APOBEC1 enzimi ve yardımcı kofaktörleri için hücresel klonların üretilmesi
Generation of cellular clones for APOBEC1 enzyme and auxiliary cofactors
- Tez No: 514733
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VEYSEL TOLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Bu çalışmada, RNA düzenleme enzimi APOBEC1 tarafından indüklenen RNA düzenlemesinin analizi için uygun bir hücresel model oluşturma amaçlanmıştır.“RNA düzenleme”terimi, DNA üzerinde bulunan nükleotidler tarafından belirlenen RNA nükleotid dizilerinden farklı olan dizilerin oluşmasına yol açan sayısız hücresel süreçleri tarif etmek için kullanılmıştır. RNA'ları etkileyen bu süreçler, değişikliğe uğramış transkriptlerin fonksiyonunu veya kodlama potansiyelini değiştirmekle beraber bu modifikasyonların elde edildiği hücresel mekanizmaların karakterize edilmesinde önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. Genel olarak, bu çalışma araştırmanın iki yönünü ele almaktadır. Birincisi, apolipoprotein B'nin mRNA düzenlemesinin in vivo olarak gerçekleştiği ince bağırsak enterositlerine fenotipik olarak benzemelerini sağlamak amacıyla belirli kültür ortamında Transwell filtreleri üzerinde kültürlenen Caco-2 hücrelerinin hücre farklılaşmasına yönelik koşulların düzenlemesi ile ilgilidir. Bu nedenle, APOBEC1 ve onun kofaktörleri olan ACF (Apobec1 Complementation Factor) ve RBM47'nin (RNA Binding Molecule 47) eksik olduğu Caco-2 hücre klonları oluşturulmuştur. Diğer yönüyle, bu araştırma editozom elementleri olan APOBEC1, ACF ve RBM47'yi kodlayan genleri inaktif hale getirme çalışmasını kapsamaktadır. Bu süreçte, bakteriyel CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)/Cas9 (CRISPR-associated 9) sisteminden türetilen çok popüler bir genom düzenleme aracını kullanılmıştır. Son aşamada ise, APOBEC1, ACF ve RBM47 proteinlerinin eksik olduğu Caco-2 hücreleri, knock-out edilmiş ilgili genlerin dizi analizi için spesifik bir ortamda kültürlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, we aimed the generation of a cellular model suitable for the analysis of RNA editing induced by the RNA editing enzyme APOBEC1. The term RNA editing has been used to describe numerous cellular processes that result in the modification of RNA sequences differing from that designated by their DNA templates. These processes, affecting RNAs can alter the function or coding potential of the modified transcripts, and significant advances have been made in characterizing the largely unrelated cellular mechanisms by which these modifications are achieved. Overall, my study focused on two aspects of this research. The first one regards the setting up of the conditions for the cytodifferentiation of Caco-2 cells on Transwell filters in specific culture medium to allow them to resemble phenotypically the small intestine enterocytes where the mRNA editing of apolipoprotein B takes place in vivo. Therefore, we have generated clones of Caco-2 cells which are deficient for APOBEC1 and its cofactors namely ACF (Apobec1 Complementation Factor) and RBM47 (RNA Binding Molecule 47). The other aspect regards the work to inactivate the genes that code for the elements of editosome, namely APOBEC1, ACF and RBM47. During this process, we used a very recent and popular genome editing tool derived from the bacterial CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)/Cas9 (CRISPR-associated 9) system. At the final step, APOBEC1, ACF and RBM47 deficient Caco-2 cells have been cultured in specific media ultimately for the sequence analysis of knocked-out genes.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen çoğul dirençli klebsiella pneumoniae izolatlarında CRISPR-CAS sistemi ile gen düzenlemesinin yapılması
Gene editing with CRISPR-CAS system in multidrug resistant klebsiella pneumoniae isolates isolated from clinical specimens
SEVİNÇ BABA
Doktora
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Akciğer adenokarsinomlarının etiyolojisinde apobec gen ailesinin rolünün araştırılması
The investigation of role of apobec gene family on lung adenocarcinoma etiology
MUHAMMET ENSAR DOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
GenetikErciyes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
- Çeşitli meme kanseri hücre hatlarında apobec3b ve apobec3g genlerinin ifade düzeyinin analizi ve mutasyon taraması
Investigation of apobec3b and apobec3g genes' expression levels and mutations in different breast cancer cell lines
SHAKO HASAN MOHAMMAD MOHAMMAD
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHRİ İĞCİ
- Meme kanseri hastalarında LNCRNA-GAS5 ve hedef geni APOBEC3c ' nin miR-103 yoluyla ifadelenme modelleri
Expression patterns of LNCRNA-GAS5 and its target APOBEC3c gene through miR-103 in breast cancer patients
BELAN OTHMAN KANABE KANABE
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZASLAN
- Evolution of bladder cancer investigated using exome sequencing
Ekzom dizileme yoluyla mesane kanseri evriminin araştırılması
EZGİ ÖZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET SOMEL