Geri Dön

Functional and structural analysis of recombinant mutant bile salt hydrolases (BSHs) from lactobacillus plantarum b14

Lactobacillus plantarum B14'den elde edilen rekombinant mutant safra tuzu hidroz (STH) enzimlerinin fonksiyonel ve yapısal analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 496541
  2. Yazar: ZEKİYE KILIÇSAYMAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET ÖZTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bazı bağırsak bakterileri tarafından sentezlenen safra tuzu hidrolaz (STH), insan bağırsağında taurin veya glisin bağlı safra asitlerini aminoasit ve dekonjüge safra asitlerine hidrolizini katalize etmekedirler. Dekonjüge safra asitleri kandaki kolesterol düzeyinin azalmasında ve kolestaz, safra taşı oluşumu ve kolon kanseri gibi bazı gastrointestinal hastalıkların oluşumunda potansiyel olarak önemli bir rol oynamaktadır. STH ve insan sağlığı arasındaki ilşkiden dolayı, STH'lerin bakteriyel ve konakçı metabolizmasındaki düzenleyici rölünü daha iyi anlamak için STH'lerin yapısal ve biyokimyasal özellikleri yoğun bir çalışma yapmayı gerektirmektedir. STH'ler, katalitik aktivitelerinde ve sübstrat özelliklerinde yüksek varyasyonlar göstermektedirler. Ancak, katalitik aktiviteden sorumlu olduğu varsayılan altı aminoasit, STH ailesinin tüm üyelerinde tamamen korunmuş durumdadır. STH'ın tamamen korunmuş aminoasitlerinin ikisi arasındaki ilişkiyi ve katalitik aktivitelerini analiz etmek için, asparajin-170 (N170) ve arginin-223 (R223) aminoasitleri sırasıyla PZR temelli yönlendirilmiş mutagenez ile sırası ile valin-170 (V170) ve fenilalanin-223 (F223) aminoasitlerine dönüştürülmüştür. Mutant rekombinant STH'ler (rSTHs) E. coli BLR(DE3) suşunda ifade edildi. Mutasyonların katalitik aktivite üzerindeki etkisi direkt besiyeri ve ninhidrin analizleriyle saptanırken, mutasyonların STH'lerin oluşumuna etkisi ise SDS-PAGE analizi ile gözlenmiştir. V170 ve F223 mutasyonlarının STH oluşumunu engellediği sonucu bulunmuştur. Bu çalışma, N170 ve R223 aminoasitlerinin literatürdeki STH verilerinin siliko analizlerinden tahmin edildiği gibi STH enziminin katalitik aktivitesinden sorumlu olmadığı fakat STH'ın katlanmasından ya da kararlılığında rol alan kritik aminoasitler olabileceğini gösteren ilk deneysel çalışmadır.

Özet (Çeviri)

Bile salt hydrolase (BSH), synthesized by some intestinal bacteria, catalyzes the hydrolysis of taurine or glycine-linked bile acid into the amino acid and deconjugated bile acid in human intestine. Deconjugated bile acids potentially play an important role in the reduction of blood cholesterol level and formation of some gastrointestinal diseases such as cholestasis, gallstone formation and colon cancer. Because of the link between BSH and human health, the structural and biochemical features of BSHs necessitate an intense study to better understand their role in regulating bacterial and host metabolism. BSHs exhibit higher variations in their catalytic activities and substrate specificities. However, six amino acids, supposed to be responsible from catalytic activity, are totaly conserved in all members of the BSH family. In order to analyze the correlation between two of these strictly conserved amino acids and catalytic activity of BSH, the asparagine-170 (N170) and arginine-223 (R223) amino acids were substituted for the valine-170 (V170) and phenylalanine-223 (F223) amino acids respectively by PCR-based site directed mutagenesis. The mutant recombinant BSHs (rBSHs) were expressed in E. coli BLR(DE3) strain. While the effect of the mutations on catalytic activity was detected by direct plate and ninhidrin assays, the effect of the mutations on formation of the BSHs was observed by SDS-PAGE analysis. It was found that V170 and F223 mutations resulted in prevention of BSH formation. This is the first experimental work showing that the N170 and R223 could be critical amino acids for folding or stability of the BSH, but not for the catalytic activity of this enzyme as predicted by in silico analysis of BSH related data in literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    818700

    SARS-CoV-2 varyantlarında spike protein reseptör bağlanma bölgelerinin analizi

    Analysis of spike protein receptor binding domains in SARS-CoV-2 variants

    EMRE CAN YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK BALIK

  2. Tez No

    511290

    Evolutionary engineering and physiological analysis of antimycin-a resistant Saccharomyces cerevisiae

    Antimisin-a dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin evrimsel mühendisliği ve fizyolojik analizi

    ALİCAN TOPALOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  3. Tez No

    128510

    Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments

    Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi

    MERT ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS

    YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN

  4. Tez No

    745306

    Structural modifications and novel mini chaperone designs of an archaeal small heat shock protein, TPV sHSP14.3

    Bir arkea küçük ısı şoku proteinin (TPV sHSP14.3) yapısal modifikasyonlar ve özgün küçük şaperon tasarımları

    SEMA ZABCI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK

  5. Tez No

    1018915

    Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population

    Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi

    NİSAN DENİZCE CAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

Geri Dön