Identification of functionally related and mutually exclusive micrornas associated with diseases using deep neural networks approach
Derin sinir ağları yaklaşımı kullanılarak hastalıklarla ilişkili işlevsel olarak ilişkili ve karşılıklı olarak özel mikrorna'ların tanımlanması
- Tez No: 812324
- Danışmanlar: DR. TUTOR MEMBER OF ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
MikroRNA'lar, hastalık epigenomunun ana düzenleyici bileşenlerini temsil eder ve kanserler de dahil olmak üzere çeşitli hastalıkların doğru teşhisi ve prognozu için güçlü biyobelirteçler oluştururlar. Yüksek verimli teknolojilerin ortaya çıkışı, çok miktarda miRNA-kanser ilişkilendirme verilerinin üretilmesini kolaylaştırdı. Hesaplamalı yaklaşımlar, çeşitli kanser türleri için miRNA imzalarının tanımlanmasına yönelik bu verileri etkin bir şekilde analiz etmek ve yorumlamak için yaygın olarak kullanılmıştır. Burada, ağ tabanlı yöntemler kullanarak ana neoplastik hastalık grupları için çekirdek miRNA etkileşim kümelerini keşfetmek için yeni bir hesaplama iş akışı uyguladık. Bu amaçla, her bir ana neoplazm grubu için miRNA merkezli ağlar oluşturmak için dört kapsamlı kamuya açık kaynaktan miRNA-kanser ilişki verileri kullanıldı. Karşılık gelen miRNA-miRNA etkileşimleri, paylaşılan fonksiyonel olarak ilişkili hedef genlere dayanarak çıkarılmıştır. Oluşturulan ağların topolojik özellikleri, her ağda çekirdek modüller oluşturan yüksek düzeyde birbirine bağlı miRNA kümelerini tespit etmek için araştırıldı. Her grafikten en yüksek derecede karşılıklı ayrıcalık sergileyen modüller seçildi. Bu şekilde, ilgili hastalıklar için potansiyel imzaları temsil edebilecek neoplazmaya özgü miRNA modülleri tanımlandı.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs represent major regulatory components of the disease epigenome and they constitute powerful biomarkers for the accurate diagnosis and prognosis of various diseases, including cancers. The advent of high-throughput technologies facilitated the generation of a vast amount of miRNA-cancer association data. Computational approaches have been utilized widely to effectively analyze and interpret these data towards the identification of miRNA signatures for diverse types of cancers. Herein, we applied a novel computational workflow to discover core sets of miRNA interactions for the major groups of neoplastic diseases by employing network-based methods. To this end, miRNA-cancer association data from four comprehensive publicly available resources were utilized for constructing miRNA-centered networks for each major group of neoplasms. The corresponding miRNA-miRNA interactions were inferred based on shared functionally related target genes. The topological attributes of the generated networks were investigated in order to detect clusters of highly interconnected miRNAs that form core modules in each network. Those modules that exhibited the highest degree of mutual exclusivity were selected from each graph. In this way, neoplasm-specific miRNA modules were identified that could represent potential signatures for the corresponding diseases.
Benzer Tezler
- Multiomics approaches to overcome drug resistance in cancer
Kanserde ilaç direncinin üstesinden gelmek için multi-omik yaklaşımlar
BARIŞ KÜÇÜKKARADUMAN
Doktora
İngilizce
2021
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Şehirsel yerleşmelerde teknik altyapı projelerinin ortak-eşgüdümsel niteliklerinin belirlenmesi ? örnek alan: Tire Belediyesi / İzmir
Determining joint and coordinated parameters of technical infrastructure projects in urban settlements - case: Tire Municipality ? İzmir
HİLMİ EVREN ERDİN
Doktora
Türkçe
2009
Çevre MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Bölümü
YRD. DOÇ. DR. M. YILDIRIM ORAL
- Mekansal belleğin ortaöğretim binaları bağlamında irdelenmesi
Analysis of spatial memory in the context of secondary schools
ZEYNEP TARÇIN TURGAY
- Ortaölçekli firmalarda kalite kontrol sistemi
Quality control system in middle scale firms
TAMER YUVAKURAN
- Uluslararası yatırım hukukunda meşru beklentiler
Legitimate expectations in international investment law
ÖZGÜR OCAKHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
HukukGalatasaray ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERK DEMİRKOL