Yüksek vücut kitle indeksine sahip çölyak hastalarının bağırsak mukozalarında genom boyu transkriptomik analizlerinin gerçekleştirilmesi
Genome-wide transcriptome analysis of intestinal mucosa of celiac patients with high body mass index
- Tez No: 951164
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FEYZA NUR TUNCER KILINÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Gastroenteroloji, Genetik, İç Hastalıkları, Gastroenterology, Genetics, Internal diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Çölyak hastalığı (ÇH), genetik yatkınlığı olan bireylerde gluten alımına bağlı olarak ortaya çıkan, ince bağırsak mukozasında inflamasyon ve villus atrofisiyle karakterize kronik bir enteropatidir. Son yıllarda, tanı anında fazla kilolu veya obez bireylerde de ÇH'nin görülme sıklığının arttığı bildirilmiştir. Bu durum, klasik malabsorpsiyon tablosunun ötesinde, obezitenin ÇH patogenezini nasıl etkileyebileceğine dair yeni sorular doğurmuştur. Bu çalışmada, obezite varlığının ÇH'ye bağlı transkriptomik değişiklikler üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Duodenal biyopsi örnekleri, dört gruba ayrılan 23 gönüllüden (obez ÇH, zayıf ÇH, obez kontrol ve zayıf kontrol) elde edilmiştir. İzole edilen RNA'lar kalite kontrol sonrası RNA dizileme analizine tabi tutulmuş; HISAT2 ve STAR iş akışlarıyla hizalama yapılmış ve diferansiyel gen anlatımı analizleri gerçekleştirilmiştir. Gruplar arası karşılaştırmalarda; bağışıklık yanıtı, lipid metabolizması, epitel bariyer işlevi ve nöroendokrin sinyal ile ilişkili çok sayıda genin anlamlı düzeyde ifade değişikliği gösterdiği saptanmıştır. GO ve KEGG zenginleştirme analizleri, TNF ve IL-17 gibi inflamasyonla ilişkili yolakların yanı sıra sıkı bağlantı proteinlerinde düzensizlikleri de ortaya koymuştur. Aktif alt ağ analizleri, potansiyel anahtar düzenleyici genleri tanımlamıştır. Bu bulgular, obezitenin bağırsak düzeyinde ÇH'nin moleküler yapısını değiştirebileceğini göstermektedir. Türkiye'de, obez ÇH bireylerine odaklanan ilk transkriptom düzeyindeki bu çalışma, hastalığın patogenezine dair önemli yeni bilgiler sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Celiac disease (CD) is a chronic immune-mediated enteropathy triggered by gluten intake in genetically susceptible individuals. Recent evidence suggests that a considerable proportion of CD patients are overweight or obese at diagnosis, challenging the classical malabsorptive phenotype. Obesity, characterized by chronic low-grade inflammation and altered intestinal permeability, may intersect with CD pathogenesis in previously unexplored ways. This study aimed to investigate transcriptomic alterations in the duodenal mucosa of obese versus lean CD patients, compared with BMI-matched controls. Duodenal biopsy samples were collected from 23 individuals, divided into four groups: lean CD, obese CD, lean control, and obese control. Total RNA was extracted, quality-checked, and subjected to RNA sequencing. Two bioinformatic pipelines HISAT2 and STAR were employed in parallel for alignment and quantification, followed by differential expression and enrichment analyses. A considerable number of differentially expressed genes (DEGs) were identified between groups, with notable dysregulation in immune response, lipid metabolism, epithelial barrier integrity, and neuroendocrine signaling pathways. Functional enrichment and KEGG pathway analyses further revealed group-specific gene sets, highlighting inflammation-related pathways (e.g., TNF, IL-17), tight junction dysregulation, and altered nutrient sensing. Active subnetworks derived from protein-protein interaction analyses pointed to potential key regulators. These findings suggest that obesity modifies the molecular landscape of CD in the gut, potentially exacerbating or reshaping the disease phenotype. This is the first transcriptome-wide study in Turkiye focusing on CD patients with high BMI, providing novel insights into the molecular crosstalk between obesity and intestinal autoimmunity.
Benzer Tezler
- Çölyak hastalığı olan çocuklarda COVID-19 pandemisinin glütensiz diyete uyuma ve antropometrik ölçümlere etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of the COVID-19 pandemic on gluten-free diet compliance and anthropometric measurements in children with celiac disease
YAĞMUR ERKOL YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
GastroenterolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZARİFE KULOĞLU
- Spinal anestezinin indüklediği hipotansiyonun tahmininde kaval aorta indeksinin rolü
The role of caval aortic index in predicting spinal anesthesia-induced hypotension
MEHMET ALİ ATEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Anestezi ve ReanimasyonDicle ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİKRET SALIK
- Günlük ve günaşırı oral demir dozlarının etkinlik ve yan etki karşılaştırılması
A comparison of activity and side effects of daily and alternate day oral doses of iron
İBRAHİM NAHİT ŞENDUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
HematolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT YAVUZ MALKAN
- Okul öncesi yaşta beslenme sorunu olan çocuklar, annelerinin tutumları ve psikolojik iyilik halleri
Nutritional problems in preschool age of children, mothers' attitudes and psychological wellness
MERVE ÖZEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
UZMAN ÖZLEM ERDEDE
UZMAN PINAR ZENGİN AKKUŞ
- Kronik boyun ağrısının propriyosepsiyon ve skapular diskinezi üzerine etkileri
The effect of proprioception and scapular diskinesis in chronic neck pain
CEYDA ALYAZ HOTAMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Fizyoterapi ve Rehabilitasyonİstanbul Medipol ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERPİL ÇOLAK