Functional and structural analysis of recombinant mutant bile salt hydrolases (BSHs) from lactobacillus plantarum b14
Lactobacillus plantarum B14'den elde edilen rekombinant mutant safra tuzu hidroz (STH) enzimlerinin fonksiyonel ve yapısal analizi
- Tez No: 496541
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Bazı bağırsak bakterileri tarafından sentezlenen safra tuzu hidrolaz (STH), insan bağırsağında taurin veya glisin bağlı safra asitlerini aminoasit ve dekonjüge safra asitlerine hidrolizini katalize etmekedirler. Dekonjüge safra asitleri kandaki kolesterol düzeyinin azalmasında ve kolestaz, safra taşı oluşumu ve kolon kanseri gibi bazı gastrointestinal hastalıkların oluşumunda potansiyel olarak önemli bir rol oynamaktadır. STH ve insan sağlığı arasındaki ilşkiden dolayı, STH'lerin bakteriyel ve konakçı metabolizmasındaki düzenleyici rölünü daha iyi anlamak için STH'lerin yapısal ve biyokimyasal özellikleri yoğun bir çalışma yapmayı gerektirmektedir. STH'ler, katalitik aktivitelerinde ve sübstrat özelliklerinde yüksek varyasyonlar göstermektedirler. Ancak, katalitik aktiviteden sorumlu olduğu varsayılan altı aminoasit, STH ailesinin tüm üyelerinde tamamen korunmuş durumdadır. STH'ın tamamen korunmuş aminoasitlerinin ikisi arasındaki ilişkiyi ve katalitik aktivitelerini analiz etmek için, asparajin-170 (N170) ve arginin-223 (R223) aminoasitleri sırasıyla PZR temelli yönlendirilmiş mutagenez ile sırası ile valin-170 (V170) ve fenilalanin-223 (F223) aminoasitlerine dönüştürülmüştür. Mutant rekombinant STH'ler (rSTHs) E. coli BLR(DE3) suşunda ifade edildi. Mutasyonların katalitik aktivite üzerindeki etkisi direkt besiyeri ve ninhidrin analizleriyle saptanırken, mutasyonların STH'lerin oluşumuna etkisi ise SDS-PAGE analizi ile gözlenmiştir. V170 ve F223 mutasyonlarının STH oluşumunu engellediği sonucu bulunmuştur. Bu çalışma, N170 ve R223 aminoasitlerinin literatürdeki STH verilerinin siliko analizlerinden tahmin edildiği gibi STH enziminin katalitik aktivitesinden sorumlu olmadığı fakat STH'ın katlanmasından ya da kararlılığında rol alan kritik aminoasitler olabileceğini gösteren ilk deneysel çalışmadır.
Özet (Çeviri)
Bile salt hydrolase (BSH), synthesized by some intestinal bacteria, catalyzes the hydrolysis of taurine or glycine-linked bile acid into the amino acid and deconjugated bile acid in human intestine. Deconjugated bile acids potentially play an important role in the reduction of blood cholesterol level and formation of some gastrointestinal diseases such as cholestasis, gallstone formation and colon cancer. Because of the link between BSH and human health, the structural and biochemical features of BSHs necessitate an intense study to better understand their role in regulating bacterial and host metabolism. BSHs exhibit higher variations in their catalytic activities and substrate specificities. However, six amino acids, supposed to be responsible from catalytic activity, are totaly conserved in all members of the BSH family. In order to analyze the correlation between two of these strictly conserved amino acids and catalytic activity of BSH, the asparagine-170 (N170) and arginine-223 (R223) amino acids were substituted for the valine-170 (V170) and phenylalanine-223 (F223) amino acids respectively by PCR-based site directed mutagenesis. The mutant recombinant BSHs (rBSHs) were expressed in E. coli BLR(DE3) strain. While the effect of the mutations on catalytic activity was detected by direct plate and ninhidrin assays, the effect of the mutations on formation of the BSHs was observed by SDS-PAGE analysis. It was found that V170 and F223 mutations resulted in prevention of BSH formation. This is the first experimental work showing that the N170 and R223 could be critical amino acids for folding or stability of the BSH, but not for the catalytic activity of this enzyme as predicted by in silico analysis of BSH related data in literature.
Benzer Tezler
- Evolutionary engineering and physiological analysis of antimycin-a resistant Saccharomyces cerevisiae
Antimisin-a dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin evrimsel mühendisliği ve fizyolojik analizi
ALİCAN TOPALOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- SARS-CoV-2 varyantlarında spike protein reseptör bağlanma bölgelerinin analizi
Analysis of spike protein receptor binding domains in SARS-CoV-2 variants
EMRE CAN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments
Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi
MERT ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS
YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Escherichia coli sialiltransferaz geninin klonlaması, ekspresyonu ve yapı-işlev ilişkileri
Cloning, expression and structure-function relationship in sialyltransferase gene of escherichia coli
YOSUN MATER
Doktora
Türkçe
2004
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FÜSUN GÜMÜŞEL
PROF.DR. SABİRE KARAÇALI
- Yeni anti-theilerial ilaçların geliştirilmesi için theileria annulata peptidil prolil izomeraz geninin klonlanması ve inhibitör adaylarının in silico incelenmesi
Theileria annulata peptidyl prolyl isomerase gene cloning and in silico analysis of candidate inhibitors for new anti-theilerial drug design
SEZEN SPAHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK