Transcriptome-wide analysis of iroc target genes in the Drosophila olfactory system
Drosophila koku sisteminde ıroc hedef genlerinin transkriptom geneli analizi
- Tez No: 503322
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bir organizma için dış çevreyi algılamak çok hayatidir ve bu algılama çeşitli duyu sinirleri tarafından sağlanmaktadır. Bu sinir hücreleri, daha sonra çeşitli spektral hassasiyeti olan sinir hücrelerine dönüşen öncül duyu organı hücreleri (SOP) tarafından üretilirler. Koku sistemindeki bu sinir hücresi çeşitlenmesinin moleküler mekanizması halen tamamen bilinmemektedir. Drosophila melanogaster koku sistemi, sinir hücresi çeşitlenmesine çok iyi bir örnektir. Bu sistemin elemanlarının az sayıda olması ve şimdiye kadar iyi tanımlanmış olması bu sistemi çalışmaya uyumlu hale getirmiştir. Drosophila koku sistemi anten ve maksiller palp olarak adlandırılan iki koku organı ve 50 farklı koku sinir hücresi (ORN) sınıfından oluşur. Koku sinir hücreleri sensilaların içerisinde bulunurlar ve her sensila birden dörde kadar sayıda sinir hücresi barındırabilir. Bu çalışma çerçevesinde biz bir TALE sınıfına ait gen düzenleyici ailesinden olan iroC (Iroquois Complex) gen düzenleyicilerine odaklandık. Enhancer trap analizleri IroC genlerinin iki koku organında da ifade edildiğini gösterdi. IroC hedef genlerinin hangileri olduğunu tespit etmek için genom geneli transkriptom yaklaşımı kullandım ve IroC üçlü mutant dokularından izole edilmiş anten ve maksiller palp dokularına RNA sekanslama deneyini yaptım. Sonuç olarak 11 tane diferansiyel bir şekilde ifade edilmiş koku reseptör geni ve 23 tane diferansiyel bir şekilde ifade edilmiş gen düzenliyici buldum. Difarensiyel bir biçimde ifade edilmiş koku reseptör genlerini qRT-PCR yöntemi ile doğruladım.
Özet (Çeviri)
Sensing the environment is vital for an organism and it is provided by divergent sensory neurons. These neurons are generated from sensory organ precursor (SOP) cells that differentiate into neurons with diverse spectral sensitivity. The molecular mechanisms underlying neuron diversification in the olfactory system are largely unknown. Drosophila melanogaster olfactory system represents a stunning example of neuron diversification and it is an amenable system to study these mechanisms because of its reduced quantity and explicit definition. The Drosophila olfactory system comprises two olfactory organs, the antenna and maxillary palp, and 50 different olfactory receptor neuron (ORN) classes. ORNs are housed in sensilla and each sensillum contains one to four neurons. In the framework of this study we focus on homeodomain transcription factors from the TALE class, Iroquois Complex (IroC). The analysis of enhancer trap lines shows that IroC is expressed in both olfactory organs. In order to identify IroC target genes in the olfactory system, I used a genome-wide transcriptome approach and performed RNA Sequencing on antenna and maxillary palp tissue isolated from IroC triple mutant flies. I identified 11 differentially expressed OR genes and 23 transcription factors. Differentially expressed ORs were validated by qRT-PCR.
Benzer Tezler
- Characterızatıon of the effects of ıdh1 mutatıon on monocyte dıfferentıatıon at transcrıptome level ın early stages of glıoma formatıon
Idh1 mutasyonunun gliom oluşumunun erken aşamalarında monosit farklılaşmasına etkilerinin transkriptom düzeyinde karakterizasyonu
EBRU DİLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiBiyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
- Transcriptomics identification of barley (Hordeum vulgare L.) boron tolerance mechanism
Arpada (Hordeum vulgare L.) bora karşı direnç mekanizmasının transkriptom düzeyinde incelenmesi
GÜZİN TOMBULOĞLU
Doktora
İngilizce
2014
BiyoteknolojiFatih ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SERDAL SAKÇALI
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Identification and functional characterization of m6A RNA modifications in cisplatin-treated hela cells
Sisplatin uygulanmış hela hücrelerinde m6A RNA modifikasyonlarının belirlenmesi ve fonksiyonel karakterizasyonu
AYŞE BENGİSU GELMEZ
Doktora
İngilizce
2024
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress
Thermoplasma volcanium GSS11'ın ekstrem stres altında transcriptom analizi
SEMA ZABCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Genome-wide analysis of the effect of bacilysin biosynthetic operon in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis'de basi̇li̇si̇n bi̇yosentez operonunun etki̇leri̇ni̇n genom ölçeği̇nde anali̇zi̇
TÜRKAN EBRU KÖROĞLU
Doktora
İngilizce
2013
Mikrobiyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ