Astımla ilişkili PHYNI1 geni intron 7 polimorfizmlerinin biyoinformatik analizi
Bioinformatic analysis of polymorphisms in intron 7 of PYHIN1 gene associated with asthma
- Tez No: 593312
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN, DOÇ. DR. ÖZLEM GÖKSEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Astım genetik faktörlerin yanısıra, çevresel etmenlerin tetiklediği epigenetik mekanizmaların aracılık ettiği gen-çevre etkileşimlerine bağlı, solunum yolu obstrüksiyonu ile karakterize kronik inflamatuar bir hastalıktır. Astım hastalığı görülme sıklığı açısından değerlendirildiğinde ise Afrika kökenli bireylerin diğer etnik gruplardan daha yüksek prevalansa sahip olduğu bilinmektedir. Yapılan genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında, Afrika kökenli bireylere özgü olarak, sadece PYHIN1 geninde astımla ilişkili tek nükleotit polimorfizmlerine rastlanmıştır. Bu tez çalışmasında; PYHIN1 geninin intron 7 bölgesinde tespit edilen iki farklı polimorfizimi içeren diziler, biyoinformatik araçlar ile Primat Takımında yer alan 11 farklı türde incelenmiş ve mikroRNA dizilerini içeren korunmuş bölgeler belirlenmiştir. Korunmuş bölgelerin referansı eşliğinde; insana ait diziden, uygun saç tokası yapısına ve termodinamik stabiliteye sahip prekürsör miRNA dizileri elde edilmiştir. Naive Bayes Sınıflandırma algoritmasını kullanan MatureBayes programı aracılığıyla pre-miRNA dizilerinden olgun miRNA dizileri tanımlanmıştır ve son olarak bu miRNA'ların hedeflediği genlerin tahminlemesi yapılarak astımla ilişkili olduğu düşünülen genler belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Asthma is a chronic inflammatory disease characterized by airway obstruction due to gene-environment interactions that are believed to be mediated by epigenetic mechanisms triggered by environmental factors as well as genetic factors. In case the prevalence of asthma is evaluated, it is known that African individuals have a higher prevalence than other ethnic groups. Genome-wide association studies showed that asthma-related single nucleotide polymorphisms were identified at PYHIN1 gene in individuals of African descent only. In this study; sequences containing two different single nucleotide polymorphisms detected in the intron 7 region of the PYHIN1 gene, were examined by bioinformatics tools in 11 different species of the Order Primates and conserved regions containing predicted miRNA sequences were identified. With reference to the conserved sites; precursor miRNA sequences with appropriate hairpin secondary structure and thermodynamic stability have gotten from human miRNA sequence. Potential mature miRNA sequences have been identified from pre-miRNA sequences via the MatureBayes program that using the Naive Bayes Classification algorithm and finally, the genes thought to be associated with asthma, targeted by these miRNAs were estimated.
Benzer Tezler
- SCCA genlerinin astımla ilgili genetik değişikliklerinin saptanması ve astım patolojisi üzerine etkilerinin araştırılması
Detection of SCCA genes variations relevant to asthma and investigation of effect on the asthma pathology
İBRAHİM ÇAĞATAY KARAASLAN
- Çocukluk çağı astım etiyolojisi ile ilişkili genetik özelliklerin hastalık fenotipine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of childhood asthma related genetic traits on disease phenotype
NAZENTE ATÇEKEN
- Comparison of allergic asthma-related factors according to socioeconomi̇c characteri̇stics among children and adolescents in health centers in Mosul, Iraq
Irak'ın Musul kentindeki sağlık merkezlerinde çocuk ve ergenler arasında sosyodemografik özelliklere göre alerjik astımla ilişkili faktörlerin karşılaştırılması
AHMED MAHDI SALEH SALEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
HemşirelikÇankırı Karatekin ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYHUN TÜRKMEN
- Bronşial astımlı çocuklarda periferik perfüzyon indeksinin rolü
The role of peripheral perfusion index in children with bronchial asthma
HATİCE BAYAR AÇIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMustafa Kemal ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NUH YILMAZ
- 12-17 Yaş grubu öğrencilerde astım semptomlarının yaygınlığı ve astım gelişimini etkileyen risk faktörleri
Asthma prevalence in 12-17 years old school children and factors affecting this prevalence
TÜLİN GÖÇMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Göğüs HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ KOCABAŞ