Geri Dön

Association mapping of some agronomic and morphological traits in potato ( Solanum tuberosum L. )

Patateste ( Solanum tuberosum L. ) bazı agronomik ve morfolojik özelliklerin ilişki haritalaması

  1. Tez No: 515852
  2. Yazar: MUHAMMAD ABUBAKAR ZIA
  3. Danışmanlar: Prof. Dr. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 206

Özet

Yeni nesil dizileme (NGS) tekniklerindeki son gelişmeler, DNA dizilemesini hem daha hassas hale getirmiş hem de maliyetini aşağı çekmiştir. Farklı ıslah programlarından temin edilen 237 farklı patates genotipi kullanılarak yapılan bu çalışmada, esas olarak patateste 20 önemli agronomik ve morfolojik özellik açısından bir ilişki haritası oluşturulması amaçlanmıştır. Ayrıca patates ıslah programlarında kullanılabilecek, her bir özellikle ilişkili özgün SNP markörlerinin bulunması hedeflenmiştir. İlave olarak tetraploid patateste ilişki haritalaması çalışmaları için farklı istatistiksel modellerin karşılaştırılması yapılmıştır. Fenotipik verilerin elde edildiği tarla denemeleri, 2016 ve 2017 yıllarında beş kontrol çeşidi kullanılarak augmented deneme desenine göre göre yapılmıştır. Genel lineer model, popülasyon yapısı ve ilişki analizi içeren karışık lineer model kullanılarak, 16 farklı SNP markörünün genotiplerimiz ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bazı özellikler için ise hiçbir ilişki saptanmamıştır. Bu çalışma, özgün ve daha önce bilinmeyen gen ve markörlerin belirlenmesinde, polimorfizmlerin genom boyu tespiti ile bilgi temelli bir ilişki haritalamasının birleştirilmesi yaklaşımının önemini ortaya koymuştur. Bu çalışmada bulunan markörler, doğrulama çalışmalarından sonra patates ıslah çalışmalarında aday markörler olarak kullanılabilirler.

Özet (Çeviri)

Recent progress in next generation sequencing (NGS) techniques has made DNA sequencing as high throughput and very cost effective. This study is mainly aimed to perform an association mapping in potato for 20 important agronomic and morphological traits using 237 diverse potato genotypes from different breeding programs. It was aimed to explore novel Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers which could be used as selection marker in potato breeding programs related with each trait in potato. It was also compared the effectiveness of different statistical models for association mapping studies in tetraploid potato. Field experiments for phenotypic data were conducted in 2016 and 2017 in augmented design using five check cultivars. Using a general linear model, mixed linear model including population structure and kinship for association analysis, 16 different SNP markers were found to be associated to the phenotypic trait. Some of the traits also remained unassociated. This study shows the value of combining a knowledge-based association mapping approach with genome-wide discovery of polymorphisms as a tool for the detection of novel and non-obvious candidate genes and markers. The markers found in this study can be used as candidate markers after validation for potato breeding studies in the future.

Benzer Tezler

  1. Türkiye orijinli yerel yulaf genotiplerinde bazı tarımsal özelliklerin belirlenmesi ve ilişkili haritalama analizleri

    Association mapping analysis and determination of some agronomical traits for Turkey origin oat genotypes

    FATİH MEHMET KILINÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZİYA DUMLUPINAR

  2. Farklı elma tür ve çeşitlerinde bazı agronomik özellikler için ilişki haritalaması

    Association mapping for some agronomic characteristics in different apple species and varieties

    MERVE AREFE YİĞİT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HASAN PINAR

  3. Karpuzda verim ve kaliteyi etkileyen bazı karakterleri kontrol eden lokuslarla ilişkili moleküler markırların tespit edilmesi

    Determination of molecular markers associated with locus controlling some characters affecting yield and quality in watermelon

    ÖMER FARUK COŞKUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN GÜLŞEN

  4. Fasulye (Phaseolus vulgaris L.)'de ekonomik öneme sahip bazı agronomik karakterleri kontrol eden dna markırlarının ilişki haritalaması ile saptanması

    Detection of dna markers controlling some economically important agronomic characters by association mapping in common bean (Phaseolus vulgaris L.)

    SEDA NEMLİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. M. BAHATTİN TANYOLAÇ

  5. Zeytin (Olea europaea)'de ilişki haritalaması (Association mapping) ile bazı karakterlerle ilişkili DNA markörlerinin geliştirilmesi

    Development of DNA markers associated with some traits using association mapping in olive (Olea europaea)

    HİLAL BETÜL KAYA AKKALE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ