Karbapenem dirençli acinetobacter baumannii klinik izolatlarının moleküler epidemiyolojisinin araştırılmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of different methods in the investigation of molecular epidemiology of clinical isolates of carbapenem resistant acinetobacter baumannii
- Tez No: 543375
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜLÇİN BAYRAMOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, MALDI-TOF MS, MLST, PFGE, Acinetobacter baumannii, MALDI-TOF MS, MLST, PFGE
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Karbapenemler; dirençli Acinetobacter baumannii enfeksiyonlarının tedavisinde yaygın olarak kullanılan antibiyotiklerdir ve kullanımına paralel olarak artan oranlarda özellikle oksasilinaz (OXA) enzimleri ile karbapenem direnci görülmektedir. Karbapenemaz üreten A. baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkinin hızlı ve güvenilir bir yöntemle saptanması, yayılmasını sınırlayıcı önlemlerin alınması ve antibiyotik tedavisinin yönlendirilmesinde çok önemlidir. Bu çalışmada, karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında OXA genlerinin ve OXA genlerini taşıyan izolatların 'European klonları' (EU) ile ilişkisinin farklı epidemiyolojik yöntemlerin karşılaştırılması yoluyla araştırılması amaçlanmıştır. Ocak 2014-Ağustos 2015 tarihleri arasında 72 hastanın kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli ve orta duyarlı A. baumannii izolatı çalışmaya dahil edildi. A. baumannii izolatlarında OXA genlerinin varlığı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle saptanmış ve DNA dizi analizi yöntemiyle doğrulanmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişkiyi belirlemek amacıyla değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE; Pulsed-field gel electrophoresis), Multilokus dizi tiplendirme (MLST; Multilocus sequence typing) ve 'Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry' (MALDI-TOF MS) analizi yapılmış ve yöntemler karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma yapılırken; yöntemler arasındaki ayırıcılık 'Simpson Index of Diversity' (SID) kullanılarak, yöntemlerin uyumu 'Wallace katsayısı' ile istatistiksel olarak belirlenmiştir. Tüm izolatlarda PZR ile blaOXA-23-like ve blaOXA-51-like genleri birlikte bulunmuştur. PFGE ile izolatlar A, B, C, D ve E olmak üzere beş pulsotipe ayrılmıştır. A5 alttipinde EU klon II; C1 alttipinde EU klon I ve E pulsotipinde EU klon III bulunmuştur. Her alttipten seçilen örneklerin MLST analizi ile; ST1, ST2, ST81, ST157 ve ST604 sekans tipleri bulunmuştur. MALDI-TOF MS yöntemiyle MLST ve PFGE verileri arasında uyum görülmemiştir. Bu çalışmayla, PFGE metodu ayırıcılık olarak en yüksek metod olarak bulunmuştur. Wallace katsayısı ile PFGE'nin MLST ile %100 eşleştiği ve sonuç olarak bu yöntemlerin epidemiyolojik araştırmalar için daha uygun olduğu ortaya konulmuştur.
Özet (Çeviri)
Carbapenems are commonly used antibiotics in the treatment of resistant Acinetobacter baumannii infections, and in parallel with its use, increasing rates of carbapenem resistance caused by oxacillinase (OXA) enzymes are seen. The rapid and reliable detection of clonal relationship between the carbapenemase producing A. baumannii isolates is very important in taking the measures to limit the spread and directing the antibiotic treatment. In this study, we aimed to investigate the OXA genes in carbapenem resistant A. baumannii isolates, and the association between the isolates with OXA genes and European clones (EU) by comparing different epidemiological methods. Carbapenem resistant and intermediate resistant A. baumannii isolates isolated from blood cultures of 72 patients between January 2014 and August 2015 was included in the study. The presence of OXA genes in A. baumannii isolates were determined by Polymerase Chain Reaction (PCR), and results were confirmed by DNA sequence analysis. In order to determine the clonal relationship between the isolates, Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), Multilocus sequence typing (MLST) and Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis were performed and the methods were compared each other. The discriminatory power of the methods was determined statistically by the Simpson Index of Diversity (SID). Congruence between methods was estimated by the Wallace Coefficient. blaOXA-23-like and blaOXA-51-like genes were found together with PCR in all isolates. The isolates were divided into five pulsotypes which were A, B, C, D and E with PFGE. The A5 and C1 subtypes, and E pulsotype were found to be same subtype with EU clone II, I and III, respectively. With MLST analysis of the samples selected from each subtypes; ST1, ST2, ST81, ST157 and ST604 sequence types were found. In this study, PFGE method was found to be the highest discriminatory power. PFGE were 100% matched with MLST according to the Wallace coefficient. As a result, these methods were found to be more suitable for epidemiological studies.
Benzer Tezler
- Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastahanesi' nde kan kültürlerinde üremiş acinetobacter baumannii suşlarında OXA-58 tipi karbapenemaz üretiminin ve moleküler epidemiyolojisinin araştırılması
Investigation of presence and molecular epidemiology of OXA-58 type carbapenemase in Acinetobacter baumannii isolated from blood culteres in Dokuz Eylul University Hospital
AYŞE NUR SARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. ZEYNEP GÜLAY
- Kan kültüründen izole edilen acınetobacter baumannıı ve pseudomonas aerugınosa suşlarında karbapenem heterodirenci varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Başlık çevirisi yok
EKİN KIRBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU SANCAK
- Çeşitli klinik örneklerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarının pfge yöntemiyle genotiplendirilmesi
Various factors as a clinical samples from hospitals infecti̇on resi̇stant aci̇netobacter baumanni̇i̇ i̇solated carbapenem be genotyped by pfge strai̇ns
YASEMİN KIRIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıFırat ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTBEDDİN DEMİRDAĞ
- Su kaynaklarından karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarına etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of bacteriophages from water sources effective against carbapenem resistant acinetobacter baumannii isolates
SEZİN ÜNLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenemazların moleküler yöntemlerle incelenmesi
Investigation of carbapenemases by molecular methods in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates isolated from clinical specimens
NURSEDA BÜRKÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN BAYLAN