Geri Dön

Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays

Pseudomonas Sp'nin monokloroasetat yıkımından sorumlu genotiplerinin PCR/DNA PROB yöntemleri kullanılarak tanınması

  1. Tez No: 56891
  2. Yazar: EBRU CABA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi
  7. Yıl: 1996
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.

Özet (Çeviri)

ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    635523

    Yoğurt ve ayranda karboksimetil selülozun (CMC) kalitatif ve kantitatif tayini için analiz metotları geliştirilmesi ve metot validasyonu

    Development of analysis methods and method validation for the qualitative and quantitative determination of carboxymethyl cellulose (CMC) in yogurt and ayran

    GÜLŞEN ERGÜNEY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Gıda MühendisliğiGümüşhane Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEMALETTİN BALTACI

  2. Tez No

    411700

    Onkojenik Hpv genotiplerinin Pcr-elisa yöntemi ile saptanması

    Detection of oncogenic hpv genotypes by Pcr-Elisa assay

    ALPER KANDİŞER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL GÜLTEKİN

  3. Tez No

    414137

    Bilgisayarlı tomografi görüntülerinde kolonik polip tespiti

    Detection of colonic polyps in computed tomographic images

    GÖKALP TULUM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Haberleşme Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BOLAT

  4. Tez No

    416728

    Detection of churners in internet games using crm approach: A case study on pishti plus

    Müşteri ilişkileri yönetimi yaklaşımının internet oyunlarında oyuncu kaybı probleminin saptanması için uygulanması: Pişti plus için bir çalışma

    PELİN ERCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. FERDANUR ALPASLAN

  5. Tez No

    419675

    Mycobacterıum tuberculosıs kompleks suşlarının primer ilaçlara duyarlılığının mgıt, e-test ve agar proporsiyon yöntemleri ile araştırılması

    Detection of the susceptibility of mycobacterium tuberculosis complex strains to the first line drugs by the mgit, e-test and agar proportion methods

    NURAN ARSLAN KARABULUT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. BANU BAYRAKTAR

Geri Dön