Geri Dön

A novel tool for the identification of locus-specific chromatin proteins

Lokusa özgü kromatin proteinleri tamınlanması için yeni bir araç

PDF İndir

  1. Tez No: 592665
  2. Yazar: ANNA OGMEN
  3. Danışmanlar: DOÇ. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 82

Özet

Genomik DNA, kromatin proteinleri tarafından korunur ve düzenlenir. Kromatin organizasyonunun araştırılması için geliştirlen yöntemler sayısızdır ve kuruludur, ancak belirli bir lokus ile ilişkili yeni kromatin proteinlerini tanımlamak hala bir zorluktur. Bu proje kapsamında, belirli bir genomik bölgeyle ilişkili kromatin proteinlerinin tanımlanması için yeni bir araç uygulamaya çalışıyoruz. Bu yöntem, CRISPR (Kümelenmiş Düzenli Aralıklı Kısa Palindromik Tekrarlar) ve SICAP (Kromatine İlişkili Proteinlerin Seçici İzolasyonu) tekniklerinin birleştirilmesine dayanmaktadır. CRISPR tekniği, istenilen bir bölgeyi hedeflemek için kullanılır ve SICAP tekniği, ikinci bir çöktürme aşaması kullanarak fayda sağlar. İlk çöktürme,dCas9 aracılı ve lokus-pesifiktir, ikincisi ise kromatin fragmanlarının in vitro-biyotinile edilmiş DNA'sının streptavidine bağlanmasına dayanır. İkinci çöktürme, sert denatüre edici yıkamalar yoluyla kirletici maddelerden kurtulmayı sağlar ve elde edilen proteinleri kromatin fraksiyonuyla sınırlar. Elde edilen kromatin proteinleri havuzu elüe edilir ve sonuçta kütle spektrometrisi ile analiz edilmesi amaçlanır. Mevcut çalışmada, yöntemin kritik bileşenleri geliştirilmiş ve doğrulanmıştır. Ayrıca metodun geçerliliği için model sistemi önerilmiş ve test edilmiştir. CRISPR-SICAP yöntemi, CRISPR-SICAP-qPCR ile farklı genomik bölgelerde problanmış ve normal dCas9-ChIP'den daha spesifik olduğu gösterilmiştir. Bu sonuçlar, testin protein araştırmalarının gelecekteki uygulamalarında kullanılabileceğini gösteriyor. CRISPR-SICAP ve model sistemleri, lokus-ilişkili kromatin proteinleri havuzunu elde etmek için optimize edilmiş ve uygulanmaya hazırdır.

Özet (Çeviri)

Genomic DNA is maintained and regulated by chromatin proteins. Methods for research of chromatin organization are numerous and established, however, it is still a challenge to identify novel chromatin proteins associated with a specific c locus. In the scope of this project, we work on implementing a novel tool for the identi fication of chromatin proteins associated with a given genomic region of interest. The method we used is based on combining the CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and SICAP (Selective Isolation of Chromatin-Associated Proteins) techniques. CRISPR technique is used for targeting the aimed locus, and SICAP technique provides bene ts by employing two tandem pulldowns. First pulldown is dCas9-mediated and locus-specific c, while second is based on streptavidin binding to in vitro-biotinylated DNA of chromatin fragments. Second pulldown enables to get rid of contaminants by stringent denaturing washes and limits contaminant proteins to the chromatin. Resulted pool of chromatin proteins is eluted, and is ultimately aimed to be analyzed with mass spectrometry. In current work, most of the critical components of the method were developed and veri fied. Also, we implemented the model genomic locus for the validation of the method. CRISPR-SICAP method was then probed on diFFerent genomic regions by CRISPR-SICAP-qPCR and was shown to be more specific than regular dCas9- ChIP. These results can be extrapolated to future applications to locus-specific c protein research. Both CRISPR-SICAP and model genomic loci are optimized and ready for being applied for obtaining pool of locus-associated chromatin

Benzer Tezler

  1. Tez No

    112121

    Genotype-phenotype correlation in cystic fibrosis and gene localization in seckel syndrome and pectus carinatum

    Sistik fibrozis hastalığında, genotip-fenotip bağlantısının kurulması ve sekel sendromu ve pektus karinatum için gen bölgelerinin belirlenmesi

    M. OKYAY KILINÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    PROF. DR. ASLI TOLUN

  2. Tez No

    325515

    The genetics of sporadic als: The first Turkish gwas and novel snp and cnv association

    Sporadik als genetiği: İlk Türk gwas çalışması ve yeni snp ve cnv ilişkileri

    ÖZGÜN UYAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. A. NAZLI BAŞAK

  3. Tez No

    270387

    Linkage analysis and candidate gene approach in three disorders

    Üç hastalıkta bağlantı analizi ve aday gen yaklaşımı

    YEŞERİN YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLIHAN TOLUN

  4. Tez No

    392278

    Identification of epilepsy related pathways from methylome analysis

    Epilepsi ile ilişkili yolakların metilom analizi ile saptanması

    ECE EGEMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

  5. Tez No

    297758

    Analysis of pumping test data for the identification of the spatial distribution of hydrological parameters

    Hidrolojik parametrelerin uzamsal dağılımının belirlenmesi amacı ile pompaj testi verilerinin analizi

    ÇAĞRI GÖKDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NADİM COPTY

Geri Dön