Metabolomik ve fluksomik çalışmalar ile kolon kanserinde kemoterapötiklere karşı direncin in vitro değerlendirilmesi
In vitro analysis of resistance to chemotherapeutics in colon cancer by metabolomic and fluxomic studies
- Tez No: 562545
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİRHAN NEMUTLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Günümüzdeki yenilikçi teknolojiler sayesinde omiks (genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik ve fluksomik) gibi karmaşık analizler yapılabilmektedir. Omik analizlerden elde edilen detaylı bilgi; hastalıkların mekanizmasını anlamak, erken teşhisini kolaylaştırmak, bireysel tedavi stratejilerini seçmek ve bunların etkinliğini değerlendirmek için büyük bir potansiyele sahiptir. Metabolomik fenotipinin belirlenebilmesi için çok sayıdaki metabolitin eş zamanlı ve kapsamlı analizlerinin yanı sıra döngü hızlarının da belirlenmesini gerektirir. Tez çalışmaları kapsamında kolorektal kanseri in-vitro modeli olan insan kolon adenokarsinom hücre hatlarına (Caco-2) ve kontrol olan insan fötal kolon hücre hatlarının (FHC) kematöratpotiklere karşı gözlenen direnç gelişimine bağlı olarak fenotipde gözlenen değişimler metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizler ile incelenmiştir. Fluksomik analizlerde kararlı 18O izotopu işaretleme ajanı olarak kullanılmıştır. Metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizlerin gerçekleştirilmesinde GC-MS ve LC-qTOF-MS analitik cihazları kullanılmıştır. Bu analizler sonucunda 300'ün üzerinde metabolit/lipit ve 38 metabolitin 18O işaretlenme yüzdeleri hesaplanmıştır. Tez kapsamında ilk kez 18O kararlı izotopu ile Krebs döngüsü metabolitleri, aminoasitler, yağ asitleri ve oligofosfonükleotitlerin işaretlenme yüzdeleri belirlenmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan metabolitler ile gerçekleştirilen yolak analizlerinde malat-aspartat mekiği, aminoasit, amonyak metabolizmaları ile glikoz-alanin ve üre döngülerine ait yolakların dirence bağlı olarak değiştiği gözlemlenmiştir. Elde edilen kapsamlı omiks (metabolomiks, lipidomiks ve fluksomiks) verileri, kemoterapötiklere karşı izlenen direncin hücre dinamiklerindeki farklılıklarını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Today's innovative technologies permits to perform complex analyses like omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and fluxomics). Detailed information obtained from omics analysis has great potential to understand the mechanism of diseases, to facilitate early diagnosis, to choose individual treatment strategies and to assess their effectiveness. Characterization of metabolic phenotype requires simultaneous and comprehensive analysis of a large number of metabolites and their turnover rates. Within the scope of thesis studies, changes in phenotype of human colon adenocarcinoma cell lines (Caco-2) which are in vitro models of colorectal cancer and human fetal colon cell lines (FHC) based on resistance devolepment to chematoratpotics were investigated by metabolomic, lipidomic and fluxomic analyzes. 18O isotope were used as a marking agent in fluxomic analyses. GC-MS and LC-qTOF-MS analytical instruments were used in the analysis of metabolomics, lipidomic and fluxomic. As a result of these analyzes, the more than 300 metabolites / lipids and 18O labeling percentages of 38 metabolites were calculated. In thesis studies, incorporation 18O in to Krebs cycle's metabolites, amino acids, fatty acids and oligophosphonucleotides were determined fort he first time. The pathways analyses based on the significantly altered metabolits (p
Benzer Tezler
- Systems biology approach for quantitative analysis of glutathione metabolism in non-conventional yeasts
Konvansiyonel olmayan mayalarda glutatyon metabolizmasının kantitatif analizi için sistem biyolojisi yaklaşımı
BURCU ŞİRİN
Doktora
İngilizce
2022
BiyomühendislikYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLKEM EMRAH NİKEREL
- Fluxomic analysis of central carbon metabolism in Actinobacillus succinogenes using chemostat cultures
Actinobacillus succinogenes hücrelerinin merkez karbon metabolizmasının kemostat kültürlerde fluksomik analizi
GİZEM MELİS BANGER
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyokimyaYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKEM EMRAH NİKEREL
- Metabolomik ve genomik yaklaşımlarıyla Escherichia coli'de benzoik asit ve ferulik asit ile ilgili genlerin araştırılması
Investigation of benzoic acid and ferulic acid related genes in Escherichia coli with metabolomic and genomic approaches
HATİCE ÖZTÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
- Kurşun maruziyeti ve şelasyon tedavisi sonrası metabolomik ve lipidomik analizler
Metabolomic and lipidomic analysis after lead exposure and chelation treatment
TUĞÇE ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNA SABUNCUOĞLU
- Meme kanseri (MCF-7) hücre hattında LC/MS temelli metabolomik ve lipidomik çalışmalar
Metabolomics and lipidomics studies based on LC/MS in breast cancer (MCF-7) cell line
OZAN KAPLAN
Doktora
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÇELEBİER