Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays
Pseudomonas Sp'nin monokloroasetat yıkımından sorumlu genotiplerinin PCR/DNA PROB yöntemleri kullanılarak tanınması
- Tez No: 56891
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, Monokloroasetat, Pseudomonas, Suşlar, PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, Monocloroacetate, Pseudomonas, Strains
- Yıl: 1996
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.
Özet (Çeviri)
ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.
Benzer Tezler
- NaI (TI) dedektörleri için toplam verim ve tüm enerji pik duyarlığının Monte Carlo metodu ile elde edilmesi
Başlık çevirisi yok
N. REMZİYE ERGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Fizik ve Fizik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CİHAN ÖZMUTLU
- Çorum toprak sanayii malzeme sahası olarak Sazköy killerinin etüdü
The Investigation of the Sazköy clays as meterial deposit for Çorum brick and the industry
METİN ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
İnşaat MühendisliğiGazi ÜniversitesiYapı Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RECEP KILIÇ
- 5 Cl Pu-Be nötron kaynağı kullanarak aktivasyon analizi ile analizi mümkün olan elementlerin dedeksiyon limitlerinin tespiti
Investigation of the possibility in analysis of elements by activation analysis and determination of detection limits of proposed elements using a 5 Cl Pu-Be neutron source
İSMET ÇELENK
- Lohusalıkta anneye verilen sağlık eğitiminin annenin doğum sonrası döneme ilişkin bilgi düzeyine etkisinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
HANDAN GÜLER
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
HemşirelikCumhuriyet ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MELİHA ATALAY
- Temel boyutlarıyla müziksel işitmenin incelenmesi
Research in musical audibility with it's basic dimensions
MEHLİKA DÜNDAR
- Zeytinyağı ve pirina yağında bulunan triterpenik dialkol (Eritrodiol ve Uvaol) niceliklerinden yararlanılarak zeytinyağına katılan pirina yağının tespiti üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
PEMBE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. M. KEMAL ÜNAL