Identification of molecular resistance mechanisms against systemically used antifungal drugs, amphotericin b and caspofungin
Sistemik mantar ilaçlarından amfoterisin b ve kaspofungine karşı gelişen ilaç dirençlilik mekanizmalarının belirlenmesi
- Tez No: 515230
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
İnvazif mantar enfeksiyonları son yıllarda evrilerek hastanın hayatta kalma sürecini olumsuz yönde etkileyen önemli bir faktör haline gelmiştir. Bununla birlikte, enfeksiyöz organizmalar tarafından mantar ilaçlarına karşı geliştirilen yeni mekanizmalar bu problemi daha da kritik hale getirmektedir. Ekmek mayası Saccharomyces cerevisiae ile yapılan bu çalışmada; genomik DNA taraması sonucu PDR16 ve PMP3 genlerinin amfoterisin B'ye; RMD9 ve SWH1 genlerinin ise kaspofungine karşı dirençlilik sağladığı tespit edilmiştir. Ayrıca tüm maya genomunun transkripsiyon düzeyinde yapılan mikrodizi taraması ile bu mantar ilaçlarının hangi metabolik yolakları etkilediği belirlenmiştir. Dirençlilik mekanizmalarının anlaşılmasında karakterizasyona yönelik fizyolojik ve morfolojik testler uygulanmış; kontrol grupları ile yapılan karşılaştırmalar sonucunda rmd9 mutantının belirgin bir biçimde hiperpolarize olduğu, pdr16 ve pmp3 mutantlarının ise depolarize olduğu gözlenmiştir. Diğer yandan, SWH1 geninin aşırı ifadelenmesi de yabani tip hücrelerin membran potansiyelinde artışa sebep olmuştur. Yine yapılan karakterizasyon testleri sonucunda rmd9 mutant hücrelerinde morfolojik açıdan anomaliteler saptanmıştır. Bu çalışmanın klinik açıdan önemini vurgulamak amacıyla PDR16 ve PMP3 genlerinin Candida albicans ortologları klonlanmış ve amfoterisin B mantar ilacına olan dirençlilikleri gösterilerek, elde edilen bulgular desteklenmiştir. RMD9 ve SWH1 genlerinin C. albicans homologları veri tabanında mevcut olmadığı için, genlerin dirençlilikleri patojenik maya genomuyla test edilememiştir. Bu çalışma, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK 212T186) ve Çek Bilimler Akademisi tarafından finanse edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The invasive fungal infections have been evolving for the last few decades and become a crucial factor that negatively affects the survival ability of the patients. Moreover, developing new resistance mechanisms of infectious organisms to the antifungal drugs make this problem more critical. In this study, we identified four different genes PDR16 and PMP3, RMD9 and SWH1which are resistant to amphotericin B and caspofungin, respectively, in Saccharomyces cerevisiae. We also screened whole yeast genome at transcriptional level via microarray analysis and identified metabolic pathways affected by these antifungal drugs. In addition, we applied several characterization methods including physiological and morphological analyses to understand the resistance mechanisms. We found that rmd9 mutants were extremely hyperpolarized and pdr16 and pmp3 mutants were depolarized when compared to control group. In contrast, overexpression of SWH1 increased the membrane potential of wild type cells. Further analyses showed that the absence of RMD9 disrupts the cellular morphology. To show that these genes are clinically important, Candida albicans orthologs of PDR16 and PMP3 were cloned and their roles in amphotericin B drug resistance were confirmed. RMD9 and SWH1 have no known C. albicans orthologs, so the confirmation with pathogenic yeast genome could not be performed against caspofungin. This study was financially supported by The Scientific and Technological Research Council of Turkey (TUBITAK 212T186) and Academy of Sciences of Czech Republic (AS CR).
Benzer Tezler
- Identification of processed pseudogenes involved in resistance mechanism against biotic stress in Oryza sativa using RNA-seq data
Oryza sativa'da biyotik strese karşı direnç mekanizmasında yer alan işlenmiş yalancı genlerin RNA dizileme verilerini kullanarak tanımlanması
HURİYE YANIK
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLKEM EMRAH NİKEREL
- Burkholderia türlerinin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi, türler arasında biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnç farklılığının belirlenmesi
Multilocus sequence analysis, biofilm production, antibiotic susceptibility and synergy tests of burkholderia species in patients with and without cystic fibrosis
HAVVA ÖZLEM ALTAY AKIŞOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜLŞEN HASÇELİK
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae suşlarının in vitro antibiyotik duyarlılıklarının eucast ve clsı kriterleri doğrultusunda değerlendirilmesi ve beta-laktam direncinin moleküler analizi
Evaluation of in vitro antibiotic susceptibility of haemophilus influenzae strains isolated from clinical samples according to the eucast and clsi criteria and molecular analysis of beta-lactam resistance
AYLİN İREM OCAKLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURÇİN ŞENER
- Kemoterapi ajanı Doksorubisin'in Escherichia coli üzerindeki etkisi ve dirençle ilgili genlerin genom boyu kütüphane zenginleştirme ve tarama çalışmaları ile araştırılması
Investigation of the effect of the chemotherapy agent doxorubicin on escherichia coli and the genes related to resistance by genome-wide library and screening studies
ANI ALTUĞ CURNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHTAP KILIÇ EREN
- İç Anadolu bölgesindeki Tetranychid akarların (Acari: Tetranychidae) DNA barkodlaması ve Tetranychus urticae popülasyonlarının bazı akarisitlere karşı direnç durumlarının belirlenmesi
DNA barcoding of Tetranychid mites (Acari: Tetranychidae) in Central Anatolia and determination of resistance status of Tetranychus urticae populations to some acaricides
EMRE İNAK