Model comparison for gynecological cancer datasets and selection of threshold value
Jinekolojik kanser veri kümeleri için model karşılaştırılması ve eşik değeri seçilmesi
- Tez No: 583432
- Danışmanlar: PROF. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Günümüzde çok yaygın görülen ve bir sistem hastalığı olan kanser; genler arasındaki ciddi korelasyon, yüksek boyutluluk ve dahası gen etkileşimlerinin seyrekliği sebebiyle, yapısal ve fonksiyonel olarak karmaşık bir yapıdadır. Bu karmaşıklıkların üstesinden gelebilmek için literatürde birçok model ortaya atılmıştır. Bu çalışmada, bu modeler arasından simülasyon veri setleri aracılığıyla diğerlerine göre daha avantajlı olduğu görülen Gaussian grafiksel modeli, Gaussian copula grafiksel modeli ve son olarak etkileşimli/etkileşimsiz döngü temelli çok değişkenli uyarlanabilir regresyon modelleri kullanılmıştır. Tezin ilk bölümünde, bu modellerle ve gerçek mikrodizin veri setlerini kullanarak, oluşturduğumuz olası-gerçek jinekolojik kanser ağını modelliyoruz. Jinekolojik kanser kadınlarda, meme kanserinden sonra en sık görülen kanser türüdür. Fakat bu kanser üzerine, meme kanserine göre sosyolojik sebepler yüzünden daha az çalışma bulunmaktadır. Bu nedenle, çalışmada, ilk olarak jinekolojik kanser üzerine literatür çalışması yaparak, bir gen listesi elde etmekteyiz. Daha sonra bu genlerden olası-gerçek bir ağ yapısı oluşturmaktayız. Son olarak, seçilen modeler aracılığıyla ağ yapısını tahmin ederek, model doğruluklarını değerlendirmekteyiz. Bu analizler esnasında ayrıca, tahmin edilen gen etkileşim miktarlarını iki değişkenli forma dönüştürerek grafiksel model elde edebilmek için kullanılan eşik değerinin ve dolayısıyla bu değerin seçiminin model tahminlerinde çok önemli olduğunu gördük. Bu sebeple, tezin ikinci bölümünde ağ yapılarının topolojik özelliklerini göz önünde bulundurarak eşik değeri seçimi yapan yeni bir yaklaşım önermekteyiz ve bu yaklaşımın performansını doğruluk ölçütleri ve hesaplama zamanı açısından değerlendirmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Cancer is a very common system's disease with its structural and functional complexities caused by high dimension and serious correlation of genes as well as sparsity of gene interactions. Hereby, different mathematical models have been suggested in the literature to unravel these challenges. Among many alternates, in this study we use the Gaussian graphical model, Gaussian copula graphical model and loop-based multivariate adaptive regression splines with/without interaction models due to their advantages over others from simulated datasets. In the first part of the thesis, we apply these models in our quasi-true cancer network by implementing real microarray datasets. The gynecological cancer is the second leading cancer type in women after the breast cancer. But there are less studies about it regarding the breast cancer because of its sociological reasons. Herein, initially, we detect the related literature and generate a list of core genes for this illness. Then, we construct a quasi-true network from these genes. Finally, we infer this network via underlying models and assess their accuracies. Hence, we can realistically evaluate the performance of these models in an actual disease's system. In these analyses, we also observe that the estimates of models highly depend on their threshold values which convert estimated strengths of gene interactions as binary form to construct the graphical network. Thereby, in the second part of the thesis, we propose a novel approach for the selection of this value by considering the topology of networks and assess our performance via accuracy and computational time.
Benzer Tezler
- Kadınların kadercilik eğilimlerinin jinekolojik kanser farkındalık durumlarına etkisini incelenmesi
Investigation of the effect of fatalism tendencies of women on gynecological cancer awareness
MELİH YANIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumSüleyman Demirel ÜniversitesiDoğum ve Kadın Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL TAŞÇI DURAN
- Endometrium kanserlerinde preoperatif, intraoperatif ve postoperatif myometrial invazyonun değerlendirilmesi: MR, frozen ve nihai patoloji sonuçlarının karşılaştırılması
Evaluation of preoperative, intraoperative and postoperative myometrial invasion in endometrium cancers: comparison of MR, frozen and final pathology results
KEMİNE UZEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN TERZİ
- Adneksiyel kitlelerde malignite risk ı̇ndeks 3 ve 4 (Rmı-3 ve rmı-4) skorlarının benign-malign ayrımındaki prediktif değerlerinin karşılaştırılması
Comparison of the predictive values of the malignite risk index 3 and 4 (Rmi-3 and rmi-4) scores in adnexial masses in the discrimination of benign and malign
EMİNE AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜR AKBAYIR
- Endometrial kalınlık ile endometrial kanseröz ve prekanseröz lezyonlar arasındaki ilişki
Relationship between endometrial thickness and endometrial cancerous and precancerous lesions
OĞUZ KAAN KÖKSAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Kadın Hastalıkları ve DoğumSüleyman Demirel ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EVRİM ERDEMOĞLU
- Gazi Üniversitesi Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniğinde gerçekleşen endometrial örneklemelerin endikasyonları, histopatolojik dağılımları ve etkileyen faktörlerin değerlendirilmesi
An evaluation of endometrial sampling procedures, their corresponding ındications, histopathological distributions and affecting factors in women presenting at Gazi University Hospital during the years 2006-2011
TÜNAY EFETÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALDUN GÜNER