Identification of ADAM17 SUMOylation, examination of its effect on protein stability, and confirmation of Cas9 post-translational modifications by proximity ligation assays
ADAM17 SUMOylasyonunun tespiti, protein stabilitesi üzerindeki etkisinin incelenmesi ve Cas9 post-translasyonel modifikasyonlarının yakınlık ligasyon analizleri ile doğrulanması
- Tez No: 910390
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ RİZA UMUT ŞAHİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Post-translasyonel modifikasyonlar, SUMOlasyon ve ubikitinasyon gibi, gen ekspresyonunu, protein fonksiyonunu ve sinyalleşmeyi de içeren çeşitli hücresel süreçleri düzenleyen temel düzenleyici mekanizmalarıdır. Bu modifikasyonlar, hedef proteinlerin stabilitesini, lokalizasyonunu ve etkileşimlerini değiştirebilir ve böylece geniş bir biyolojik aktivite yelpazesini düzenler. Bu çalışmada, SUMOYlasyon ve ubikitinasyonun CRISPR ile ilişkili Cas9 ve metalproteaz ADAM17 üzerindeki rolleri araştırılmıştır. Cas9'un post-translasyonel modifikasyonlar aracılığıyla düzenlenmesini anlamak, CRISPR tabanlı genom düzenleme verimliliğini ve özgünlüğünü artırmak için kritiktir. Bu çalışmada, Cas9'un hem SUMOylasyona maruz kaldığını hem de ubikitinasyon uğradığını doğrulamak için güçlü ve ultra-hassas bir teknik olan Yakınlık Ligasyon Analizi (YLA) kullanılmıştır. YLA deneyleri ayrıca Cas9'un ana SUMO bağlama bölgesini doğrulamıştır. Dahası, YLA deneyleri Cas9'un SUMOylasyonunun ve ubikitinasyonun aynı lizin için rekabet ederek ve antagonistik bir şekilde çalışarak Cas9'un hücresel lokalizasyonunu modüle ettiğini göstermişlerdir. ADAM17, birçok hücre yüzey protezini kesip serbest bırakan kritik bir enzimdir ve post-translasyonel modifikasyonlar tarafından düzenlenmesi, önemli bir araştırma alanını oluşturur. Bu çalışma, ADAM17'nin hem SUMOylasyon hem de ubikuitinasyon tarafından düzenlendiğini ve bunların ADAM17 stabilitesi üzerinde karşıt etkilere sahip olduğunu ilk kez göstermiştir. ADAM17'deki spesifik SUMOylasyon bölgelerinin ve bu bölgelerin enzimin stabilitesi, lokalizasyonu ve ektobölge kesimi aktiviteleri üzerindeki etkilerini belirlemek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Post-translational modifications, such as SUMOylation and ubiquitylation, are essential regulatory mechanisms that modulate various cellular processes, including gene expression, protein function, and signaling. These modifications can alter the stability, localization, and interactions of target proteins, thereby regulating a broad range of biological activities. This study investigated the roles of SUMOylation and ubiquitylation on CRISPR-associated Cas9 and the metalloprotease ADAM17. Understanding the regulation of Cas9 through post-translational modifications is critical for improving the efficiency and specificity of CRISPR-based genome editing. In this study, a powerful and ultra-sensitive technique called proximity ligation assay (PLA) was employed to further verify that Cas9 is both SUMOylated and ubiquitylated. The PLA experiments also confirmed the major SUMO conjugation site of Cas9. Furthermore, PLAs have shown that Cas9's SUMOylation and ubiquitination modulate its subcellular localization by competing for the same lysine residue and acting antagonistically. The regulation of ADAM17 activity by post-translational modifications is a critical area of research, as ADAM17 is a key enzyme that cleaves and releases numerous cell surface proteins, including cytokines, growth factors, and their receptors. This study showed for the first time that ADAM17 is subject to both SUMOylation and ubiquitylation and that these modifications have opposing effects on ADAM17 stability. However, further research is needed to identify the specific SUMOylation sites and their impact on ADAM17 stability, localization, and shedding activities.
Benzer Tezler
- Renal hücreli karsinomda substans p düzeyi ile substans P'yi parçalayan enzimlerin aktivitesindeki değişimin kanserin fenotipi ve prognozu ile ilişkisi
Association of renal cell carcinoma phenotype and prognosis with differential changes of substance p and substance P degrading enzyme levels
TÜMAY İPEKÇİ
- Multipl skleroz hastalarında klinik seyir ile perisit fonksiyonlarının ilişkisinin araştırılması
The investigation of the relationship between clinical pattern and peristic functions in multiple sklerosis patients
TUBA TANYEL KİREMİTÇİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
NörolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RECAİ TÜRKOĞLU
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması
Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey
ÇAĞLA TÜKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK