Molecular phylogenetic relationships of six Astragalus L. sections (Halicacabus, Megalocystis, Macrophyllium, Hymenostegis, Hymenocoleous, Poterion) native to Turkey based on cpDNA and nDNA regions
Türkiye'de doğal yayılış gösteren Astragalus L. cinsine ait altı seksiyonun (Halicacabus, Megalocystis, Macrophyllium, Hymenostegis, Hymenocoleous, Poterion) arasındaki kloroplast ve nükleer DNA bölgelerine dayalı moleküler filogenetik analizleri
- Tez No: 489408
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 162
Özet
Çalışmada, kloroplast DNA'sına ve nükleer genom bölgelerine ait DNA dizileri kullanılarak altı adet Astragalus seksiyonuna ait toplam otuz türün filogenetik ilişkileri ve türleşme zamanları belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışılan kloroplast ve çekirdek DNA bölgeleri içinde, çekirdek genomdaki ITS gen bölgesinin en yüksek genetik farklılığa sahip olduğu bulunmuşturTüm bölgelerden elde edilen sonuçlara göre, Poterion seksiyonunun diğer çalışılan Astragalus seksiyonlarından oldukça farklı olduğu görülmüştür. Çalışılan Astragalus seksiyonları içerisinde Halicacabus ve Megalocystis seksiyonları genetik açıdan birbirlerine en yakın seksiyonlar olduğu belirlenmiştir. Bunlara ek olarak Hymenocoleous seksiyonun ait olan A.vaginans türünün her zaman Hymenostegis seksiyonuna ait türlere yakın fakat onlardan ayrı bir dalda konumlandığı görülmüştür. Ayrıca A.trifoliastrum türü de ait olduğu Hymenostegis seksiyonunun diğer türlerinden farklı alt dalda yer aldığı belirlenmiştir. Bunun yanısıra Macrophyllium seksiyonuna ait A.dipodurus ve A.oleaefolius türleri de seksiyonun diğer türlerinden tüm çalışılan cpDNA ve nDNA bölgelerine göre elde edilen filogenetik ağaçlarda, farklı dallarda yer almaktadırlar. Dünyanın diğer bölgelerinde yayılış gösteren bazı Astragalus türlerinin Türkiye'deki çalışılan türlerle olan filogenetik ilişkilerini anlamak amacıyla, bu çalışmada kullanılan bölgelerin DNA dizileri NCBI veri tabanından alınmış ve çalışmada kullanılan Türkiye örnekleri ile birlikte analiz edilmiştir. Tüm çalışılan bölgelere göre, Türkiye örnekleri eski dünya türlerine yakın pozisyon alsalar da, yeni dünya türlerine genetik açıdan daha yakın olduğu görülmektedir. Çin, Kore, Avusturalya'dan alınan bazı eski dünya türleri ise yeni dünya türlerine daha yakın pozisyon almışlardır. Bu veriler ışığında Türkiye türlerinin genetik açıdan farklı oldukları söylenebilir. Evrimsel farklılaşma zamanlarının analizleri incelendiğinde Türkiye Astragalus türleri, yeni ve eski dünya türlerinden Pleistosen döneminde ayrılmış ve çalışılan türler içerisinde ise özellikle Poterion seksiyonu Türkiye Astragalus seksiyonlarına göre daha yakın dönemde farklılaşmış olduğu düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The thirty species involved in six Astragalus sections were studied not only to understand phylogenetic relationships and also to estimate evolutionary divergence times by using the DNA sequences of cpDNA (chloroplast) and nDNA (nuclear) regions. The results showed that the DNA sequences of ITS nr (nuclear ribosomal) region had with the highest genetic diversity. Based on all studied regions, Poterion section was the most diverge section than others while Megalocystis and Halicacabus sections were the closest ones. Moreover, A.vaginans from Hymenocoleous section was located also close to Hymenostegis section but always in different branch. It is notable that, A.dipodurus and A.oleaefolius species from Macrophyllium section placed in a different sub-branch in all phylogenetic trees constructed by both studied cpDNA and nDNA regions. To understand the phylogenetic relationships among the Turkish Astragalus species and in other regions of the world, DNA sequences of studied regions and foreign samples obtained from NCBI database were analyzed together. Turkish species formed a separated cluster, but close to Old world species in the phylogenetic trees of both trnL, matK and ITS regions. Moreover, some Old world species like Chinese, Australian and Korean were in close association with New world species. From all these results, it can be said that although Turkish species were derived from an independent diversity cluster. Evolutionary divergence time for Astragalus genus was estimated. All analysis depicts that studied sections of Astragalus genus that are native to Turkey were diverged from other New and Old world ones at Pleistocene period. According to two different cpDNA regions (trnL and matK), results indicated that Poterion section appeared to be newly diverged from other sections of Turkish Astragalus sections.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki Aphanius nardo, 1897 (Pisces:Cyprinodontidae) tür ve alttürlerinin genetik varyasyonu
Genetic variation of species and subspecies of the genus Aphanius nardo, 1897 (Pisces:Cyprinodontidae) in Turkey
NİLGÜN TATAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FEVZİ BARDAKCI
- Türkiye'deki alabalıkların (Salmo trutta L.) moleküler filogenisi
Molecular phylogeny of brown trouts (Salmo trutta L.) in Turkey
NAZAN ÖZEN
- Kırıkkale ilinde yetişen apiaceae familyasına ait bazı türlerde moleküler taksonomik bir çalışma
A molecular study on some species belonging to apiaceae family growing in the province Kirikkale
ŞEREF ERTAŞ
- Marmara bölgesi Blacus nees (Hym.:Braconidae:Blacinae) türlerinin taksonomik ve faunistik yönden araştırılması
A Taxonomic and faunistic study on Blacus species of Marmara region
ÖZLEM ÇETİN
- Molecular phylogenetic position of Turkish abies (Pinaceae) based on noncoding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarının filogenetik analizi
FUNDA ÖZDEMİR DEĞİRMENCİ
