Geri Dön

Molecular and computational investigation of intrafamilial transcriptional regulatory network of ETS family transcription factors

ETS ailesi transkripsiyon faktörlerinin aile-içi transkripsiyonel regülasyon ağının moleküler ve hesaplamalı incelemesi

  1. Tez No: 522090
  2. Yazar: YİĞİT KORAY BABAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL KURNAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

E yirmi altı veya E26 Transformasyon Spesifik (ETS) Ailesi çok çeşitli doku ve hücrelerle ilişki en geniş transkripsiyon faktörü ailelerinden birisidir. Aile metazoan hattına özgüdür ve yüksek evrimsel korunmuşluğu olan ETS bölgesi denen bir DNA bağlanma bölgesi ile karakterize edilir. ETS transkirpsiyon faktörü ailesinin 12 alt ailesi ve yaklaşık 30 üyesi vardır. ETS bölgesi ailesinin temel fonksiyonu transkipsiyonel aktivasyon ve inhibisyondur. Aile üyeleri doku spesifik değillerdir, bu yüzden bu ailenin üyeleri birçok doku ve hücre tipinde hücre çoğalması, gelişim, farklılaşma veya kanser gelişimi gibi çok çeşitli moleküler ve hücresel fonksiyoları düzenler. Bu tezde önceki mikro dizin çalışmaları baz alınıarak (Kandemir ve ark, 2017 ve Kandemir ve ark, yayınlamış sonuçlar) ETS ailesi üyelerinin aile içi regülasyon ağına odaklanılmıştır. Bu mikro dizin analizlerinde, Elk1-VP16 veya Pea3-VP16 aşırı anlatımı yapılan SH-SY5Y hücrelerinde, çeşitli ETS üyelerinin anlatımında artış veya azalış gözlenmiştir. Laboratuvarımızda yapılan daha önceki çalışmalarda da gösterilmiştir ki, Pea3-VP16, elk-1 promotorunu regüle etmektedir (Kandemir ve ark, yayınlanmamış sonuçlar). ETS ailesi üyelerinin bu oto-regülasyonunu incelemek için, yukarıda açıklanan mikrodizin analizini baz alan, Pea3 ve Elk1 üzerine odaklandığımız moleküler ve hesaplamalı bir metodoloji kurduk. Bizim temel araştrma sorumuz, ETS üyeleri diğer aile üyelerini transkripsiyonel seviyede nasıl regüle etmektedir ve bu regülasyon farklı biyolojik fonksiyonları nasıl etkilemektediri anlamak içindir. Hesaplamalı model simulasyonlarımız literatürü başarıyla yinelemektedir ve sistemin davranışını tahmin etmek için uygulanmıştır.

Özet (Çeviri)

E-twenty-six or E26 Transformation Specific (ETS) Family is one of the largest transcription factor families involved in many diverse tissues and cell types. The family is unique in metazoan lineage and are characterized by an evolutionary conserved DNA binding domain, called ETS domain. ETS transcription factor family has 12 sub-families and 30 members. Main function of the ETS domain family is transcriptional activation and inhibition. They are not tissue specific, so family members can be seen in many tissues/cell types, regulating diverse molecular and cellular functions including cell proliferation, development or differentiation. This thesis focused on intra-familial regulation network of ETS family members, based on previous microarray-based studies (Kandemir et al, 2017 and Kandemir et al, unpublished results). In these analyses, it was observed in SH-SY5Y cells overexpressing either Elk-1-VP16 or Pea3-VP16 that expression of various ETS family members were either up- or down-regulated. It was further shown in previous studies in our laboratory that Pea3-VP16 indeed regulated elk-1 promoter (Kandemir et al, unpublished results). To investigate whether such an auto-regulatory network of ETS family members exist, we have established a molecular and computational methodology, focusing on Pea3 and Elk1, based on the microarray analyses described above. Our main research question was to understand how different ETS members regulate the transcriptional level of other family members, and how this regulation affects their different biological functions. We have successfully recapitulated the computational model simulating results present in literature and have implemented it to provide predictions about the system's behavior.

Benzer Tezler

  1. Tuz ve ko-kristal yapısındaki bazı kinolin-2 karboksilik asit bileşiklerinin deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi

    Experimental and computational investigation of some chinoline-2-carboxylic acid compounds in salt and co-crystal structures

    PELİN AYTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Fizik ve Fizik MühendisliğiGiresun Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA SERKAN SOYLU

  2. Experimental and computational investigation of clustering behavior of cyclodextrin-perfluorocarbon inclusion complexes through molecular dynamics simulations

    Siklodekstrin-perflorokarbon konuk-konak komplekslerinin kümelenme davranışının deneysel ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi

    BETÜL KAYMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyomühendislikİstanbul Medipol Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN YÜKSEL DURMAZ

  3. Photophysical and computational investigation of interactions between some polyaromatic hydrocarbons and porphyrins

    Bazı poliaromatik hidrokarbonlar ve porifrinler arasındaki etkileşimlerin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi

    ZELİHA GAMZE ALP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    KimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NURSEL ACAR SELÇUKİ

  4. Experimental and computational study of selective CO oxidation over Au/Al2O3 catalyst

    Au/Al2O3 katalizörü üzerinde seçimli CO oksidasyonunun deneysel ve hesaplamalı olarak incelenmesi

    TUĞBA DAVRAN CANDAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAMAZAN YILDIRIM

  5. Bazı 3-etoksi 5-brom salisiliden türevi bileşiklerin yapı ve özelliklerinin deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle belirlenmesi

    Investigation of structures and properties of some 3-ethoxy 5-brom salisiliden compounds by experimental and theoretical methods

    MURAT GÜLSU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Fizik ve Fizik MühendisliğiGiresun Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ARZU ÖZEK YILDIRIM

    YRD. DOÇ. DR. MUHAMMET HAKKI YILDIRIM