Reconstitution of RNA polymerase ii subunits and analysis of their interaction with pic components
RNA polimeraz ıı altbirimlerinin rekombinant olarak elde edilmesi ve bunların pıc bileşenleriyle olan etkileşiminin araştırılması
- Tez No: 520295
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MURAT ALPER CEVHER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Mediator Kompleksi, RNA polimeraz II transkripsiyonunda görev alan genel bir düzenleyici proteindir. Bu Mediatör Kompleks, düzenleyici sinyalleri aktivatörlerden promotör bölgesindeki başlangıç öncesi kompleksine iletir. Mediator Kompleksi olmadığında Polimeraz II transkripsiyonu başlayamaz. Literatürde Mediator Kompleksinin Polimeraz II'nin CTD bölgesine bağlandığı gösterilmiştir, bu da Mediator Kompleksinin enhancer bölgesinden promotör bölgesine nasıl transkripsiyon döngüsünü oluşturduğunun göstergesidir. [1][2] Cevher Labı olarak Mediator Kompleksinin, izole edilmiş Polimeraz II'ye, hangi alt birimi ile bağlandığını bulduk. Bu buluşlar henüz yayımlanmadığı için, Pol II ile etkileşime giren bu altbirim MEDX olarak bahsedilecektir. Bu projede, Polimeraz II'nin hangi alt biriminin MEDX ile etkileşime girdiğini bulmayı amaçlıyoruz. Bunun için, Polimeraz II'nin 5 alt birimini (RPB4, RPB5, RPB6, RPB9, RPB12) rekombinant olarak sentezledik, izole ettik ve bunları biyokimyasal olarak analiz ettik. MEDX'in, Polimeraz II'nin 5 alt birimiyle immunopresipitasyonu ilginç sonuçlar verdi. Sentezlenen 5 proteinden 4'ü MEDX ile etkileşim gösterdi. Polimeraz II'nin diğer alt birimlerini de sentezleyip, MEDX ile etkileşiminin analizlerine devam edilecektir. Ökaryotik transcripsiyonuna farklı bir bakış açısı olarak, Mediator Kompleks ile etkileşime geçerek Polimeraz II transkripsiyon sistemine sinyal ileten aktivatörler üzerinde çalışıyoruz. Nükleer Reseptörler hormonlar aracılığıyla dışardan gelen sinyalleri ileten geniş bir aktivatör ailesidir. Hormon bağlanması üzerine hücre çekirdeğine giren aktivatörler, promotör bölgesisin üst tarafındaki enhancer sekanslarına bağlanırlar. Daha sonra Mediator Kompleksini buraya yükleyerek preinitiation kompleks'in oluşumunu başlatırlar. Nükleer Reseptör ailesinden biri olan Androjen reseptörü ve Mineralokortikoit reseptörleri klonladı ve böcek hücrelerinde rekombinant olarak sentezlendi. Amacımız, Mediator Kompleksi'nin aktivatör olarak bu reseptörlerle nasıl etkileşim kurduğunu ve transkripsiyonu nasıl başlattığını keşfetmektir. Mediator Kompleksinin her bir alt biriminin farklı bir aktivatörle etkileşime girdiği tahmin edilmektedir, bu sebeple bağlanan her bir aktivatör Mediator Kompleksini farklı mekanizmalarla kontrol etmektedir.
Özet (Çeviri)
Mediator Complex is a global coactivator of RNA Pol II transcription machinery. It transmits the regulatory signals from enhancer to promoter region. In the absence of Mediator Complex, Pol II transcription is defected. It has been shown that Mediator Complex binds to the CTD domain of Pol II as well as other components of PIC (pre-initiation complex), and thus it forms the transcription loop that enables communication between enhancer region and the promoter. Our lab has found the Mediator Complex subunit (which will be mentioned as MEDX since the data is not published yet) which interacts with the purified endogenous Pol II. After these findings, we aimed to find the subunit of Pol II that interacts with MEDX. For that purpose, we cloned 8 out of 12 subunits of Pol II and so far only reconstituted 5 subunits of it (RPB4, RPB5, RPB6, RPB9 and RPB12) and did biochemical analysis with these proteins. Immunoprecipitation of MEDX with 5 subunits of Pol II showed that 4 of these 5 subunits of Pol II seemed to have pulled down MEDX eve after stringent wash conditions. However, we cannot conclude that MEDX interacts with these 4 subunits, since we are lacking other controls. Also, we will continue characterizing the other subunits of Pol II to find the subunit that interacts with the Mediator subunit MEDX. As the transcription loop is mediated by activators/Mediator/Pol II-PIC we also started cloning two model activators to observe activator mediated polymerase interactions. For this purpose we started cloning and expressing two nuclear hormone receptors: Androgen Receptor and Mineralocorticoid Receptors. Nuclear Receptors are a huge family of activators which transmits signals from the environment of the cell by the help of their ligands, hormones to the transcription machinery. Upon ligand binding, these activators enter the nucleus and bind to the enhancer sequences upstream of the promoter region. Then they recruit Mediator Complex which will start the formation of PIC at the promoter region. We therefore obtained AR from Dr. Nathan Lack and cloned MR. We expressed these proteins in insect cells and characterize PIC formation.
Benzer Tezler
- Reconstitution of the partial tail module of the human mediator complex
İnsan mediyatör kompleksinin kısmı kuyruk modulünün rekonstitüsyonu
EGE ÇIĞIRGAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT ALPER CEVHER
- Revealing the role of MED 14 in Pol II transcription regulation
Pol II transkripsiyon regulasyonunda MED14 fonksiyonunun belirlenmesi
YASEMİN BARIŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ALPER CEVHER
- Hıv pozitif hastalarda ımmun yeniden yapılanma ınflamatuar sendrom (IRIS) gelişmesindeki risk faktörleri
Risk factors for the development of immune reconstitution inflammatory syndrome in hiv-positive patients
DİLAN BAYGELDİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM MERMUTLUOĞLU
- Hıv ile enfekte kişilerde immün rekonstitüsyoninflamatuar sendromu (IRIS) gelişiminde risk faktörleri ve yönetimi
Başlık çevirisi yok
ELİF AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM ALTUNTAŞ AYDIN
- Systematic evolution of novel 2′F-PY RNA aptamers targeting the membrane protein l-arginine/agmatine antiporter purified in mild detergent
Hafif deterjanda saflaştirilmiş l-arjinin/agmatin antiport membran proteinini hedefleyen yeni 2′f-PY RNA aptamerlerinin sistematik evrimi
NOORALDEEN FATHI NOORALDEEN AYOUB
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DR. MÜSLÜM İLGÜ