The effect of exogeneous wild-type and a compound-heterozygote mutant (Q311R; A371T) parkin expressions on nuclear proteome
Yabanıl tip ve mutant parkin (Q311R; A371T)eksprese eden nöroblastoma hücrelerinden elde edilen nükleer protein özütlerinin proteome analizi
- Tez No: 578096
- Danışmanlar: PROF. DR. MURAT KASAP
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Parkin 52 kDa'luk E3 ubikitin ligaz aktivitesi gösteren bir proteindir. Parkin ubikitin-proteozom sisteminde rol alarak hücre içi artık ve ömrünü tamamlamış proteinlerin temizlenmesinde rol almaktadır. Parkin üzerinde meydana gelen bazı mutasyonlar erken yaşta ortaya çıkan Parkinson Hastalığına sebep olmaktadır. Bu nedenle Parkin bilim adamlarının dikkatini çekmiş, bu protein ile sayısız çalışma yapılmış ve bu proteinin Parkinson hastalığındaki önemine dair önemli bilgiler elde edilmiştir. Son yıllarda yapılan çalışmalar Parkin'nin bilinen rolünün yanı sıra kanserle olan ilişkisini de ortaya çıkarmış ve Parkin'i kanser çalışmalarının merkezine oturtmuştur. Parkin bir çok kanser türünde delesyona uğradığı için tumor süpresör gen kategorisinde değerlendirilmeye alınmıştır. Hatta yapılan bazı çalışmalarda Parkin'in tumor supresör görevini nasıl yerine getirdiğine dair ipuçları elde edilmiş ve Parkin'nin hücre döngüsünde rol alan bazı proteinleri doğrudan etkilediği gösterilmiştir. Ancak tüm bu çalışmalar Parkin ve kanser arasındaki ilişkiyi detayları ile ortaya koyacak nitelikte değildir. Bu nedenle bu tez kapsamında Parkin ve kanser arasındaki ilişkiyi daha detaylı inceleyebilmek için Parkin ifade eden SH-SY5Y hücrelerinden nüklear proteinleri zenginleştirerek karşılaştırmalı çekirdek proteomu ve çekirdek fosfoproteomu analizleri yaptık. Elde ettiğimiz sonuçlar bize bu güne kadar Parkin'le doğrudan veya dolaylı olarak etkileştiği bilinmeyen proteinlerin varlığını ortaya çıkardı. Tanımlanan bu proteinler ile yaptığımız biyoinformatik analizler sonucunda Parkin'nin tumor süpresör aktivitesini DNA tamir mekanizmalarına verdiği destek üzerinden yapabileceğini gösterdik. Bu tez çalışması Parkinson hastalığı ile kanser arasındaki köprünün kurulması için atılmış bir adım olup elde edilen veriler bu ilişkinin detayları hakkında bizlere ışık tutmaktadır.
Özet (Çeviri)
Parkin is a 52 kDa protein with an E3 ubiquitin ligase activity. It plays a significant role in the ubiquitin-proteasome system and acts as a regulator of protein breakdown. Parkin's recognition emanates from its involvement in early-onset Parkinson's disease. In recent years, Parkin was also placed into the center of cancer research due to its tumor suppressor activity. However, the details about how Parkin as a tumor suppressor protein, plays a role in the development or progress of cancers remains unknown. The tumor suppressor activity of Parkin might be carried out by its nuclear form and may not be relevant to its E3 ubiquitin ligase activity. Thus, monitoring the metabolic activity of Parkin in the nucleus should provide clues about the involvement of Parkin in cancer. In here, an effort was placed on determining the changes at the nuclear proteome in the wild-type and a compound-heterozygous mutant Parkin (Q311R and A371T) expressing SH-SY5Y cells. Nuclear proteins were enriched and the changes occurring at the nuclear proteome level upon Parkin expressions were studied using 2D gel electrophoresis coupled with MALDI-TOF/TOF analysis. In addition, changes in phosphorylation levels in total and nuclear protein extracts upon Parkin expressions were also determined using ProQ-Diamond protein stain. A list of differentially regulated proteins that were not previously known to interact or associate with Parkin was generated. The differentially regulated proteins pointed to DNA repair mechanisms and involvement of Parkin and its putative partners in the repair of damaged DNA. The findings documented in here contributed to the current literature and shed some light onto some of the unknowns about PD and cancer.
Benzer Tezler
- Induction of callus from P.somniferum and P.orientale in vitro conditions
P.somniferum ve P.orientale in vitro şartlarda kallus (organize olmamış hücreler) elde edilmesi
VOLKAN SEYRANTEPE
- ABC gen familyasına dahil olan Bcrp1 ve Mrp2 taşıyıcı proteinlerinin, antikanserojen bir ilaç olan metotreksatın farmakokinetiğindeki rolünün incelenmesi
The role of the ABC transporters Bcrp1 (Abcg2) and Mrp2 (Abcc2) in the pharmacokinetics of the anti-cancer drug methotrexate.
ZELİHA PALA
Doktora
Türkçe
2009
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL BAKTIR
- Risk assessment of inflammation related CYP1A2, 2C9, 2D6, 3A4, and 4F2 polymorphisms in Turkish patents with multiple sclerosis
Multipl sklerozlu Türk hastalarda inflamasyonla ilişkili CYP1A2, 2C9, 2D6, 3A4 ve 4F2 polimorfizmlerin risk değerlendirmesi
BURAK BARUT
Doktora
Türkçe
2023
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ADALI
PROF. DR. ALAATTİN ŞEN
- Ekzojen ABA uygulamasının kuraklık stresi (PEG-6000) altındaki yabani ve ABA-eksik arabidopsis mutantları üzerindeki biyokimyasal ve fizyolojik etkilerinin araştırılması
Investigation on the biochemical and physiological effects of exogenous ABA application on arabidopsis thaliana wild type and ABA deficient mutants under drought stress (PEG-6000)
CEYDA ÖZFİDAN
- Characterization of the yvfI mutant spores
yvfI mutant sporlarının karakterizasyonu
EZGİ ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ