Association mapping of some agronomic and morphological traits in potato ( Solanum tuberosum L. )
Patateste ( Solanum tuberosum L. ) bazı agronomik ve morfolojik özelliklerin ilişki haritalaması
- Tez No: 515852
- Danışmanlar: Prof. Dr. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 206
Özet
Yeni nesil dizileme (NGS) tekniklerindeki son gelişmeler, DNA dizilemesini hem daha hassas hale getirmiş hem de maliyetini aşağı çekmiştir. Farklı ıslah programlarından temin edilen 237 farklı patates genotipi kullanılarak yapılan bu çalışmada, esas olarak patateste 20 önemli agronomik ve morfolojik özellik açısından bir ilişki haritası oluşturulması amaçlanmıştır. Ayrıca patates ıslah programlarında kullanılabilecek, her bir özellikle ilişkili özgün SNP markörlerinin bulunması hedeflenmiştir. İlave olarak tetraploid patateste ilişki haritalaması çalışmaları için farklı istatistiksel modellerin karşılaştırılması yapılmıştır. Fenotipik verilerin elde edildiği tarla denemeleri, 2016 ve 2017 yıllarında beş kontrol çeşidi kullanılarak augmented deneme desenine göre göre yapılmıştır. Genel lineer model, popülasyon yapısı ve ilişki analizi içeren karışık lineer model kullanılarak, 16 farklı SNP markörünün genotiplerimiz ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bazı özellikler için ise hiçbir ilişki saptanmamıştır. Bu çalışma, özgün ve daha önce bilinmeyen gen ve markörlerin belirlenmesinde, polimorfizmlerin genom boyu tespiti ile bilgi temelli bir ilişki haritalamasının birleştirilmesi yaklaşımının önemini ortaya koymuştur. Bu çalışmada bulunan markörler, doğrulama çalışmalarından sonra patates ıslah çalışmalarında aday markörler olarak kullanılabilirler.
Özet (Çeviri)
Recent progress in next generation sequencing (NGS) techniques has made DNA sequencing as high throughput and very cost effective. This study is mainly aimed to perform an association mapping in potato for 20 important agronomic and morphological traits using 237 diverse potato genotypes from different breeding programs. It was aimed to explore novel Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers which could be used as selection marker in potato breeding programs related with each trait in potato. It was also compared the effectiveness of different statistical models for association mapping studies in tetraploid potato. Field experiments for phenotypic data were conducted in 2016 and 2017 in augmented design using five check cultivars. Using a general linear model, mixed linear model including population structure and kinship for association analysis, 16 different SNP markers were found to be associated to the phenotypic trait. Some of the traits also remained unassociated. This study shows the value of combining a knowledge-based association mapping approach with genome-wide discovery of polymorphisms as a tool for the detection of novel and non-obvious candidate genes and markers. The markers found in this study can be used as candidate markers after validation for potato breeding studies in the future.
Benzer Tezler
- Türkiye orijinli yerel yulaf genotiplerinde bazı tarımsal özelliklerin belirlenmesi ve ilişkili haritalama analizleri
Association mapping analysis and determination of some agronomical traits for Turkey origin oat genotypes
FATİH MEHMET KILINÇ
Doktora
Türkçe
2020
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZİYA DUMLUPINAR
- Farklı elma tür ve çeşitlerinde bazı agronomik özellikler için ilişki haritalaması
Association mapping for some agronomic characteristics in different apple species and varieties
MERVE AREFE YİĞİT
- Karpuzda verim ve kaliteyi etkileyen bazı karakterleri kontrol eden lokuslarla ilişkili moleküler markırların tespit edilmesi
Determination of molecular markers associated with locus controlling some characters affecting yield and quality in watermelon
ÖMER FARUK COŞKUN
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.)'de ekonomik öneme sahip bazı agronomik karakterleri kontrol eden dna markırlarının ilişki haritalaması ile saptanması
Detection of dna markers controlling some economically important agronomic characters by association mapping in common bean (Phaseolus vulgaris L.)
SEDA NEMLİ
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. BAHATTİN TANYOLAÇ
- Zeytin (Olea europaea)'de ilişki haritalaması (Association mapping) ile bazı karakterlerle ilişkili DNA markörlerinin geliştirilmesi
Development of DNA markers associated with some traits using association mapping in olive (Olea europaea)
HİLAL BETÜL KAYA AKKALE
Doktora
Türkçe
2016
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ