Identification of molecular resistance mechanisms against systemically used antifungal drugs, amphotericin b and caspofungin
Sistemik mantar ilaçlarından amfoterisin b ve kaspofungine karşı gelişen ilaç dirençlilik mekanizmalarının belirlenmesi
- Tez No: 515230
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnvazif mantar enfeksiyonları son yıllarda evrilerek hastanın hayatta kalma sürecini olumsuz yönde etkileyen önemli bir faktör haline gelmiştir. Bununla birlikte, enfeksiyöz organizmalar tarafından mantar ilaçlarına karşı geliştirilen yeni mekanizmalar bu problemi daha da kritik hale getirmektedir. Ekmek mayası Saccharomyces cerevisiae ile yapılan bu çalışmada; genomik DNA taraması sonucu PDR16 ve PMP3 genlerinin amfoterisin B'ye; RMD9 ve SWH1 genlerinin ise kaspofungine karşı dirençlilik sağladığı tespit edilmiştir. Ayrıca tüm maya genomunun transkripsiyon düzeyinde yapılan mikrodizi taraması ile bu mantar ilaçlarının hangi metabolik yolakları etkilediği belirlenmiştir. Dirençlilik mekanizmalarının anlaşılmasında karakterizasyona yönelik fizyolojik ve morfolojik testler uygulanmış; kontrol grupları ile yapılan karşılaştırmalar sonucunda rmd9 mutantının belirgin bir biçimde hiperpolarize olduğu, pdr16 ve pmp3 mutantlarının ise depolarize olduğu gözlenmiştir. Diğer yandan, SWH1 geninin aşırı ifadelenmesi de yabani tip hücrelerin membran potansiyelinde artışa sebep olmuştur. Yine yapılan karakterizasyon testleri sonucunda rmd9 mutant hücrelerinde morfolojik açıdan anomaliteler saptanmıştır. Bu çalışmanın klinik açıdan önemini vurgulamak amacıyla PDR16 ve PMP3 genlerinin Candida albicans ortologları klonlanmış ve amfoterisin B mantar ilacına olan dirençlilikleri gösterilerek, elde edilen bulgular desteklenmiştir. RMD9 ve SWH1 genlerinin C. albicans homologları veri tabanında mevcut olmadığı için, genlerin dirençlilikleri patojenik maya genomuyla test edilememiştir. Bu çalışma, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK 212T186) ve Çek Bilimler Akademisi tarafından finanse edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The invasive fungal infections have been evolving for the last few decades and become a crucial factor that negatively affects the survival ability of the patients. Moreover, developing new resistance mechanisms of infectious organisms to the antifungal drugs make this problem more critical. In this study, we identified four different genes PDR16 and PMP3, RMD9 and SWH1which are resistant to amphotericin B and caspofungin, respectively, in Saccharomyces cerevisiae. We also screened whole yeast genome at transcriptional level via microarray analysis and identified metabolic pathways affected by these antifungal drugs. In addition, we applied several characterization methods including physiological and morphological analyses to understand the resistance mechanisms. We found that rmd9 mutants were extremely hyperpolarized and pdr16 and pmp3 mutants were depolarized when compared to control group. In contrast, overexpression of SWH1 increased the membrane potential of wild type cells. Further analyses showed that the absence of RMD9 disrupts the cellular morphology. To show that these genes are clinically important, Candida albicans orthologs of PDR16 and PMP3 were cloned and their roles in amphotericin B drug resistance were confirmed. RMD9 and SWH1 have no known C. albicans orthologs, so the confirmation with pathogenic yeast genome could not be performed against caspofungin. This study was financially supported by The Scientific and Technological Research Council of Turkey (TUBITAK 212T186) and Academy of Sciences of Czech Republic (AS CR).
Benzer Tezler
- Lityum iyon sonrası batarya sistemleri için katı elektrolitlerin geliştirilmesi
Development of solid electrolytes for post-lithium-ion battery systems
MUSTAFA ÇELİK
Doktora
Türkçe
2026
EnerjiSakarya ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞRUL ÇETİNKAYA
- Identification of doxorubicin drug resistance mechanisms by using genomic techniques
Doksorubisin dirençlilik mekanizmalarının genomik yöntemlerle tespit edilmesi
AYŞE BANU DEMİR
Doktora
İngilizce
2015
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KOÇ
- Identification of processed pseudogenes involved in resistance mechanism against biotic stress in Oryza sativa using RNA-seq data
Oryza sativa'da biyotik strese karşı direnç mekanizmasında yer alan işlenmiş yalancı genlerin RNA dizileme verilerini kullanarak tanımlanması
HURİYE YANIK
Doktora
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLKEM EMRAH NİKEREL
- İdrar yolu enfeksiyonuna sebep olan Escherichia coli'nin identifikasyonu ve antibiyotik direnç genlerinin araştırılması
Identification of Escherichia coli causing urinary tract infection and investigation of antibiotic resistance genes
ALAA JAWDAT NASIH NASIH
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT TAŞKIN
DOÇ. DR. ÖZGÜR ÇELEBİ
- Identification of chromatin related genes regulating temozolomide resistance in GBM
GBM'de temozolomid direncini düzenleyen kromatin ile ilişkili genlerin belirlenmesi
FİLİZ ŞENBABAOĞLU