ICAM-1 proteinine karşı DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers against ICAM-1 protein
- Tez No: 572293
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
ICAM-1, endotelyal ve epitel hücreleri, vasküler düz kas hücreleri ve bazı lökosit alt kümeleri gibi çok sayıda hücre tipinin hücre yüzeyinde ifade edilen, insanlarda ICAM-1 geni tarafından kodlanan ve immünoglobulin süper ailesine ait bir transmembran glikoproteinidir. ICAM-1, endotel hücrelerinde ve bazı lenfositler ve monositler üzerinde yapısal olarak düşük seviyelerde ifade edilmesine rağmen, sitokinlerin ve reaktif oksijen türlerinin varlığında ekspresyonu önemli ölçüde artmaktadır. ICAM-1, hayatta kalma, göç, ekstravazasyon, ve metastaz gibi kansere bağlı biyolojik süreçleri mümkün kılar. ICAM-1 çeşitli kanser hücrelerinde ifade edilir ve ifade edilen ICAM-1'in göğüs, akciğer gibi kanser türleri için potansiyel bir biyobelirteç olduğu düşünülmektedir. Kanser büyük bir halk sağlığı sorunudur ve metastatik kanser, kanser ölümlerinin büyük bir çoğunluğunu oluşturur. Erken tanı ve uygun metastatik kanser tedavisi, sağkalım oranını büyük ölçüde uzatabilir ve hastalar için yaşam kalitesini artırabilir. Hücre yüzey proteinleri hücrelerin ilk erişilebilir bölümleri olduğundan, nispeten kolaylıkla tespit edilebilir. Bu nedenle, hücre yüzeyi biyobelirteçleri kanserin aşamasının erken ve kolay saptanması, farklılaşması ve belirlenmesi için uygundur. Aptamerler yüksek afinite ve seçicilik özelliklerine sahiptir. Kimyasal bileşikler, proteinler, hücreler gibi geniş hedef yelpazesine yüksek bir etkinlik ve özgünlük ile bağlanabilen tek zincirli kısa oligonükleotit dizileridir. Yapılan çalışmalarda moleküler tanı ve tedavilerde kullanımlarında yüksek potansiyele sahip oldukları belirtilmiştir. Bu çalışmada da ICAM-1 aracılığıyla metastazı engellemek için, Protein-SELEX yöntemini kullanarak ICAM-1'a yüksek etkinlik ve özgünlükte bağlanabilen aptamer dizileri geliştirilmiştir. 10 turluk protein-SELEX ve sonrasında zenginleşen dizileri belirlemek için yeni nesil dizileme yapılmıştır. En çok tekrar eden aptamerlerin arasında üç aday aptamer (BD-10-1, D-10-2 ve D10-3) seçilmiş ve Kd değerleri hesaplanmıştır. Bu aday aptamerler, CHO-ICAM-1 hücresine yüksek özgüllük göstermiştir fakat negatif seçilim için kullanılan MIA PaCa-2 hücresine yüksek bir bağlanma afinitesi göstememiştir.
Özet (Çeviri)
ICAM-1 is a transmembrane glycoprotein of immunoglobulin superfamily that is coded by ICAM-1 gene in humans and expressed on cell membranes of various cell types such as endothelial and epithelial cells, vascular smooth muscle cells, and some leukocyte subgroups. Although ICAM-1 is expressed in low levels on endothelial cells, some lymphocytes and monocytes, the expression levels increase significantly in presence of cytokines and reactive oxygen species. ICAM-1 enables cancer related biological processes like survival, migration, invasion and extravasation. ICAM-1 is expressed in various cancer cells and it is thought to be a potential biomarker for lungs and breast cancers. Cancer is an important public health problem and metastatic cancer leads to majority of cancer deaths. Early diagnosis and appropriate metastatic cancer therapies could prolong survival on a large scale and improve life quality. Cell membrane proteins are considered to be targeted easier since they are on the first part that could be reached. For that reason, cell membrane biomarkers are suitable for early and simple diagnosis of cancer, stages of cancer, and malignant transformation. Aptamers have properties of high affinity and selectivity for their targets. They are single stranded oligonucleotide sequences that can bind to large scale of targets involving chemical compounds, proteins and cells, effectively and specifically. In recent studies, it was shown that they have a very high potential in use of molecular diagnoses and therapies. In this study, highly effective and specific aptamer sequences for ICAM-1 were generated with protein-SELEX method in order to prevent metastasis. Next generation sequencing was utilized to determine enriched sequences at the end of a 10 cycle protein-SELEX. Three aptamer candidates (BD-10-1, D-10-2 and D10-3) were selected from the most repeated sequences and Kd values were calculated. The aptamer candidates show high affinity to CHO-ICAM-1 cells but low affinity to negative control cell line MIA PaCa-2.
Benzer Tezler
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Pterjiumda bazı hücresel sinyal ileti yapılarının gen ekspresyonları
Gene expressions of some cellular signal transmission structures in pterygium
ZEYNEP SAV TUNCA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
FizyolojiGaziantep ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENİZ DEMİRYÜREK
- Okuler tutulumu olan ve olmayan behçet hastalarında hastalık aktivasyonu ve yaşam kalitesi ile serum GMGB-1, BFGF, VEGF, ICAM-1 düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of HMGB-1, bFGF, VEGF, ICAM1 serum levels with disease activity and quality of life in behçet's disease with or without oculer involvement
DENİZ NUR YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonErciyes ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÇALIŞ
- Targeted delivery of atorvastatin by aptamer gated silica nanoparticles in atherosclerosis cell culture model
Ateroskleroz hücre kültürü modelinde aptamer valfli silika nanoparçacıklarla hedefe yönelik atorvastatin taşınması
ELİF ÖZTEMİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE GÜVENÇ TUNA
PROF. DR. SONER DOĞAN