Geri Dön

Identification of the major sumoylation site on crispr cas9 protein

Crıspr cas9 proteininin ana sumolasyon bölgesinin tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 604181
  2. Yazar: DUYGU YEŞİLDAĞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ RİZA UMUT ŞAHİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

CRISPR / Cas9 sistemi, prokaryotik organizmalarda antiviral savunma olarak çalışan bir tür adaptif bağışıklık sistemidir. Ökaryotik sistemlere gen düzenleme aracı olarak adapte edildiğinden beri, CRISPR en popüler genetik mühendisliği teknolojilerinden biri olmuştur. Moleküler biyoloji ve tıp alanlarında yapılan gen tedavisi, ilaç tasarımı, epigenom düzenlemesi vb. çeşitli uygulamalar, bu teknolojiyi daha da keşfedilmeye değer kılmıştır. Daha spesifik ve etkili bir gen hedefleme sistemi kurmak için, CRISPR yolağının, özellikle bu sistemin asıl oyuncusu olan Cas9 enziminin (CRISPR ile ilişkili protein 9) nasıl düzenlendiğini öğrenmek elzemdir. Mevcut laboratuvar üyesi tarafından sağlanan ve güçlü şekilde desteklenen verilerin ışığında, Cas9'ın SUMO-1 ve SUMO-2 proteinleri tarafından kovalent olarak modifiye edildiği ortaya çıkmıştır. Bu, Cas9'ın uğradığı gösterilen ilk post-translasyonal modifikasyondur. Bu çalışma kapsamında, Cas9 proteininin ana sumolasyon bölgesini tanımlamayı ve sumolasyonu engellenmiş bir Cas9 mutantı üretmeyi amaçladık. Bu amaçla, bir dizi yönlendirilmiş mutajenez deneyi yapılmıştır. Sonuç olarak, Cas9 proteini üzerinde bulunan 10 sumolasyon motifi için 10 adet tekli mutant ve bu 10 sumolasyon motifin 10 unun da yok edildiği 11. bir mutant üretildi.

Özet (Çeviri)

CRISPR/Cas9 system is a type of adaptive immune system, which operates in prokaryotic organisms as an antiviral defense. Ever since its adaptation to eukaryotic systems as a gene editing tool, CRISPR has been one of the most popular genetic engineering technologies. Its diverse applications in molecular biology and medicine such as gene therapy, drug design, epigenome regulation, etc. have made this technology worth exploring further and further. In order to set up a more specific and efficient gene targeting system, it is essential to learn how the CRISPR pathway is regulated, in particular the Cas9 enzyme (CRISPR-associated protein 9), which is the key player of this system. In the lights of strongly supported data provided by a current lab member, it is revealed that Cas9 is covalently modified by SUMO-1 and SUMO-2 proteins. This was the first ever demonstration for a post-translational modification to which Cas9 is subjected. In the scope of this study, we intended to identify the major sumoylation site of Cas9 protein and generate a Cas9 mutant that is defective in sumoylation. For this purpose, a series of site-directed mutagenesis experiments were conducted. As a result, 10 single mutants for the 10 sumoylation motifs found on Cas9 protein were generated, as well as an 11th mutant in which all 10 sumoylation consensus motifs were destroyed altogether.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    910390

    Identification of ADAM17 SUMOylation, examination of its effect on protein stability, and confirmation of Cas9 post-translational modifications by proximity ligation assays

    ADAM17 SUMOylasyonunun tespiti, protein stabilitesi üzerindeki etkisinin incelenmesi ve Cas9 post-translasyonel modifikasyonlarının yakınlık ligasyon analizleri ile doğrulanması

    ÖZGECAN AYHAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyokimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ RİZA UMUT ŞAHİN

  2. Tez No

    75344

    PI ve PID tipi kontrol organlarının ayarlanmasında deneysel ve simülasyon metodlarının karşılaştırılması

    Başlık çevirisi yok

    GÖKHAN DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. TALHA DİNİBÜTÜN

  3. Tez No

    812324

    Identification of functionally related and mutually exclusive micrornas associated with diseases using deep neural networks approach

    Derin sinir ağları yaklaşımı kullanılarak hastalıklarla ilişkili işlevsel olarak ilişkili ve karşılıklı olarak özel mikrorna'ların tanımlanması

    REZA ARSHINCHI BONAB

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. TUTOR MEMBER OF ATHANASIA PAVLOPOULOU

  4. Tez No

    774137

    Identification of therapeutic targets of orlistat related to LKB1/AMPK/ULK1/MTOR signal axis in prostate cancer cells

    Prostat kanseri hücrelerinde LKB1/AMPK/ULK1/MTOR sinyal ekseni ile ilgili orlistat terapötik hedeflerinin belirlenmesi

    AYYÜCE SEVER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyoteknolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ELİF DAMLA ARISAN

  5. Tez No

    777730

    Identification of RNA-based biomarkers associated with manic episodes and lithium response in bipolar disorder

    Bipolar bozuklukta manik atak ve lityum tepkiyle ilişkili RNA tabanlı biyomarkerlerin tanımlanması

    NOOR NIAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE

Geri Dön