomegalovirus (CMV) strains
- Tez No: 477843
- Danışmanlar: PROF. MEHMET ÖZASLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
İnsanda görülen Cytomegalovirus (HCMV) farklı genotiplere sahiptir ve bu genotipler saptanarak farklı hastalık gruplarında tek ya da birden çok enfeksiyonun arasındaki ilişki ortaya konur. Genotiplendirme, genetik polimorfizmlerin sık görüldüğü gB (UL55) ve gH (UL75) kılıf glikoproteinlerde yapılmaktadır. Çalışmamızda 50 CMV (+) hastanın gB ve gH gen bölgelerinin filogenetik analiz sonuçlarına göre; 50 hastanın 48'i gB gen bölgesinde amplifiye edilebilmiş, bunların 23 (%48)'i gB1, 8'si (%16) gB2, 11'i (%22) gB3 ve 1 (%2) hastada ise gB4 genotipi olduğu saptanmıştır. 5 (%10) hastada da gB2/3 miks genotipi bulunmuştur. UL 75 (gH) gen bölgesine göre ise hastaların 7'si (%14) gH1, 43'ü (%86) gH2 genotipi olarak saptanmıştır. Gen bölgelerine göre gB1 ve gH2'inin daha yüksek oranda görüldüğü belirlenmiştir. Dizi analizi sonuçlarına göre çok sayıda polimorfizme rastlanmıştır. Tüm hastalarda, gH bölgesinde diğer çalışmalardan farklı olarak R51S, F52L, E55R, N56T ve A/T57P polimorfizmleri saptanmıştır. Bu polimorfizmleri bildiren bir çalışmaya rastlanılmamış olması bu polimorfizmlerin bölgeye has olabileceğinin ve bunun kliniğe yansımasının araştırılması gerekliliğinin önemini arttırmıştır.
Özet (Çeviri)
The human cytomegalovirus (HCMV) has different genotypes. By determining these genotypes in different disease groups, the association between two or more infections can be found. The most frequent genetic polymorphisms found in the gB (UL55) and gH (UL75) genes, where genotyping is performed on the glycoproteins of the virus' envelope. We performed phylogenetic analyses of the DNA sequences of the gB and gH genes from 50 CMV-positive patients, using the MEGA6.0 program. In our phylogenetic analysis, the gB region in 48 patients was amplified, resulting in the following genotypes: 23 (47,9%) of these patients harboured gB1, 8 (16,6%) gB2, 11 (22,9%) gB3; and one patient gB4. Whereas in five patients (10,4%) a gB2/3 mixed genotype was found. For the amplified UL75 (gH) gene region, the patients' genotypes were 7 (14%) gH1 and 43 (86%) gH2. The gB1 and gH2 genotypes were found in higher ratios. From our sequence analysis polymorphisms were observed, where the peptide changes in the gB region are frequently found in the gp166 protein. From the clinical features, we found that the R51S, F52L, E55R, N56T and A/T57P polymorphisms are located in the gH gene regions of all of our patients. These polymorphisms have not been reported previously. Hence, our study contributes to the better understanding of the CMV genome evolution in terms of host-pathogen intercitions.
Benzer Tezler
- Cytomegalovırus enfeksiyonlarında genotip ve antiviral ilaç direncinin klinik ile ilişkisi
Clinical relationship of genotype and antiviral drug resistance in cytomegalovirus infections
GİZEM AKATMACI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNEŞ ÖZÇOLPAN
- Klinik örneklerde çeşitli yöntemlerle herpes simpleks virüs araştırılması
Detection of herpes simplex virus in clinical samples by various methods
GÜLHAN YAĞMUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ÖZBAL
- Klinik örneklerde Anaerob enfeksiyon etkenlerinin tanımlanması için multiplex PCR paneli geliştirilmesi
Development of multiplex pcr panel for identification of Anaerobic infectious agents in clinical samples
MEHMET ÖLÇÜ
Doktora
Türkçe
2019
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DUYGU PERÇİN RENDERS
DOÇ. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram negatif enterik bakterilerde karbapenemaz varlığının ve tiplerinin araştırılması
Prevalance and genetic evaluation of carbapenemase production among gram-negative enteric bacteria isolated from various human clinical specimens
HÜSEYİN HAYDAR KUTLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU US