Yersinia ruckeri izolatlarının genotiplendirilmesinde RCR tabanlı DNA fingerprinting tekniklerinin karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of PCR-based dna fingerprinting techniques in the genotyping of yersinia ruckeri isolates
- Tez No: 536080
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ERTAN EMEK ONUK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Su Ürünleri, Genetics, Microbiology, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: ERIC-PCR, (GTG)5-PCR, Moleküler tiplendirme, RAPD-PCR, Y. ruckeri, ERIC-PCR, (GTG)5-PCR, Molecular typing, RAPD-PCR, Y. ruckeri
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 43
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Materyal ve Metot: Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA PCR metodu ve (GTG)5 primerinin kullanıldığı (GTG)5 PCR metodu ile karakterize edildi. Bulgular: Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz için kullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y ruckeri'nin moleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG) 5 primerinin takip ettiği belirlendi. Sonuç: ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri'nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: The aim of the present study was to evaluate different PCR-based DNA fingerprinting techniques for typing Y. ruckeri isolates from different geographic region of Turkey. Material and Method: Eighteen Y. ruckeri isolates obtained from rainbow trout were characterized by enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR with ERIC2 primer, randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA with P5, P6 and M13 primer and (GTG)5 PCR with (GTG)5 primer. Results: It was determined that all the primers tested generated an appropriate pattern of amplified products suitable for accurate analysis. Based on the results of cluster analysis and discriminant function analysis, ERIC2 primer was found to be the most suitable primer for molecular typing of Y. ruckeri, followed by P5, P6, M13, and (GTG)5 primer. Conclusion: In conclusion, the ERIC PCR DNA fingerprinting method can be considered as a powerful genotypic tool for epidemiological surveillance of Y. ruckeri.
Benzer Tezler
- Gökkuşağı alabalıklarında görülen motil aeromonas (aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), yersinia ruckeri ve lactococcus garvieae bakterilerinin antimikrobiyal duyarlılıkları ve duyarlılıkta rol oynayan genlerin tespiti
Determination of antimicrobial senstivity and antimicrobial resistance genes of motile aeromonads (aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), yersinia ruckeri and lactococcus garvieae in rainbow trout
MUHAMMED DUMAN
- Bazı fitokimyasalların Yersinia ruckeri üzerine etkileri ve antimikrobiyal direnç durumlarının araştırılması
Investigation of antimicrobial resistant and effects of some phytochemicals on Yersinia ruckeri
MUSTAFA ÇEVİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Su ÜrünleriVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞÜKRÜ ÖNALAN
- Bazı bakteriyel balık patojenlerine karşı tannik asitin antibakteriyel aktivitesi
Başlık çevirisi yok
NEŞE TEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Su ÜrünleriRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRİ BALTA
- Gökkuşağı alabalıklarında (oncorhynchus mykiss) sık görülen patojen mikroorganizmaların tespiti ve antibiyotik duyarlılık düzeylerinin belirlenmesi
Detection of frequently seen pathogen microorganizms and determination of antibiotic susceptibility in rainbow trouts (oncorhynchus mykiss)
DİLEK AKŞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Veteriner HekimliğiAdnan Menderes ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. CAVİT KUM
- Tatlı su balıklarından izole edilen laktik asit bakterilerinin moleküler biyolojik tanısı ve gökkuşağı alabalığında probiyotik olarak kullanılabilme potansiyellerinin araştırılması
Molecular biological identification and investigation probiotic potential of lactic acid bacteria isolated from freshwater fish in rainbow trout
ZÜBEYDE HANOL BEKTAŞ
Doktora
İngilizce
2016
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜSUN BAHRİYE UÇAR