Phylogenetic analysis and phylogeographic structure of Cynips quercusfolii (Hymenoptera:Cynipidae) as inferred from mtDNA and nDNA sequences
Cynips quercusfolii'nin (Hymenoptera:Cynipidae) filogenetik analizi ve filocoğrafik yapısının mtDNA ve nDNA sekans yoluyla araştırılması
- Tez No: 496559
- Danışmanlar: PROF. DR. SERAP MUTUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Zooloji, Genetik, Biology, Zoology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Filogenetik, Genetik-popülasyon, Mazı meşesi, Moleküler genetik, Sapsız meşe, Türk meşesi, Zoocoğrafya, Phylogenetic, Genetics-population, Gall oak, Molecular genetic, Sessile oak, Turkish oak, Zoogeography
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Cynips quercusfolii (Hymenoptera: Cynipidae) Türkiye de dahil olmak üzere Palearktik bölgede geniş yayılış gösteren bir gal arısı türüdür. Bu tez çalışmasında eşeysiz jenerasyon gallerinden elde edilen bireyler i) C. quercusfolii türünün ülkemiz populasyonlarının sahip olduğu genetik çeşitliliği tespit etmek, ii) genetik çeşitliliğin coğrafik dağılımını belirlemek, iii) populasyonların genişleme/daralma durumlarına bakarak populasyon demografik yapısını ortaya koymak, iv) türün filogenetik ve filocoğrafik yapılanmasını araştırmak, v) coğrafik bariyerlerin türün filocoğrafik ve filogenetik yapısı üzerine etkisini belirlemek, vi) türün genetik yapısı üzerine iklimsel dalgalanmaların etkisinin olup olmadığını test etmek, vii) türün ana soy hatlarının ayrışma zamanlarını tahmin etmek için kullanılmıştır. Bu amaçla C. quercusfolii türünün 38 populasyonunu temsil eden 294 bireyin mitokondri genomundan 433 bç sitokrom b geni ile çekirdek genomundan ITS2 bölgesi çoğaltılarak dizilenmiştir. Dizilenen örneklerden 125 mtDNA haplotipi ve 30 ITS2 aleli belirlenmiştir. Haplotip/alel ve nükleotid çeşitlilik analizleri ülkemiz populasyonlarında yüksek bir genetik çeşitliliğinin olduğunu ortaya koymaktadır. Bununla beraber, nükleotid çeşitliliğinin haplotip çeşitliliğine oranla daha düşük olması populasyonların geçmişte daralma/genişleme geçirdiklerini ifade etmektedir. Maksimum parsimoni, maksimum olasılık ve Bayesian yaklaşımların uygulandığı filogenetik ve filocoğrafik analizler soy hatlarının ülkemizdeki ana coğrafik bariyerlerle ilintili bir yapılanma gösterdiğini ortaya koymuştur. Sitokrom b gen verilerine klasik moleküler saat uygulaması yapıldığında C. quercusfolii türünün dışgrup haplotiplerinden Pliosen'de ayrıldığı, Pleistosen boyunca oluşan iklimsel ve çevresel değişimlerin türün ana klad ve altkladlarının ayrışmasında etkili olduğu belirlenmiştir. Bu tez ile elde edilen sonuçlar coğrafik bariyerler ve iklimsel değişikliklerin C. quercusfolii türünün ülkemizdeki yapılanmasına etkili olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Cynips quercusfolii (Hymenoptera: Cynipidae) is a widespread oak gall wasp species distributed in the Palearctic region including Turkey. Individuals reared from asexual generation galls of the species were used to: i) reveal genetic variation present in the Turkish populations of C. quercusfolii, ii) search for the geographic structuring of the genetic diversity, iii) assess population demographic structure by exposing population expansion/retractions, iv) reconstruct phylogenetic and phylogeographic structure, v) test if the geographic barriers shaped phylogeographic and phylogenetic structure of the species, vi) effects of the climatic fluctuations on the genetic structure of the species, and vii) estimate times of divergence between major lineages of the species. For these purposes, a 433 bp fragment of mitochondrial DNA cytochrome b gene and the entire ITS2 region nuclear DNA were amplified and sequenced from 294 individuals representing 38 populations of C. quercusfolii. All sequences generated 125 mtDNA haplotypes and 30 ITS2 alleles. Haplotype/allele and nucleotide diversity estimates indicated the existence of high genetic variation in the Turkish populations. Nonetheless, lower nucleotide diversity versus higher haplotype diversity implied that populations have gone through some population expansion and retraction in the past. Phylogenetic and phylogeographic analyses through preforming maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian approaches indicated that there is geographic structuring of the haplotypes considering the location of major barriers. Employing conventional molecular clock to the cytochrome b gene data to estimate times of divergence showed that C. quercusfolii split from the outgroup species in the Pliocene epoch, and during the Pleistocene climatic and environmental fluctuations played a key role in the structuring of the major clades and subclades. Overall, current findings of this thesis demonstrate that climatic oscillations and geographic barriers have left their imprints on C. quercusfolii in Turkey.
Benzer Tezler
- Paleocene planktonic foraminiferal taxonomy and biostratigraphy in the Adıyaman region (SE Anatolia)
Başlık çevirisi yok
AYŞEGÜL GÜRGEY(TEKİN)
- Türkiye'nin Astragalus L. cinsine ait Dasyphyllium Bunge seksiyonunun revizyonu
The Revision of the section Dasyphyllium Bunge of the genus Astragalus L. of Turkey
ZEKİ AYTAÇ
- Stratigraphy and foraminiferal micropaleontology of the upper cretaceous sedimentary succession in ne Kahta (Adıyaman) region : A Biometric approach to orbitoidal foraminifera
Kahta (Adıyaman) bölgesinin kuzey doğusundaki üst kretase sedimanter istifinin stratigrafisi ve foraminifer mikropaleontolojisi: orbitoid foraminiferlere biyometrik bir yaklaşımı
ERCAN ÖZCAN
Doktora
İngilizce
1994
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEMİR ALTINER
- Micropaleontology and sitratigraphy of the paleogene rocks to the north of Akhisar
Akhisar kuzeyi paleojen kayalarının mikropaleontolojisi ve stratigrafi
NURAY ÖNOĞLU (GEDİK)
- Türkiye microtus (Mammalia: rodential) cinsinde molar varyasyonun saptanması ve bunun filogenetik sonuçları
Deterrmimnation of molar variation of Turkish Microtus (Mammalia: rodentia) genus and its phylogenic results
MEHTAP YARDIMCI
