Development of a home-built light sheet fluorescence microscope for cleared tissue imaging
Şeffaflaştırılmış doku görüntülemesi için ışık tabakası floresans mikroskobu geliştirilmesi
- Tez No: 611876
- Danışmanlar: PROF. DR. ALPER KİRAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Bilgisayarlı görüntüleme, Üç boyutlu görüntüleme, Computer imaging, Three dimensional imaging
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Işık tabakası floresans mikroskopisi, konfokal mikroskop ve yansıma floresans mikroskop yöntemlerine nazaran çeşitli yararları nedeniyle biyomedikal alanı gibi yaşam bilimlerinde sıkça uygulanan bir görğntüleme yöntemi haline gelmiştir. LSFM yöntemi aydınlatma için odaklanmış bir nokta yerine dar bir ışık çizgisi kullanıldığından tahribatsız bir tekniktir bu da geniş görüş alanlı hızlı görüntüleme sağlamaktadır ve fotoışıldama bozulması etkisi de azalır. Bu çalışmada ticari olarak erişilebilir donanımlar kullanarak kendi labaratuvarımızda yaptığımız LSFM doku görüntüleme düzeneğinin gelişimini tanıtıyoruz. LSFM için silindirik mercek kullanarak ince bir lazer ışığı tabakası oluşturmak gerekir. Ornek bu ışık tabakası boyunca taranır böylece örnek düzlemleri seçime bağlı olarak aydınlatılır. Ornek düzlemlerinin seçime bağlı olarak aydınlatılması, istenilen odak düzlemlerinde tercihe bağlı floresan uyarılmasına imkan verir. Orneğin üç boyutlu görüntüsü bu seçili düzlemler kullanılarak elde edilir. LSFM düzeneği“Open Access Platform for Selective Plane Illumination Microscopy”isimli açık kaynak platformundan yararlanılarak yapılmıştır. Görüntüleme için kullandığımız örnek, floresan boya ile boyanmış şeffaflaştırılmış dokudur. Örneği dalga boyu 525 nm olan birkaç lazer kaynağı ile aydınlatabilmek için SHG yöntemiyle Coherent Chameleon ayarlanabilir lazer ve diyot lazeri kullanılmıştır. Üç boyutlu görüntülerr ise Fiji ImageJ yazılımı vasıtasıyla daha önce görüntülenen düzlemlerin birleştirilmesiyle oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
Light sheet fluorescence microscopy has become a popular technique for life sciences such as biomedical studies due to its advantages compared to confocal and epifluorescence microscopy. LSFM is a non-destructive technique using a narrow line of light; instead of a focused spot, for the illumination and it allows fast imaging with large field of view and reduced photobleaching effect. In this study, we present development of a home-built LSFM for cleared tissue imaging set-up with commercially available equipment. LSFM involves formation of a thin sheet of laser light using a cylindrical lens. The sample is scanned along the light sheet; thus the sample planes are selectively illuminated. The selective illumination of the sample allows for selective fluorescent excitation at desired focal planes. Besides three-dimensional image of the sample is acquired by the reconstruction of selected planes. The LSFM has been built utilizing Open Access platform for Selective Plane Illumination Microscopy. The sample was a stained cleared tissue with fluorescent tagged secondary antibodies. In order to illuminate the sample, several laser sources with a wavelength of 525 nm was used for example a Coherent Chameleon tunable laser with an SHG and a diode laser. Three-dimensional images were reconstructed from the imaged planes using the Fiji ImageJ software.
Benzer Tezler
- Trombe duvarlı pasif sistemlerde hava kanalının sayısal incelenmesi
Numerical simulation of trombe wall channel
TUĞBA DURMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER EĞRİCAN
- The role of human-centered designer in a multinational company through innovative product development for African bop communities
Afrikanın düşük gelirli toplulukları için yenilikçi ürün geliştirme sürecinde çokuluslu bir şirketteki insan-odaklı tasarımcının rolü
HANDE IŞIK TOSUN
Doktora
İngilizce
2020
Endüstri Ürünleri TasarımıOrta Doğu Teknik ÜniversitesiEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAZ A. G. Z. BÖREKÇİ
- Yüksek yapılarda cephe gelişimi ve giydirme cepheler
Facade development and process of tall building and cladding systems
A.TÜLAY YAMAN
- Küçük bir hidroponik sistem için pH ve EC izleme ve otomatik aydınlatma takip sistemi geliştirilmesi
Development of a pH and EC monitoring and automatic lighting tracking system for a small hydroponic system
EMRE AKBULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilim ve TeknolojiBursa Uludağ ÜniversitesiBiyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK ARSLAN