Yeni heterosiklik bileşiklerin In silico tasarlanması, sentezlenmesi, yapılarının aydınlatılması ve mikrobiyolojik etkilerinin incelenmesi
In silico design, synthesis, structure elucidation and investigation of microbiological effects of new heterocyclic compounds
- Tez No: 530004
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKAY YILDIZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 186
Özet
Antibiyotiklere karşı gelişen direncin giderek artması çeşitli enfeksiyonların tedavilerinde kullanılan yeni antibiyotiklerin keşfini zorunlu hale gelmiştir. Bakteri hücresinin replikasyon, transkripsiyon ve translasyon işlemlerinde oldukça önemli rol oynayan bakteriyel DNA topoizomeraz II enzimi, yeni antibakteriyel ajanların keşfinde oldukça önemli bir hedef oluşturmaktadır. Bu tez çalışma kapsamında bakteriyel topoizomeraz II enziminin bir alt birimi olan DNA giraz üzerinden moleküler doking çalışmaları gerçekleştirilerek bu enzimi inhibe edebileceğini düşündüğümüz yeni 3,4-dihidro-2H-1,4-benzoksazin türevi bileşikler tasarlanmıştır. Moleküler doking işlemleri sonucunda etkili olabileceği düşünülen bileşikler üzerinden, 13 tanesi orijinal olmak üzere toplam 19 adet bileşik sentezlenerek in vitro ortamda mikrobiyolojik etkileri saptanmıştır. Moleküler modelleme çalışmasında, tasarlanan 3,4-dihidro-2H-1,4 benzoksazin türevi bileşiklerin DNA giraz (PDB kodu: 4Z2D) enzimiyle olan etkileşimleri moleküler doking çalışmalarıyla incelenmiştir. Etkili olabileceği saptanan 3,4-dihidro-2H-1,4-benzoksazin türevlerinin sentezi, sübstitüe aminofenol türevlerinin mono etil fumarik asit veya dikloroasetil klorür ile reaksiyonu sonucunda gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin İTK yöntemiyle saflıkları kontrol edildikten sonra, erime noktaları belirlenmiş ve yapıları 1H-NMR, 13C-NMR, Kütle, IR ve elementel analiz yöntemleri kullanılarak aydınlanmıştır. Sentezlenen bileşiklerin in vitro antibakteriyel aktiviteleri E.coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, S. aureus ATCC 29213 ve E. faecalis ATCC 29212; antifunfal aktiviteleri C. albicans ATCC 10231 mikroorganizmalarına karşı test edilmiş ve aktiviteleri ˃32 µg/mL MİK değerleri arasında oldukça zayıf bulunmuştur. Ayrıca bileşiklerin dirençli Acinetobacter baumannii suşlarına karşı meropenem ile kombine kullanılması sonucunda dirençli MİK değerini direnç sınırının altına düşüren bir etki görülmemiştir.
Özet (Çeviri)
Increasing resistance toward antibiotics has led to discovering new antibiotics used in the treatment of various infections.Thebacterial DNA topoisomerase II enzyme, which plays an important role in the processes of replication, transcription and translation of bacterial cells, is a very important target in the discovery of new antibacterial agents.In this thesis, by performing molecular docking studies on DNA gyrase, a subunit of bacterial topoisomerase II enzyme, novel 3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin derivatives which we thought they would be able to inhibit this enzyme were designed.A total of 19 compounds, originally 13, were synthesized on compounds thought to be effective as a result of molecular doking, and in vitro microbiological effects were determined. In the molecular modeling study, the interactions of the designed 3,4-dihydro-2H-1,4 benzoxazin derivative compounds with the DNA gyrase (PDB code: 4Z2D) enzyme were investigated by molecular doking studies. Afterwards 3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin derivatives which would be effective, were synthesized by reaction of substituted aminophenol derivatives with mono ethyl fumaric acid or dichloroacetyl chloride. The synthesized compounds purities were controlled by the ITC method, melting points were determined and the structures were elucidated by 1H-NMR, 13C-NMR, MASS, IR and elemental analysis methods. In vitro antibacterial activities of the synthesized compounds were determined in E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, S. aureus ATCC 29213 and E. faecalis ATCC 29212; antifunfal activities were tested against C. albicans ATCC 10231 microorganisms and their activities were found to be very weak between ˃32 μg / mL MIC values. In addition, the use of compounds in combination with meropenem against resistant Acinetobacter baumanniistrains did not show an effect that lowered the resistant MIC value below the resistance limit.
Benzer Tezler
- Benzazol türevi bazı yeni bileşiklerin sentezi, antikanser aktivitelerinin incelenmesi ve moleküler modelleme çalışmaları
Synthesis, investigation of anticancer activities and molecular modeling studies of some novel benzazole derivatives
GÖZDE YENİCE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiTrakya ÜniversitesiTemel Eczacılık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP YILMAZ
- Boya duyarlı güneş hücreleri için bazı 2,4,6-triarilpiridin türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of some 2,4,6-triarylpyri̇di̇ne derivatives for dye-sensitized solar cells
DİLEK ARSLAN
- DNA topoizomeraz II enzim inhibitörü yeni heterosiklik bileşiklerin ın silico tasarım çalışmaları
In silico design studies on new heterocyclic DNA topoisomerase II enzyme inhibitors
ÖZÜM ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN AKI-YALÇIN
- Yeni heterosiklik bileşiklerin sentez, antimikrobiyal aktivite ve moleküler modelleme çalışmaları
Synthesis, antimicrobial activity and molecular modeling studies of novel heterocyclic compounds
MUHAMMED TILAHUN MUHAMMED
Doktora
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN AKI-YALÇIN
- Azometin grubu içeren heterosiklik bileşiklerin nöroblastom hücrelerinde hücre döngüsü ve apoptoz yolağı üzerine etkisinin in vitro ve in siliko incelenmesi
In vitro and in silico investigation of the effect of heterocyclic compounds containing azomethine group on cell cycle and apoptosis pathway in neuroblastoma cells.
GÜLCİHAN ÇINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ