Yabanıl tip parkin ifade eden insan nöroblastoma hücrelerinde fosfoproteom analizi
Phosphoproteome analysis of wild type parkin expressing human neuroblastoma cells
- Tez No: 482838
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜRLER AKPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Parkin, SH-SY5Y, 2DE, Protein Fosforilasyonu, ProQ Diamond, MALDI-TOF/TOF, Parkin, SH-SY5Y, 2DE, Protein Phosphorilation, ProQ Diamond, MALDITOF/TOF
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Amaç Bu çalıĢmanın amacı; SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattında Yabanıl tip (WT) ve mutant Parkin proteinlerinin (Q311R ve A371T) ifadesi sonrasında oluĢan fosforilasyon düzeyindeki değiĢiklikleri proteomik yaklaĢımlarla araĢtırmak, ubikitinlenme ve fosforilasyon arasındaki çapraz etkileĢime ıĢık tutmaktır. Yöntem Hücrelerden elde edilen protein özütleri iki boyutlu jel elektoforezi ile ayrıĢtırıldı. Fosforile olmuĢ proteinler ProQ Diamond boyası ile tayin edilerek protein spotları jellerden kesildi ve ardından, proteinler MALDI-TOF/TOF analizi ile tanımlandı. Bulgular WT ve mutant tetrasiklin indüksiyonu yapılmıĢ ve yapılmamıĢ hücrelerden elde edilen proteinlerden 2D tabanlı karĢılaĢtırmalı spot analizi yapıldı. Fosfoprotein boyaması sonrasında jellerde 35±3 fosforillenmiĢ protein spotu, toplamda ise Sypro boyaması sonrasında 215±15 protein spotu gözlenmiĢtir. WT Parkin ifade eden hücrelerde 10, mutant Parkin ifade eden hücrelerde ise 6 proteinin fosforilasyon seviyelerinde indüksiyon sonrası artıĢ olduğu görüldü. Sonuç Beklentimiz WT Parkin indüksiyonunun ubikuitinlasyonunu arttırarak ubikitinlenme ve fosforilasyon arasındaki çapraz etkileĢimi baskın hale getirmesi ve dolayısıyla dolaylı yoldan fosforilasyon iliĢkili yolakların düzenlenmesi yönündedir. Nitekim STRING analizinin PI3K-AKT yolağını iĢaret etmesi ubikuitin bağımlı fosforilasyon Ģemasının değiĢtiğini göstermektedir. Diğer taraftan mutant Parkin indüksiyonu sonrasında tanımlanan fosforile proteinlerin ise Parkinson hastalığı ve endoplazmik retikulumda protein iĢlenmesi ile ilgili sonuçlar alınmıĢtır. WT ve mutant Parkin eksprese eden hücrelerdeki farklı hücresel yolakların ön plana çıkması mutant Parkin'in normal WT'e göre farklı fonksiyonu olduğunu göstermiĢtir.
Özet (Çeviri)
Objective The purpose of this thesis was to investigate the changes in phosphorylation levels in SH-SY5Y neuroblastoma cell line after expression of the Wild-type and the mutant Parkin proteins (Q311R and A371T ). Determination of the changes in phosphorylation levels upon Parkin expression should allow elucidation of the cross-talk between ubiquitinilation and phosphorylation. Methods The protein extracts prepared from Parkin expressing and non-expressing cells were prepared and subjected to 2D gel electrophoresis. Phosphorylated proteins were detected by ProQ Diamond stain and differentially regulated protein spots were excised from the gels. Then, the proteins were identified by MALDI-TOF/TOF analysis. Results Consequtive phosphoprotein and total protein staining of the gels revealed the precense of 35±3 phosphoprotein spots and 215±15 total protein spots on the gels. A total of 16 phosphoprotein spots of which 10 belonged to the WT Parkin expressing cells and of 6 beloged to the mutant Parkin expressing cells were identified as differantially regulated. Conclusions The induction of the WT Parkin expression should increase ubiquitinilation events in the cells and stimulate the cross-talk between ubiquitination and phosphorylation. Indeed, STRING analysis linked the regulated proteins to PI3K-AKT pathway, which is one of the most important signaling pathways regulating cell division. On the other hand, the results of phosphorylated proteins which had been identified after an induction of the mutant Parkin protein were found to be related to Parkinson's disease and endoplasmic reticulum protein processing. Observation of such difference in indicated pathways upon either the WT or the mutant Parkin expressions may imply that the mutant Parkin protein is functionally different then the WT Parkin protein.
Benzer Tezler
- The effect of exogeneous wild-type and a compound-heterozygote mutant (Q311R; A371T) parkin expressions on nuclear proteome
Yabanıl tip ve mutant parkin (Q311R; A371T)eksprese eden nöroblastoma hücrelerinden elde edilen nükleer protein özütlerinin proteome analizi
ABULA AYIMUGU
Doktora
İngilizce
2019
Mühendislik BilimleriKocaeli ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT KASAP
- Mutant parkin proteininin moleküler karakterizasyonu ve nöroblastoma hücre proteomu üzerindeki etkisi
Molecular characterization of mutant parkin protein and the effects on neuroblastoma cell proteome
SİNEM ÖZGÜL
- Conformational changes of wild-type SOD1 affect the dimerization at ambient temperature
Yabanıl tip SOD1'deki oda sıcaklığında dimerleşmeyi etkileyen yapısal değişiklikler
GÜNSELİ YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Structural dynamics studies of wild-type and mutant candida boidinii nad+-dependent formate dehydrogenase
Yabanıl-tip ve mutant candida boidinii nad+-bağımlı formate dehydrogenase enziminin yapısal dinamik çalışmaları
BÜŞRA YÜKSEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
- Structural studies of wild-type and Val120Thr mutant candida boidinii formate dehydrogenase
Yabanıl tip ve Val120Thr mutant candida boidinii format dehidrojenazın yapısal çalışmaları
MEHMET GÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
