Conformational changes of wild-type SOD1 affect the dimerization at ambient temperature
Yabanıl tip SOD1'deki oda sıcaklığında dimerleşmeyi etkileyen yapısal değişiklikler
- Tez No: 759800
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ, PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS), beyin ve omurilikte bulunan alt ve üst motor nöronların dejenerasyonu sonucu oluşan bir nörodejeneratif bir hastalıktır. Her ne kadar nadir hastalıklar kategorisinde olsa da, bu hastalık Alzheimer ve Parkinson hastalıklarından sonra en çok görülen nörodejeneratif hastalıktır. ALS, karmaşık bir altyapıya sahip bir hastalık olduğu için, etkin bir tedavisi bulunmamaktadır. ALS tanısı konulan hastaların %90'ı sporadik olarak tanımlanırken geri kalan %10'u ise aile geçmişine sahiptir. 25'ten fazla gende bulunan mutasyonların %70 oranında ailesel ALS'yle ilişkili olduğu gösterilmiştir. Sporadik vakalar için bu oran yaklaşık %10'dur. Süperoksit dismutaz 1 proteinini kodlayan SOD1 geni ailesel ALS'ye en çok neden olan ikinci gendir. Bu gende meydana gelen 180'den fazla mutasyonun ALS ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Fakat, bu proteinin hastalık yapıcı mekanizması hala tam olarak anlaşılamamıştır. Proteindeki mutasyonların protein ve motor nöronlarda benzer patolojik özelliklere sahip olduğu görülse de hastalığın seyri açısından farklı özelliklere sahiptir. Genel olarak, bu gende meydana gelen mutasyonlar proteinin ara tam katlanmamış ara formuna etki ederek proteinin yanlış katlanmasına ve hücre içinde ve mitokondri membranında birikimine neden olur. Yanlış katlanan bu proteinin mitokondri membranında bulunan voltaj-bağımlı anyon kanalı ile etkileşime girerek bu kanal proteininden oksidatif fosforilasyon için gerekli olan NADH, ADP ve anyonların geçişini engellediği gösterilmiştir. Diğer yandan, normalde sitokin olarak görev yapan makrofaj göçü engelleyici faktör (MIF) bu yanlış katlanan proteine bağlanarak düzgün katlanmasına yardımcı olmaktadır. Bu tez kapsamında yapılan çalışmalar, SOD1WT, SOD1G93A, MIF proteinlerinin üretimi ve saflaştırması, SOD1'in hem yabanıl hem de mutant formlarının kristalizasyonu ve elde edilen kristallerden X-ray kristalografi yöntemi ile kırınım datalarının elde edilmesidir. Yapılan bu çalışmada apo SOD1'in fizyolojik sıcaklıkta yapısının belirlenmesi hedeflenmiştir ve ön data olarak ilk üç boyutlu X-ray yapısı 4.00 Å çözünürlükle ve P 21 21 21 uzay grubu simetrisinde çözülmüştür.
Özet (Çeviri)
Amyotrophic lateral sclerosis is a neurodegenerative disease caused by the degeneration of lower and upper motor neurons in the brain and spinal cord. Although ALS is rare, it is the third most common neurodegenerative disease comes after Alzheimer's and Parkinson's. Since ALS has a complex molecular background, there is no effective treatment for this disease. 90% of ALS patients are sporadic, and 10% have familial disease. Mutations in more than 25 genes account for 70% of familial ALS and also explain
Benzer Tezler
- Functional and structural studies of membrane transporters
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN İLGÜ
Doktora
İngilizce
2018
BiyokimyaEidgenössische Technische Hochschule Zürich (ETH)PROF. DR. DANIŞMAN YOK
- HIV-1 proteaz enziminin inhibitörleriyle etkileşimi esnasındaki konformasyonel değişikliklerin teorik incelemesi ve yeni analogların tasarımı
Theoretical investigation on conformational changes of HIV-1 protease enzyme during interaction with its inhibitors and design of new analogues
MERVE SENEM AVAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİLDAN ADAR
- A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view
K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı
SEZEN VATANSEVER
Doktora
İngilizce
2017
BiyofizikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- The investigation of mechanistic differences of Rac1P29S and Rac1A159V activation via molecular dynamics simulations
Başlık çevirisi yok
SİMGE ŞENYÜZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyofizikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy
Başlık çevirisi yok
GÜNNUR GÜLER
Doktora
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-UniversitätPROF. DR. WERNER MANTELE