Annotation of the Caulerpa cylindracea genome by high-throughput sequencing data analysis
Caulerpa cylindracea genomunun yüksek işlem hacimli dizileme veri analizi ile belirlenmesi
- Tez No: 505178
- Danışmanlar: ÖĞR. GÖR. ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Deniz Bilimleri, Genetik, Biochemistry, Marine Science, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
Algler kök, gövde ve yaprakları farklılaşmamış; fotosentez yapabilen geniş sucul bir türdür. Tallus pigmentasyoları baz alınarak kırmızı (Rhodophyta), kahverengi (Phaeophyta) ve yeşil algler (Chlorophyta) olarak sınıflandırılabilirler. Yeşil bir alg olan Caulerpa cylindracea tropikal ve yarı tropikal bölgelere yayılan istilacı bir su yosunu türüdür. Akdeniz'de en kötü 100 istilacı yabancı deniz türünden biri olarak bildirilmiştir. Çok kolaylıkla yayılabilir ve ekolojik biyoçeşitliliği dramatik olarak değiştirebilir. Kıyı ekosistemi üzerine teşkil ettiği tüm potansiyel tehdide rağmen, hakkında bulunan genetik bilgi çok kısıtlıdır. Biyolojik, moleküler ve biyokimyasal mekanizmalarının ortaya çıkarılması için türe ait kapsamlı genomik bir araştırmanın yapılması zorunludur. Bu sebeplerden dolayı, bu çalışma C. cylindracea genomuna özgün bir yaklaşım sunmaktadır. Bir önceki çalışmada yeni nesil DNA dizileme yöntemiyle elde edilen C. cylindracea transkriptomunun analizi hedeflenmiştir. Elde edilen 83.071.493,00 okuma Trinity programı ile referans genom kullanmaksızın de novo birleştirilmiş ve 33340 adet belirli fonksiyonlara sahip gen kümesi tarafından temsil edilen 47400 kontig belirlenmiştir. İşlevsel analiz için Swiss-Prot, Pfam, ve EggNOG veri tabanları kullanılmıştır. 21001 transkripte ait 14147 adet gen kümesi belirlenmiş ve en yüksek kapsama 13012 gen kümesi ile Swiss-Prot veri tabanından elde edilmiştir. Gen ontolojisi analizleri 40,94% biyolojik proses, ardından 32,05% hücresel bileşen ve 27,01% moleküler fonksiyon şeklinde sonuçlanmıştır. Ek olarak C. cylindracea genomu 88,85% ökaryot, 9,86% bakteri ve 0,67% virüs alemine benzerlik göstermiş olup, tür seviyesinde Arabidopsis thaliana ile 69,76% benzerlik göstermiştir. Basit dizilim tekrarları MISA programıyla tanımlanmıştır. Sırasıyla 16,156 ve 10,207 basit dizilim tekrarı (>500 baz çifti) ve (>1000 baz çifti) nükleotid sekansları için tanımlanmıştır. Analizi yapılan transkriptom bilgisinin ve bulunan sonuçların gelecekteki çalışmalara zemin hazırlaması ve Caulerpa cylindracea türüne ait moleküler yolakları aydınlatması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Algae are a diverse aquatic species with lack of true roots, stems and leaves that have capable of photosynthesis. They can classified based on their thallus pigmentation such as red (Rhodophyta), brown (Phaeophyta) and green algae (Chlorophyta). The green algae Caulerpa cylindracea is an invasive member of Bryopsidales that spread around tropical to subtropical territories. It has been reported in the 100 worst invaders of alien marine species in the Mediterranean Sea. It can rapidly spread and change ecological biodiversity dramatically. Despite this potential threat on coastal ecosytem there has been reported very limited genetic information about C. cylindracea. An extensive genomic research is essential to reveal biological, molecular and biochemical mechanisms of this species. Due to these reasons, this study represents a novel research for C. cylindracea genome. We aimed to annotate transcriptome data of C. cylindracea which obtained from previous study by using next-generation sequencing. 83.071.493,00 of raw reads were de novo assembled in 47400 contigs representing by 33340 unigenes using Trinity software. Swiss-Prot, Pfam and EggNOG databases were used for functional annotation of assembled C. cylindracea transcriptome. Total of 14147 unigenes belonging to 21001 transcripts were functionally annotated. Highest coverage with 13012 unigenes was obtained from Swiss-Prot database. Gene ontology annotations resulted that 40,94% of the GO terms matches (23842 hits) with biological process, followed by 32,05% cellular component (18666 hits) and 27,01% molecular function (15734 hits). In addition, C. cylindracea genome showed similarity to 88,85% of eukarya, 9,86% bacteria and 0,67% of viruses domains and 69,76% similarity to Arabidopsis thaliana at species level. Simple sequence repeat (SSR) markers were identified using MISA tool. A total of 16,156 and 10,207 SSRs were identified for (>500 bp) and (>1000 bp) nucleotide sequences respectively with 1 sequences containing more than one SSR. It is expected that the annotated transcriptome data and found results will lead to future studies and enlighten to molecular pathways of Caulerpa cylindracea.
Benzer Tezler
- Şeyhi Divanı'ndan seçilen elli gazelin şerhi
Annotation of the fifty ghazals of the Divan?s Şeyhi
HÜSAMETTİN ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Türk Dili ve EdebiyatıDumlupınar ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KADİR GÜLER
- Şeyhi Divanı'ndan seçilen elli gazelin şerhi
Annotation of the fifty ghazals of the Divan's Şeyhi̇
DAMLA ALEVOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Türk Dili ve EdebiyatıCelal Bayar ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KENAN ERDOĞAN
- Genetik varyantların doğal dil işleme yöntemleri ile anotasyonu
Annotation of genetic variants using natural language processing methods
ORÇUN TAŞAR
Doktora
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul ÜniversitesiEnformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM EROL
PROF. DR. ARZUCAN ÖZGÜR TÜRKMEN
- Vusûlî'nin 50 gazelinin (51-100) şerhi
Annotation of Vusûlî's 50 gazelles (51-100)
ABDULLATİF EMRE NAVGASIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Türk Dili ve EdebiyatıAfyon Kocatepe ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SARI
- Nâbî'nin 30 gazelinin (1 - 30) şerhi
Annotation of Nâbî's 30 gazelles
BÜLENT YAYLA
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Türk Dili ve EdebiyatıAfyon Kocatepe ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. İRFAN AYPAY