Geri Dön

LC-MS-MS ile prostat kanserinde proteom profillerinin incelenmesi

Investigation of proteom profiles in prostate cancer with LC-MS-MS

PDF İndir

  1. Tez No: 526171
  2. Yazar: İHSAN YOZGAT
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA GÜLFEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sakarya Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Analitik Kimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Prostat kanseri (PCa) tüm dünyada erkeklerde en çok görülen kanser türlerinden biri olup büyük oranda ölümle sonuçlanmaktadır. Prostat kanserinin tanısı, genel olarak parmakla rektal muayeneye (PRM), serum PSA (Prostat spesifik antijen) ölçümüne ve biyopsiye dayanmaktadır. PSA'nın en büyük dezavantajı, yanlış negatif veya yanlış pozitif test sonuçlarına yol açmasıdır. Biyopsi, hastalar tarafından organ ve dokularının hasar görmesine sebep olabilir endişesi ile tercih edilmek istenmemektedir. Bu çalışmada ise LC-MS-MS tekniği kullanılarak invaziv tekniklere alternatif olacak şekilde prostat kanseri tanısında kullanılabilecek biyobelirteçler belirlenmiştir. Steril tüplerde uygun şartlarda muhafaza edilen sağlıklı ve prostat kanserli idrar örneklerine aseton çöktürme tekniği uygulanarak proteinlerin saflaştırılma işlemi yapılmıştır. Bu aşamadan sonra filtre yardımlı örnek hazırlama tekniği kullanılarak proteinlerin enzimatik parçalanması gerçekleştirildi. Elde edilen peptitler LC-MS-MS cihazı ile analiz edilerek protein profilleri karşılıklı olarak incelendi. Hastalık ile ilişkili olabilecek up-regüle ve down-regüle olmuş proteinler saptandı. Bulunan anlamlı proteinler için string yolak analizi yapılarak bu proteinlerin birbirleri ile olan ilişkilerinin yanısıra, moleküler fonksiyonları, hücresel, biyolojik ve reaksiyon prosesleri incelendi. Ingenuity Pathways Analysis (IPA) programı ile iki grup arasında anlamlı olarak belirlenen proteinler incelendi ve prostat kanserle ilişkili olan Pyruvate kinase PKM ve Kallikrein-11 proteinleri biyobelireç adayları olarak tespit edildi. Elde edilen bu sonuçlar umut vadedici bir ön çalışma olup, belirlenmiş olan biyobelirteçlerin doğrulanması aşamasından sonra LC-MS-MS tekniğinin klinikte uygulanabilir olabilmesi için çok önemlidir. Bu teknik ile idrardan prostat kanseri teşhisinin kısa sürede ve yüksek doğrulukla yapılabilir duruma gelmesi kanserlerin hızlı bir şekilde teşhis edilerek, başarılı tedavi programlarının oluşturulması açısından önem arz etmektedir.

Özet (Çeviri)

Prostate cancer (PCa) is one of the most common cancer types observed in males around the worldwide and resulted in death in large proportions. The diagnosis of prostate cancer is based mainly on digital rectal examination, serum PSA (prostate specific antigen) measurement and biopsy. The biggest disadvantage of PSA is that it leads to false negative or false positive test results. Biopsy is not intended to be preferred with concerns that it may cause damage to organs and tissues by patients. In this study, biomarkers were determined to diagnose prostate cancer as an alternative to invasive techniques using LC-MS-MS. The proteins obtained from the urines of healthy and prostate cancer specimens were purified by applying acetone precipitation technique which had been kept in sterile tubes. After this step, by using the filter assisted sample preparation technique, the proteins were firstly broken up into the peptides by enzymatic digestion prior to MS analysis. The obtained peptides were analyzed by using LC-MS-MS and the protein profiles were examined mutually. The up-regulated and down-regulated proteins which may be associated with the cancer disease were detected. For the detected significant proteins, in addition to the relationship of these proteins to each other, the molecular functions, cellular, biological and reaction processes were investigated by string pathway analysis. Significant proteins between the two groups by Ingenuity Pathways Analysis (IPA) program were examined. Pyruvate kinase PKM and Kallikrein-11 proteins associated with prostate cancer were detected as biomolecular candidates. These results are very promising as a preliminary study, and LC-MS-MS technique is crucial to be clinically feasible after the validation phase of identified biomarkers. With this technique, the diagnosis of prostate cancer from urine in a short time and with high accuracy is very important in terms of establishing successful treatment programs by rapidly diagnosing cancers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    486584

    Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells

    Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması

    NİSAN DENİZCE CAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  2. Tez No

    847504

    Synthesis of dye-conjugated PD-L1 targeted peptides for use in pet/ct in diagnosis of lung cancer

    Akciğer kanseri teşhisi için PET/CT sistemlerinde kullanılacak PD-L1 proteini hedefli boya takılı peptitlerin sentezi

    SAADET YEŞİLMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK

    DR. ÖZGÜR YILMAZ

  3. Tez No

    497689

    Prostat kanseri tanısını koymada, plazma ve idrarda bakılan arjinin aminoasidi ve metabolitlerinin yeri

    The place of plasma arginine amino acid and its uriner metabolites in diagnosing prostate cancer

    İSMAİL SELVİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ÜrolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİL BAŞAR

  4. Tez No

    652863

    Development of peptides-based probe precursors to image folate receptor 1 with positron emission tomography imaging systems

    Pozitron emisyon tomografi görüntüleme sistemleri ile folat reseptörü 1 görüntülemek için peptit tabanlı prob öncülerin geliştirilmesi

    AYŞE NUR ÖZPEHLİVAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK

    DR. ÖZGÜR YILMAZ

  5. Tez No

    838823

    Endemik Cousinia birecikensis ve Hypericum salsolifolium'dan elde edilen farklı ekstrelerin fitokimyasal analizi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi

    Phytochemical analysis and investigation of biological activities of different extracts obtained from endemic Cousinia birecikensis and Hypericum salsolifolium

    VEYSEL AĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiHarran Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL KOYUNCU

Geri Dön