Investigation of homotypic pyd and card domain interactions in ASC speck assembly
ASC zerresi oluşumunda yer alan pyd ve card bölgelerinin homotipik etkileşimlerinin incelenmesi
- Tez No: 561303
- Danışmanlar: PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyoloji, Biophysics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 174
Özet
Apoptoz-ilişkili zerrecik-benzeri CARD içeren protein (ASC), ölüm bölgesi ailesine ait korunmuş PYD ve CARD alanlarını içeren 22 kDa büyüklüğünde bir proteindir. Alanlar arasındaki homotipik etkileşimler, en az üç belirli temas yüzeyinin (Tip I, II ve III) etkileşimiyle meydana gelir. PYD ve CARD homotipik etkileşimleri yoluyla ASC zerreciği oluşur. ASC, enflamasyon sürecinde reseptör ve efektörler arasında adaptör role sahiptir. Kesilmiş olarak PYD ve CARD şeklinde ayrı ayrı ifade edildiğinde, bu alanlar filamentli yapılar oluşturur. Bu filamentler, yabanıl tip ASC polimerizasyonu sırasında birbirlerine yakınlaşmaktadır. Bu çalışmada amacımız, polimerizasyon sırasında önemli noktaların PYD-PYD ve CARD-CARD etkileşim yüzeyleri üzerindeki etkilerini ortaya koymaktır. 19 tekli, 22 ikili mutasyonun, E13A, D48A, Y60A, E130A, Y146A, R150A ve M159A gibi önemli noktalara tanıtılarak, aynı anda bir veya iki etkileşim yüzeyinin zarar görmesinin etkileri gözlemlendi. Mutasyonların etkileşim fenotipinde meydana getirdiği etkiler, organizasyon seviyesindeki değişikliklerin floresan ve konfokal mikroskopi kullanılarak gözlemlenmesi ile değerlendirildi. Yıkıcı mutasyonların varlığında etkileşim oranlarındaki değişimleri ölçmek için, mutant setler FRET tekniği ile analiz edildi ve homooligomerizasyon miktarlarındaki değişiklikler hesaplandı. Sonuçlarımız, CARD bölgesinin, etkileşim yüzeylerindeki mutasyonlara daha az tolerans göstermesine rağmen, homooligomerizasyonu bozduğu bilinen PYD mutantlarının, yabanıl tipteki varyantlarıyla birlikte ekspres edildiğinde multimerik filamentli yapılara katıldığını gösterdi. FRET sinyalini artıran, azaltan veya bloke eden bazı mutasyonlar belirlendi. Çalışmamız, enflamazom kompleksinin oligomerizasyon dinamikleri hakkında daha net açıklamalar ve yeni görüşler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD (ASC) is a 22 kDa protein containing conserved PYD and CARD domains that belong to death-fold superfamily. Homotypic interactions between the domains occur via providing at least three certain surfaces of contact (Type I, II and III). ASC has an adaptor role between receptor and effector proteins in the inflammation process having the ability to form a supramolecular globular complex called ASC speck through PYD and CARD homotypic interactions. When expressed in truncated form as PYD and CARD separately, these domains form filamentous structures. Apparently, these fibers compact onto each other during the wild type ASC polymerization. In this study, our aim was to elucidate the importance of specific locations on PYD-PYD and CARD-CARD interaction surfaces during the polymerization process. Effects of 19 single and 22 double mutations were observed introducing them on important residues such as E13A, D48A, Y60A, E130A, Y146A, R150A and M159A to hit one and/or two interaction surfaces at the same time. Effects of the mutations were visualized using fluorescence and confocal microscopy to qualify the change in the level of organization of the phenotype from filamentous to soluble. Next, we analyzed rate of homooligomerizations in mutant sets using FRET technique to quantify the interaction efficiencies in presence of disruptive mutations. Our results showed that PYD mutants, which've been known to disrupt homooligomerization, are able to provide multimeric filamentous structures when expressed together with their wild type counterparts although CARD mutants have less tolerance to mutations in the interaction surfaces. We identified certain mutations that increase, decrease or block FRET signal. Our study provides better explanation and new insights about the oligomerization dynamics of the inflammasome complex.
Benzer Tezler
- Van kedilerinde articulatio genus'un bilgisayarlı tomografi ve manyetik rezonans görüntüleme ile morfolojik olarak incelenmesi
Morphological investigation of the articulatio genus with computed tomography and magnetic resonance imaging in van cats
SÜLEYMAN DURSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
AnatomiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiAnatomi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN YILMAZ
- Piridin ünitesi içeren C2-simetrik kiral taç eter türevlerinin hazırlanması ve enantiyomerik tanıma özelliklerinin araştırılması
Preparation of C2-symmetric chiral crown eters derivatives and investigation of their enantiomeric recognition properties
PINAR DENİZ
- Siyah-Alaca ırkı sığırlarda ön ve arka bacak kemiklerine (humerus ve femur) ait çeşitli morfometrik veriler ile karkas verim değerleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Investigation of the correlation between carcass yield values and various morphometric data of forelimb and hindlimb bones (humerus and femur) in the Holstein cattle
SEFA BİLGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Anatomiİstanbul ÜniversitesiAnatomi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSÜN PAZVANT
- Mechanochemical radical formation in cellulose ball milling and production of cellulose-metal nanoparticles composites
Bilyeli öğütme ile selülozda mekanokimyasal radikal oluşumu ve selüloz-metal nanoparçacık kompozitlerinin üretimi
ÖZGE BAYRAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BİLGE BAYTEKİN
- Q-homotopi analiz dönüşüm metodu uygulanarak kesirli bir diferansiyel denklemin yaklaşık çözümlerinin araştırılması
Investigation of the approximate solutions of a fractional differential equati̇on by homotopy analysis transform method
CENGİZ GÜLTEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MatematikMuş Alparslan ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZELİHA KÖRPINAR