Geri Dön

Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays

Pseudomonas Sp'nin monokloroasetat yıkımından sorumlu genotiplerinin PCR/DNA PROB yöntemleri kullanılarak tanınması

  1. Tez No: 56891
  2. Yazar: EBRU CABA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi
  7. Yıl: 1996
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.

Özet (Çeviri)

ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    635523

    Yoğurt ve ayranda karboksimetil selülozun (CMC) kalitatif ve kantitatif tayini için analiz metotları geliştirilmesi ve metot validasyonu

    Development of analysis methods and method validation for the qualitative and quantitative determination of carboxymethyl cellulose (CMC) in yogurt and ayran

    GÜLŞEN ERGÜNEY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Gıda MühendisliğiGümüşhane Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEMALETTİN BALTACI

  2. Tez No

    80171

    O1 tipi şap aşılarının 146 S ve VP1 değerlerindeki değişikliklerin immüniteye olan etkisinin araştırılması

    Detection of the variations in the 146 S particles and VP1 values of O1 type foot and mouth disease vaccines and their effect on the immunity

    GÜLHAN AYNAGÖZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM BURGU

  3. Tez No

    80177

    Sağlıklı, ölü veya anomalili doğan bebeklerin kordon serumları ile annelerinin serumlarında, hepatit C virüs antikorlarının (Anti-HCV) ELİSA yöntemi ile araştırılması

    Detection of hepatitis C virus antibody (Anti-HCV) with ELISA, in the cord sera of healthy, stillbirth and anomalous newborns and their mothers

    G. İŞTAR DOLAPÇI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. TEVFİK CENGİZ

  4. Tez No

    85002

    Ftalat esterlerinin kirletici olarak deniz algleri ve deniz suyunda tayini

    Detection of phthalate esters as pollutant in the marine algae and sea water

    TUNCAY GEZGİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    KimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖKSEL AKÇIN

  5. Tez No

    86448

    Meme ve kolon kanserli hastalarda DNA analizi yöntemi ile somatik DNA değişimlerinin incelenmesi

    Detection of somatic DNA changes in colon and breast cancer patients

    SEMRA DEMOKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Onkolojiİstanbul Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEJAT DALAY

Geri Dön