Geri Dön

Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing

Mantle hücreli lenfomalarda özgün tanı, prognoz belirteci veya tedavi hedefi olma potansiyeline sahip uzun kodlamayan RNA'ların tüm transkriptom dizi analizi yoluyla belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 613792
  2. Yazar: DENİZ KURŞUN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Mantle hücreli lenfoma (MCL), sürekli nüks paterni ve sadece 3-5 yıl ortanca sağkalım ile tedavi edilemeyen bir lenfoid neoplazmı olarak kabul edilen B hücreli Hodgkin olmayan lenfoma alt türüdür (NHL). Bu nedenle, MCL hastalarının tedavisinin optimize edilmesi ve prognozlarının iyileştirilebilmesi için MCL patolojisinin aydınlatılarak yeni biyobelirteçlerin keşfedilmesi ve tedavi hedeflerinin belirlenmesi gerekmektedir.Uzun kodlayıcı olmayan RNA'ların (lncRNA'lar) birçok kanserin gelişimine katkı koyduğu ve bazılarının yeni biyobelirteçler olarak kullanıldığı gösterilmiştir. Bununla birlikte, MCL patogenezi ve prognozu ile ilgili çok az sayıda lncRNA literatürde rapor edilmiştir. Bu çalışmada, tüm transkriptom dizilime yoluyla MCL'de yeni tanısal, prognostik biyobelirteçler veya terapötik hedefler olma potansiyeli olan lncRNA'ları belirlemeyi amaçladık. 18 MCL numunesinin lncRNA'sını ve ayrıca mRNA ekspresyon profilini inceledik ve 3 kontrol numunesi ile karşılaştırıldık. Toplamda 1149 anlamlı şekilde farklı şekilde eksprese edilen lncRNA'lar belirledik. Belirlenen bu lncRNA'lardan 322 tanesi upregüle, 827 tanesi ise kontrol örneklere göre downregüle olmuştu. MCL hasta tümor numunelerindeki bazı seçili lncRNA'ları –WTS sonuçlarının çapraz validasyonu amacıyla- qRT-PCR ile analiz ettik. Farklı şekilde ekprese edilen genleri yorumlamak için yolak analizi gerçekleştirdik ve upregüle edilmiş mRNA'ların çoğunlukla anjiyogenez ve kanserdeki yolaklarla ilişkili olduğunu gözlemledik. AC210983.1, LINC01268, PWRN2, MAGI1-IT1 lncRNA'ların ve SOX11, EZH2 ve IL33 mRNA'ların MCL prognozunu belirleyebilecek transkript seviyelerini ROC eğrisi analizi ile inceledik. Kaplan Meier eğrileri, P değeri anlamlı değildi (P > 0.05). Bununla birlikte, bu çalışmamız, MCL hasta prognozunda anlamlı şekilde farklı şekilde eksprese edilen lncRNA'ların ve mRNA'ların, artan numune sayısı ve fonksiyonel analizlerle daha fazla araştırılması gereken potansiyel değerini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Mantle cell lymphoma (MCL) is a B-cell non-Hodgkin's lymphoma (NHL) which is considered as an incurable lymphoid neoplasm with a continuous relapse pattern and a median survival of only 3-5 years. Therefore, there is an urgent need to elucidate the MCL disease pathobiology and identify novel biomarkers and therapeutic target in order to optimize the treatment and improve the prognosis of MCL patients. Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been shown to involve the development of many cancers and some of them are used as novel biomarkers. However, there are very few reports of lncRNAs that are related to the MCL pathogenesis and prognosis. In this study, we aimed to identify lncRNAs that have the potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in MCL through whole-transcriptome sequencing. We examined the lncRNA and also mRNA expression profile of 18 MCL samples and compared with 3 control samples. A total of 1149 significantly differentially expressed lncRNAs were detected with 322 of lncRNAs upregulated and 827 of lncRNAs downregulated in MCL. We analyzed some selected lncRNAs in MCL patient tumor samples - for cross-validation of WTS results - by qRT-PCR. We also performed pathway analysis to interpret the differential expression data. And we found that upregulated mRNAs were mainly involved in angiogenesis and pathways in cancer. We examined the diagnostic value of differentially expressed AC010983.1, LINC01268, PWRN2, MAGI1-IT1 lncRNAs and SOX11, EZH2 and IL33 mRNAs by ROC curve analysis. Despite a high area under the curve value of selected transcripts, according to the log-rank test of Kaplan Meier curves, p values were not significant ( P > 0.05). However, our present study showed the potential value of significantly differentially expressed lncRNAs and mRNAs on MCL patient prognosis which should be further investigated with increased sample number and functional assays.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    472887

    Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer

    Östrojen reseptörü alfa pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini kıran uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi

    HİLAL BAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. ÖZGÜR ŞAHİN

  2. Tez No

    873997

    Kolon poliplerinde ve kolon adenokanserlerinde uzun kodlamayan RNA'ların ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması

    Comparison of expression levels of long non-coding RNAs in colon polyps and colon adenocarcinomas

    SAMET EBİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA GÜZEL TANOĞLU

  3. Tez No

    810193

    Prostat kanserinde rol oynayan potansiyel mrna:mirna:lncrna' ların etkileşim ağının biyoinformatik analizler ile belirlenmesi

    Identification of potential mrnas:mirnas:lncrnas network involved in prostate cancer by bioinformatics analysis

    ÇAĞDAŞ AKTAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilim ve TeknolojiEge Üniversitesi

    Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BUKET KOSOVA

  4. Tez No

    857021

    Identification of expression levels of transcripts in tumors and tumor microenvironment and investigation of their relationship to clinical characteristics in diagnostic mantle cell lymphoma cases

    Tanısal mantle hücreli lenfoma olgularında tümör ve tümör mikroçevresindeki transkript ifadelerinin tüm transkriptom analizleri aracılığıyla belirlenmesi ve klinik karakteristiklerle ilişkilerinin araştırılması

    ESRA ESMERAY SÖNMEZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK

  5. Tez No

    538625

    Identification and annotation of putative long noncoding RNAs involved in mesenchymal-epithelial transition

    Mezenkimal epitelyal dönüşümde yer alan olası uzun protein kodlamayan RNAların tanımlanması ve anotasyonu

    DOĞA ESKİER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

    YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ

Geri Dön