Kı̇stı̇k ekı̇nokokkozı̇sli hastalarda dolaşımdaki miRNA (let-7, MİR-71 ve mir-10)'ların kist evrelerine göre araştırılması
Investigating of circulating miRNAs (LET-7, MİR-71, MİR-10) according to cyst stages in patients with cystic echinococcosis
- Tez No: 635480
- Danışmanlar: PROF. DR. NAZMİYE ALTINTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Kistik ekinokokkozis (KE), Echinococcus granulosus' un larval formunun başta karaciğer olmak üzere çeşitli organlarda kistler oluşturduğu önemli bir paraziter hastalıktır. Ara konak olan insanlarda çoğunlukla asemptomatik olarak seyretmekte, yerleştiği organa göre spesifik olmayan klinik semptomlar gösterebilmektedir. Hastalığın tanısında direkt inceleme, radyolojik görüntüleme, serolojik ve moleküler yöntemlerden yararlanılmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), kist tiplerini ultrasonografik görüntülerin morfolojilerine dayanarak CE1'den CE5'e kadar sınıflandırmıştır. Bu sınıflandırma kistin aktifliği ve hastanın klinik yönetimi açısından önemlidir. MikroRNA'lar (miRNA), translasyonu inhibe ederek veya transkripsiyonu manipüle ederek hedef genlerin ekspresyonunu düzenleyen 18-22 nükleotid uzunluğunda RNA'lardır. miRNA'lar metabolik aktiviteler, hücre farklılaşması ve apoptozisi gibi biyolojik süreçlerde önemli bir rol oynamaktadır. Yapılan çalışmalarda miRNA'ların serum ve plazmada stabil olarak bulundukları gösterilmiştir. Bu özellik miRNA'lara hastalıkların erken tanısında ve hastanın takibinde biyobelirteç olarak kullanılması açısından önemli rol kazandırmıştır. Çalışmamızda literatür araştırmalarına göre E.granulosus'da daha önce saptanmış miRNA'lardan 3'ünün (egr-let-7, egr-miR-71 ve egr-mir-10) KE'li hastaların kan örneklerinde araştırılması ve kist tiplerine göre karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmamıza KE tanısı almış (n:50) ve ultrasonografik muayenede kist sınıflandırması yapılmış hastalar dahil edilmiştir. Sağlıklı kontrol grubuna (n:20) KE açısından herhangi bir klinik göstermeyen ve kendini iyi hisseden gönüllü bireyler dahil edilmiştir. Tüm hastalardan ve gönüllü bireylerden onam formları imzalatılarak kan örnekleri alınmıştır. Serolojik yöntemlerle hasta ve sağlıklı kontrol grubu serum örnekleri, ELISA ve Western Blot (WB) ile değerlendirilmiştir. Daha sonra miRNA analizi için, tüm örneklerin plazmalarından total RNA izolasyonları gerçekleştirilmiş Reverse Transkriptsiyonla cDNA'ya çevrilmiştir. Kantitatif Real Time PCR (qRTPCR) yöntemi kullanılarak hedef 3 miRNA'nın amplfikasyonlarına göre Ct (cycling threshold=eşik döngüsü) değerleri tespit edilmiştir. Normalizasyonu için referans gen IV (housekeeping gene) olan U6 snRNA kullanılmıştır (ΔCT). Hasta grubunun ekspresyon seviyeleri, sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırılarak 2 -ΔΔCT yöntemine göre hesaplanmıştır. Elde edilen bulguların kist sınıflandırmalarına göre karşılaştırılması istatistiksel olarak analiz edilmiştir. KE'li hasta grubu örneklerini, yerleşim yerlerine göre 10 farklı ilden (İzmir, Manisa, Balıkesir, Muğla, Aydın, Kütahya, Denizli, Isparta, Uşak ve Çanakkale) Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran hastalar oluşturmuştur. Bunların 31'i (%62) kadın, 19'u (%38) erkek olup yaşları 8-73 arasında (ort:40,7 ±18,65) değişmektedir. ELISA sonuçlarına göre 41 (%82) örnek ELISA ile pozitif tespit edilmiştir. Ancak 2 (%4) örnek eşik değerde, 7 (%14) örnek negatif olarak bulunmuştur. WB yöntemiyle hasta grubu örneklerinin doğrulaması gerçekleştirilmiştir. Sağlıklı kontrol grubu örnekleri ELISA ve WB yöntemiyle KE açısından negatif tespit edilmiştir. qRT-PCR yöntemi ile hasta örneklerinde egr-let-7, egr-miR-10 ve egr-miR-71 için sırasıyla 27 (%54), 5 (%10) ve 13 (%26)'ünde amplifikasyon tespit edilmiştir. Sağlıklı kontrol grubunda herhangi bir amplifikasyon tespit edilmemiştir. İstatistiksel olarak miRNA ekspresyon seviyelerinde hasta grubunun, sağlıklı kontrollere göre karşılaştırılmasında egr-let-7, egr-miR-10 ve egrmiR- 71'de anlamlı fark bulunmuştur (p
Özet (Çeviri)
Cystic echinococcosis (CE) is an important parasitic disease which the larval form of Echinococcus granulosus causes cysts in various organs, especially in the liver. It is usually asymptomatic in human who are intermediate hosts. In the diagnosis of the disease, direct examination, radiological imaging, serological and molecular methods are used. World Health Organization (WHO) has classified cyst stages from CE1 to CE5 based on the morphology of ultrasonographic images. This classification is important for the cyst's activity and clinical management of the patients. MicroRNAs (miRNAs) are 18-22 nucleotide length RNAs and they regulate the expression of target genes by inhibiting translation or manipulating transcription. miRNAs play an important role in biological processes such as metabolic activities, cell differentiation and apoptosis. Current studies have shown that miRNAs are stable both in serum and plasma. This feature has given miRNAs an important role in early diagnosis of disease and to use as a biomarker for follow-up. In our study, it was aimed to detect 3 miRNAs (egr-let-7, egr-miR-71 and egr-miR-10), which are previously discovered according to literature research in E.granulosus, in blood samples of patients with CE and to compare them according to cyst stages. In this study, 50 patients who were diagnosed with CE and had cyst classification by ultrasonographic examination were included. The healthy control group (n: 20) consists of volunteer individuals who do not show any clinical symptoms and in good health in terms of CE. Blood sampling were taken after consent forms were signed by all patients and volunteers. Serum samples of patients and healthy control group were evaluated serologically by ELISA and Western Blot (WB). Then, total RNA isolations were performed from the plasma of all samples and converted to cDNA by Reverse Transcription for miRNA analysis. Ct (cycling threshold) values were determined according to the amplification of the target 3 miRNAs using quantitative Reverse Transcription PCR (qRT-PCR) method. U6 snRNA, the housekeeping gene, was used for normalization (ΔCT). The expression levels of the patient group and the healthy control group were compared and calculations were performed by using 2 -ΔΔCT method. The results were compared to cyst classifications and analyzed statistically. VI Patients with CE who attended to Ege University Medical School Hospital came from 10 different cities (İzmir, Manisa, Balıkesir, Muğla, Aydın, Kütahya, Denizli, Isparta, Uşak and Çanakkale) according to their settlements. Thirty-one of them (62%) were women and 19 (38%) were men and their ages vary between 8-73 (mean: 40.7 ± 18.65). According to ELISA findings, 41 (82%) samples were found to be positive. However, 2 (4%) samples were detected at threshold and 7 (14%) samples were found to be negative. Confirmation of patient group samples was carried out with the WB method. Healthy control group samples were all negative both ELISA and WB in terms of CE. Amplification was detected in 27 (54%), 5 (10%) and 13 (26%) for egr-let-7, egr-miR- 10 and egr-miR-71, respectively with qRT-PCR method. No amplification was detected in the healthy control group. A statistically significant difference was found in egr-let-7, egr-miR-10 and egr-miR-71 expression levels in comparison of the patient group and healthy controls (p
Benzer Tezler
- Kistik ekinokokkozisli hastalarda oksidatif stres: Oksidan ve antioksidan parametreler arasındaki ilişki
Oxidative stres in patients with cystic echinococcosis: Relationship between oxidant and antioxidant parameters
DİLARA ERSAYİT
- Kistik ekinokokkozisli hastaların serolojik tanısında iha, elısa ve immunokromotografik yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of iha, elisa and immunochrotographic methods in the diagnosis of patients with cystic echinococcis
TUĞBA TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA ESENKAYA TAŞBENT
- Kistik ekinokokkozis'li hastalarda serolojik sonuçların genotip ilişkisinin dizi analizi sonuçları ile karşılaştırılarak araştırılması
Investigation of the serological results of cystal ecnococcosy in patients with the genotype relationship between serial analysis results
ÖZLEM TÜRKÜM
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ
PROF. DR. NAZMİYE ALTINTAŞ
- Preanalitik süreçte sıcaklık ve zamanın anti-echinococcus granulosus antikor titreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of temperature and time on anti-echinococcus granulosus antibody titers in the preanalytical process
BURCU AĞACIKOĞULLARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ParazitolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM MİMAN
- Kistik ekinokkozisli hastalarda adenozin deaminaz, 5'nükleotidaz aktiviteleri, total antioksidan kapasite ve total oksidan seviyelerinin birlikte değerlendirilmesi ve oksidatif stres indeksinin ortaya konulması
Investigation of adenosine deaminase, 5'nucleotidase activities and evaluation of total antioxidative capacity and total oxidant levels together and putting the oxidative stress index value in patients with cystic echinococsis
SAADET KOÇ ENGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyokimyaErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESER KILIÇ