DETERMINATION OF EXTRACELLULAR HYDROLYTIC ENZYME PRODUCTION CAPACITY AND 16S rRNA ANALYSIS OF Streptomyces BACTERIA ISOLATED FROM SOME SOIL SAMPLES COLLECTED IN ERBIL IRAQ
ERBİL'DE TOPLANAN BAZI TOPRAK NUMUNELERİNDEN İZOLE EDİLEN Streptomyces BAKTERİLERİNİN EKSTRASELÜLER HİDROLİTİK ENZİM KABİLİYETLERİNİN BELİRLENMESİ VE 16S rRNA ANALİZİ
- Tez No: 508181
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Erbil, Ekstraselüler enzim, Streptomyces, 16S rRNA, Extracellular enzyme, Erbil, Streptomyces, 16S rRNA
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Irak'ın Erbil ilinde belli noktalardan alına toprak numunelerinden Streptomyces cinsi bakterileri izole edilerek bazı ekstraselüler enzimlerin aktiviteleri belirlenmiş ve 16S rRNA gen bölgesinin filogenetik analizi yapılmıştır. Seyreltme plak yöntemi ile 26 farklı Streptomyces cinsi bakteri izole edilmiş ve daha sonra saflaştırma işlemi yapılmıştır. 26 Streptomyces suşuna yapılan ekstraselüler hidrolitik enzim aktivitesi çalışmalarında 3 izolat ksilinaz aktivitesinde, 19 izolat amilaz aktivitesinde ve 15 izolat proteaz aktivitesinde pozitif sonuç göstermiştir. Fakat hiçbir test izolatı pozitif sonuç göstermemiştir. Fakat test izolatları lipaz aktivitesinde pozitif sonuç göstermemiştir. Genomik DNA'sı izole edilen 7 izolatın 16S rRNA gen bölgesi 27F ve 1492R evrensel primerleri ile amplifiye edilip sekans analizi yapılmıştır. Bu sonuçlar Mega 7.0.18 paket programı ile Maximum Likelihood algoritması kullanılarak filogenetik uzaklık matrisi olan (Jukes ve Cantor, 1969) metodu ile filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Oluşan filogenetik ağaçta NCBI'dan dizileri alına Streptomyces suşları ile çalışmamızda kullanılan suşlar güçlü bir homoloji ile kümelenerek filogenetik analizleri yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
At this work, some soil samples taken from different spots from Erbil-Iraq. The Streptomyces bacteria by isolating, some extracellular enzymes is determined what activities they do and 16S rRNA gene field's phylogeny analyse has been made. 26 different types of bacteria have been isolated and then purification process has been with dilution plate method. At the works of extracellular hydrolytic enzyme activities has been done to 26 Streptomyces strains has resulted positive in 3 isolate xylanase activity, 19 isolate amylase activity and 15 protease activity. However, test isolates did not show a positive effect on lipase activity. 8 isolate which genomic DNA of it isolated, sequence analyse of that has been done by amplified with universal primer as, 16S rRNA gene field 27F and 1492R. With these results phylogenetic tree have been made by using Mega 7.0.18 package and ML algorithm and method of phylogenic distance matrix of (Juke and Cantor, 1969). At the created phylogenic tree, Streptomyces strains that their lines taken by NCBI.
Benzer Tezler
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16S rRNA analysis of streptomyces bacteria isolated from some soil samples collected in Sulaimani–Iraq
Süleymaniye'de toplanan bazı toprak numunelernden izole edilen streptomyces bakterilerinin ekstraselüler hidrolitik enzim kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16S rRNA analizi
BARZAN OTHMAN HASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16s rdna analyses of streptomyces genus bacteria isolated from root of Phaseolus vulgaris L. ( bean )
Phaseolus vulgaris L. (fasulye) bitki kök toprağından Streptomyces türlerinin bazı ekstraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16s rDNA analizi
HUSSEIN ALI SADEQ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16s rdna analysis of bacillus genus bacteria isolated from Erçek Lake
Erçek Gölü'nden izole edilen bacillus cinsi bakterilerın ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16s rdna analizi
SARDAR HUSSEIN RASOOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Faruk suyu (Van-Köşebaşı köyü)'dan izole edilen bacillus cinsi bakterilerin ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16s rDNA analizi
Determination of the extracellular hydrolytic enzyme production potential and 16s rDNA analysis of bacillus species isolated from Faruk stream (Van–Köşebaşi village)
KÜBRA KARAVAŞ YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
MikrobiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAMDULLAH SEÇKİN
- Optimization of Production Parameters for Single Cell Oil and Metabolite Production from Yarrowia lipolytica Strains
Yarrowia lipolytica Suşlarından Tek Hücre Yağı ve Metabolit Üretim Parametrelerinin Optimizasyonu
AYŞE SAYGÜN
Doktora
Türkçe
2017
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞE ŞAHİN YEŞİLÇUBUK
PROF. DR. NECLA ARAN