Geri Dön

Evaluation of multiplex PCR platform for screening carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae from rectal swabs

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 641829
  2. Yazar: THOWIBA YOUSIF JAMEEL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Biology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, BD MAX, PCR, blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaVIM, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Carbapenem Resistance, Klebsiella pneumoniae, BD MAX, PCR, blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaVIM, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Carbapenem Resistance
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu araştırmanın amacı, Klebsiella pneumoniae'yi teşhis etmek için en uygun, en hızlı ve doğru yöntemleri bulmak ve hastanede yatan hastalardan alınan 48 rektal sürüntüden izole edilen bu bakterilerde karbapenem direncinin varlığını araştırmaktır. Bu çalışma Erciyes Üniversitesi Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Klebsiella pneumoniae tanısı ve tespiti için geleneksel rutin kültürel yöntemler BD MAX gerçek zamanlı PCR sistemi ile karşılaştırıldı. BD MAX kontrol noktası CPO test kiti kullanılarak beş karbapenem direnç geni (blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP and blaVIM) incelenmiştir. Rektal swap örneklerinden bakteri kültürleri için Chromagar KPC ve MacConkey agar kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık testi (AST) için 10 μg Ertapenem, Imipenem ve Meropenem disklerle disk difüzyon yöntemi kullanıldı. MİK tayini için Phoenix sistemi kullanılırken, Klebsiella pneumoniae tanımlaması için biyokimyasal testler yapıldı. BD MAX sistemini kullanarak 48 izolattan 29'unun yukarıda belirtilen 5 direnç geni ile pozitif sonuç verdiğini, 29'unun 28'inin biyokimyasal testler sonucunda Klebsiella pneumoniae olduğunu belirledik. Bu gen kombinasyonlarının dağılımına bakıldığında, toplam 28 Klebsiella pneumoniae izolatından 17'sinin (% 58.62) blaOXA-48 pozitif sonuç verdiği görüldü. blaOXA-48 ve blaNDM genlerini bir arada taşıyan izolat sayısı (blaOXA-48 + blaNDM 4 (% 13.79), (blaOXA-48 + blaVIM / blaIMP) sayısı 3 (% 10.34), (blaOXA-48 + blaNDM + blaVIM / blaIMP) gen kombinasyonunu taşıyan izolatların sayısındaki gibidir. 1 (% 3,45) izolatta sadece bir blaNDM geni tespit edilmiştir. Direnç genleri açısından taranan izolatların hiçbirinde blaKPC geni gözlenmedi. Phoenix BD sistemi ile 28 Klebsiella pneumoniae pozitif izolatından 10'unun 19 farklı antibiyotiğe dirençli olduğu ve çoklu ilaç direnci gösterdiği de gösterilmiştir. Bulgularımız, BD MAX CPO testinin kullanıma uygun olduğunu, yüksek doğrulukta ve kısa sürede karbapenemaz genlerinin hızlı tespitini sağladığını ve hızlı tanı ve tespit yoluyla antibiyotik direncinin yayılmasını azaltmaya yardımcı olduğunu göstermiştir. Ancak rutin laboratuvarlarda diğer antibiyotik direnç mekanizmalarının belirlenmesinde yetersiz kaldığı görülmüştür. Bu çalışma, Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından FYL-2019-9331 proje kodu ile desteklenmiştir.

Özet (Çeviri)

The purpose of this research is to find the optimal, fastest, and accurate methods for diagnosing Klebsiella pneumoniae, and to investigate the presence of carbapenem resistance in these bacteria isolated from 48 rectal swabs that have taken from hospitalized patients. This study was conducted at Central Microbiology Laboratory of Erciyes University Hospital. For the diagnosis and detection of Klebsiella pneumoniae, traditional routine cultural methods were compared with BD MAX real-time PCR system. Five carbapenem resistance genes (blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP and blaVIM) were investigated using the BD MAX checkpoint CPO assay kit. Chromagar KPC and MacConkey agar were used for bacterial cultures from rectal swap samples. Disk diffusion method with 10 μg Ertapenem, Imipenem and Meropenem discs were used for the antibiotic susceptibility test (AST). While Phoenix system was used for MIC determination, biochemical tests were performed for Klebsiella pneumoniae identification. By using BD MAX system, we have determined that 29 out of 48 isolates gave positive results with above mentioned 5 resistance genes, 28 out of 29 were determined to be Klebsiella pneumoniae after the biochemical tests. When considering the distribution of these gene combinations, it was observed that 17 (58.62%) out of a total of 28 Klebsiella pneumoniae isolates gave blaOXA-48 positive results. The number of isolates carrying the blaOXA-48 and blaNDM genes together (blaOXA-48 + blaNDM) was found to be 4 (13.79%), while the number of (blaOXA-48 + blaVIM / blaIMP) was 3 (10.34%), as it's like in the number of isolates carrying the (blaOXA-48 + blaNDM + blaVIM / blaIMP) gene combination. Only one blaNDM gene was detected in 1 (3.45%) isolate. No blaKPC gene was observed in any of the isolates that were screened for resistance genes. It was also demonstrated with the Phoenix BD system that 10 of the 28 Klebsiella pneumoniae positive isolates were resistant to 19 different antibiotics and showed multi-drug resistance. Our findings have shown that the BD MAX CPO assay is suitable for use, providing rapid detection of carbapenemase genes with high accuracy and in a short time, which helps reduce the spread of antibiotic resistance through rapid diagnosis and detection. However, on the other hand, it has been observed to be insufficient in determining other antibiotic resistance mechanisms in routine laboratories.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    635394

    Evaluation of multiplex PCR platform for vancomycin resistance enterococci (VRE) from rectal swabs

    Rektal swablardan vankomisin dirençli enterokok (VRE) için multipleks PCR platformunun değerlendirilmesi

    FATIMAH NAMEER SHABAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ

    PROF. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY

  2. Tez No

    1005866

    Quantitative evaluation of the effect of mxenes on the expression of 429-microrna in colorectal cancer

    Kolorektal kanserde mikrorna-429 ekspresyonu üzerine mxenlerin etkisinin kantitatif olarak değerlendirilmesi

    NEWSHA MIR BABAIE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV

  3. Tez No

    748069

    Solunum semptomları olan çocuklarda solunum yolu multiplex PCR testinin değerlendirilmesi

    Evaluation of respiratory multiplex PCR test in children with respiratory symptoms

    FATMA KANAT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VELAT ŞEN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NİDA ÖZCAN

  4. Tez No

    872278

    0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi

    Evaluation of gastroenteritis causes in the 0-17 age group by multiplex PCR method

    MERVE KAYABAŞ ACUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL

  5. Tez No

    874461

    Çocuk yoğun bakım ünitesine yatan hastaların solunum yolu multiplex pcr sonuçlarının incelenmesi

    Evaluation of respiratory tract multiplex pcr results in pediatric intensive care unit patients

    MEHMET FATİH AYBAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜRKAN ATAY

Geri Dön