Geri Dön

Piyasada satışa sunulan hayvan yemlerinden izole edilen Aspergillus türlerinde ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesinin araştırılması

Researching of gene region responsible for ribotoxin production in Aspergillus species isolated from animal feed in the market

  1. Tez No: 514368
  2. Yazar: BAHAR MİDİLLİ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM ABACI GÜNYAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 126

Özet

Çalışmamızın amacı piyasada satışa sunulan hayvan yemlerinden izole edilen Aspergillus genusuna ait türlerde ribotoksin gen bölgesinin varlığının araştırılmasıdır. Yapılan çalışmalar incelendiğinde ribotoksin üretici funguslar arasında Aspergillus genusuna ait türlerin fazlalığı dikkati çekmektedir. Ribotoksinler, protein sentezi inhibisyonuna ve apoptozis ile hücre ölümüne yol açan, 28S rRNA'nın büyük ölçüde korunmuş sarcin/ricin domainindeki fosfodiester bağ üzerinde oldukça spesifik bir nükleolitik aktivite sergileyen ribozom inaktive edici proteinlerin bir ailesidir. Çalışmamızda Ege Bölgesinde büyükbaş ve küçükbaş hayvan yemi satan yerlerden alınan 16 hayvan yemi örneği kullanılmıştır. Bu yem örneklerinden izole edilen fungusların tümünün fenotipik yöntemler ile tanısı yapılmış ve bunlardan 27 adet Aspergillus genusuna ait izolatın tanısı genotipik yöntemler ile doğrulanmıştır. Genotipik tanı amacıyla, funguslarda korunmuş gen bölgesi olan ITS gen bölgesi için spesifik universal primerler olan ITS1 ve ITS4 primerlerinin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyon (PCR) yöntemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri dizi analizine gönderilmiştir. Analizden gelen sekans sonuçları Finch TV (Blast) ve ApE programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Tür tayini, araştırmacıların kullanımına açık olan Gen Bankası'nın https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) web sayfasında, nükleotid dizilerinin kıyaslanarak benzerliklerinin incelenmesi ile yapılmıştır. Bu incelemeler sonucunda 27 Aspergillus izolatında 13 farklı Aspergillus türü tespit edilmiştir. Genotipik olarak tanısı yapılan tüm Aspergillus suşlarında ribotoksin gen bölgesinin varlığını araştırmak amacıyla, funguslarda ribotoksin gen bölgesi için spesifik olduğu belirtilen KQ1-KQ2 primerleri ile PCR yapılmıştır. Elde edilen tüm ürünlerin sekans analizi yapılmış ve NCBI sayfasında sonuçlar incelenmiştir. Sonuçta 27 izolattan bir Aspergillus clavatus türünde mitogillin ailesinden cytotoxin clavin/c-sarcin ve bir Aspergillus fumigatus türünde mitogillin ailesinden Aspf 1 ribotoksin gen bölgesi varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca ribotoksin gen bölgesine spesifik primerlerle yapılan PCR sonrasında Aspergillus aculeatus türünde elde edilen PCR ürününün dizi analizi sonuçlarına göre Aspergillus aculeatus hypothetical proteine ait kısmi mRNA ile %95 dizi homolojisi gösterdiği saptanmıştır. Her geçen gün yeni ribotoksin çeşitlerinin keşfedildiği düşünülürse ileride yapılacak çalışmalar bu protein bölgesinin de ribotoksinlerle bağlantısı olabileceğini düşündürmektedir.

Özet (Çeviri)

The aim of study is researching gene region responsible for ribotoxin production in Aspergillus species which belongs to the genus Aspergillus isolated from animal feed in the market. When the studies are examined, among the ribotoxin producing fungi, the excess of species belonging Aspergillus genus is remarkable. Ribotoxins are a family of ribosome inactivator proteins which have a fairly high specific activity against the phosphodiester bond of the sarcin/ricin loop universally preserved in 28S rRNA, leading to protein synthesis inhibition and cell death by apoptosis. In our study, 16 animal feed taken from places which selling cattle and sheep feed in Aegean Region were used. All of the fungi isolated from these feed samples were identified by phenotypic methods, and the identification of the 27 isolates belonging to Aspergillus genus was confirmed by genotypic methods. For the genotypic diagnosis, the polymerase chain reaction (PCR) method was performed using the universal primers ITS1 and ITS4 which spesific for the ITS gene region conserved in the fungus. The resulting PCR products were submitted for sequence analysis. Sequence results from the analysis were evaluated using Finch TV (Blast) and ApE program. The species identification was made by examining the similarities of the nucleotide sequences in the Gene Bank's https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) website, which is open to the use of researchers. As a result of these researchs, 13 different Aspergillus species were detected in 27 Aspergillus isolates. In order to research the presence of the ribotoxin gene region in all genotypically identified Aspergillus strains, PCR was performed with KQ1-KQ2 primers that were specific for the ribotoxin gene region in the fungi. Sequence analysis of all the obtained products was carried out and the results were examined on the NCBI page. As a result, the presence of mitogillin family cytotoxin clavin / c-sarcin gene region in an Aspergillus clavatus species and the presence of mitogillin family Aspf 1 ribotoxin gene region in an Aspergillus fumigatus species from 27 Aspergillus isolates. In addition, it was determined that 95% sequence homology with the partial mRNA of Aspergillus aculeatus hypothetical protein was shown by the sequence analysis of the PCR product obtained from the Aspergillus aculeatus strain after PCR with the primers specific to the ribotoxin gene region. Considering that new ribotoxin varieties are being discovered every passing day, future studies suggest that this protein region may also be linked to ribotoxins.

Benzer Tezler

  1. Piyasada satışa sunulan farklı gıda örneklerinden izole edilen Rhizopus türlerinde endofungal bakterilerinvarlığının araştırılması

    Investigation of presence of endofungal bacteriain Rhizopus spp. isolated from the different sourceson market

    DERYA BİROL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEM ABACI GÜNYAR

  2. UHT sütlerde ve UHT organik sütlerde aflatoksin M1 varlığının araştırılması.

    Investigation of aflatoxin M1 presence in uht milk and uht organic milk

    NUSRET DENİZ OKAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAKUP CAN SANCAK

  3. Real time PCR yöntemi ile peynirlerde orijin tespiti ve miktarlarının tayini

    Detection of cheese origin and determination of their quantity with real time PCR method

    BAŞAK YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Gıda MühendisliğiCelal Bayar Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ABDULLAH KEMAL SEÇKİN

    YRD. DOÇ. DR. HALİL TOSUN

  4. Piyasada satılan etlerde Salmonella Spp. ve E. coli 0157:H7 varlığının araştırılması

    The research of Salmonella Spp. ve E. Coli 0157:H7 existence in commercially available meats

    MEHTAP ÇEVİK TELEKOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Gıda MühendisliğiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAMAZAN ŞEVİK

  5. Piyasada satılan süt ve süt ürünlerinde ağır metal kirliliği

    Heavy metal pollution in the milks and dairy products offered for sale on the market

    HAKAN İSTANBULLUOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Halk SağlığıGATA

    Halk Sağlığı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. RECAİ OĞUR