Evaluation of multiplex PCR platform for screening carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae from rectal swabs
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 641829
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Biology, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, BD MAX, PCR, blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaVIM, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Carbapenem Resistance, Klebsiella pneumoniae, BD MAX, PCR, blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaVIM, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Carbapenem Resistance
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
Bu araştırmanın amacı, Klebsiella pneumoniae'yi teşhis etmek için en uygun, en hızlı ve doğru yöntemleri bulmak ve hastanede yatan hastalardan alınan 48 rektal sürüntüden izole edilen bu bakterilerde karbapenem direncinin varlığını araştırmaktır. Bu çalışma Erciyes Üniversitesi Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Klebsiella pneumoniae tanısı ve tespiti için geleneksel rutin kültürel yöntemler BD MAX gerçek zamanlı PCR sistemi ile karşılaştırıldı. BD MAX kontrol noktası CPO test kiti kullanılarak beş karbapenem direnç geni (blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP and blaVIM) incelenmiştir. Rektal swap örneklerinden bakteri kültürleri için Chromagar KPC ve MacConkey agar kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık testi (AST) için 10 μg Ertapenem, Imipenem ve Meropenem disklerle disk difüzyon yöntemi kullanıldı. MİK tayini için Phoenix sistemi kullanılırken, Klebsiella pneumoniae tanımlaması için biyokimyasal testler yapıldı. BD MAX sistemini kullanarak 48 izolattan 29'unun yukarıda belirtilen 5 direnç geni ile pozitif sonuç verdiğini, 29'unun 28'inin biyokimyasal testler sonucunda Klebsiella pneumoniae olduğunu belirledik. Bu gen kombinasyonlarının dağılımına bakıldığında, toplam 28 Klebsiella pneumoniae izolatından 17'sinin (% 58.62) blaOXA-48 pozitif sonuç verdiği görüldü. blaOXA-48 ve blaNDM genlerini bir arada taşıyan izolat sayısı (blaOXA-48 + blaNDM 4 (% 13.79), (blaOXA-48 + blaVIM / blaIMP) sayısı 3 (% 10.34), (blaOXA-48 + blaNDM + blaVIM / blaIMP) gen kombinasyonunu taşıyan izolatların sayısındaki gibidir. 1 (% 3,45) izolatta sadece bir blaNDM geni tespit edilmiştir. Direnç genleri açısından taranan izolatların hiçbirinde blaKPC geni gözlenmedi. Phoenix BD sistemi ile 28 Klebsiella pneumoniae pozitif izolatından 10'unun 19 farklı antibiyotiğe dirençli olduğu ve çoklu ilaç direnci gösterdiği de gösterilmiştir. Bulgularımız, BD MAX CPO testinin kullanıma uygun olduğunu, yüksek doğrulukta ve kısa sürede karbapenemaz genlerinin hızlı tespitini sağladığını ve hızlı tanı ve tespit yoluyla antibiyotik direncinin yayılmasını azaltmaya yardımcı olduğunu göstermiştir. Ancak rutin laboratuvarlarda diğer antibiyotik direnç mekanizmalarının belirlenmesinde yetersiz kaldığı görülmüştür. Bu çalışma, Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından FYL-2019-9331 proje kodu ile desteklenmiştir.
Özet (Çeviri)
The purpose of this research is to find the optimal, fastest, and accurate methods for diagnosing Klebsiella pneumoniae, and to investigate the presence of carbapenem resistance in these bacteria isolated from 48 rectal swabs that have taken from hospitalized patients. This study was conducted at Central Microbiology Laboratory of Erciyes University Hospital. For the diagnosis and detection of Klebsiella pneumoniae, traditional routine cultural methods were compared with BD MAX real-time PCR system. Five carbapenem resistance genes (blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP and blaVIM) were investigated using the BD MAX checkpoint CPO assay kit. Chromagar KPC and MacConkey agar were used for bacterial cultures from rectal swap samples. Disk diffusion method with 10 μg Ertapenem, Imipenem and Meropenem discs were used for the antibiotic susceptibility test (AST). While Phoenix system was used for MIC determination, biochemical tests were performed for Klebsiella pneumoniae identification. By using BD MAX system, we have determined that 29 out of 48 isolates gave positive results with above mentioned 5 resistance genes, 28 out of 29 were determined to be Klebsiella pneumoniae after the biochemical tests. When considering the distribution of these gene combinations, it was observed that 17 (58.62%) out of a total of 28 Klebsiella pneumoniae isolates gave blaOXA-48 positive results. The number of isolates carrying the blaOXA-48 and blaNDM genes together (blaOXA-48 + blaNDM) was found to be 4 (13.79%), while the number of (blaOXA-48 + blaVIM / blaIMP) was 3 (10.34%), as it's like in the number of isolates carrying the (blaOXA-48 + blaNDM + blaVIM / blaIMP) gene combination. Only one blaNDM gene was detected in 1 (3.45%) isolate. No blaKPC gene was observed in any of the isolates that were screened for resistance genes. It was also demonstrated with the Phoenix BD system that 10 of the 28 Klebsiella pneumoniae positive isolates were resistant to 19 different antibiotics and showed multi-drug resistance. Our findings have shown that the BD MAX CPO assay is suitable for use, providing rapid detection of carbapenemase genes with high accuracy and in a short time, which helps reduce the spread of antibiotic resistance through rapid diagnosis and detection. However, on the other hand, it has been observed to be insufficient in determining other antibiotic resistance mechanisms in routine laboratories.
Benzer Tezler
- Evaluation of multiplex PCR platform for vancomycin resistance enterococci (VRE) from rectal swabs
Rektal swablardan vankomisin dirençli enterokok (VRE) için multipleks PCR platformunun değerlendirilmesi
FATIMAH NAMEER SHABAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ
PROF. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
- Yoğun bakımda solunum semptomları olan hastalarda solunum yolu multipleks PCR testinin değerlendirilmesi
Evaluation of airway multiplex PCR test in patients with respiratory symptoms in intensive care unit
FERAT ELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDicle ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA TAŞKESEN
- 0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Evaluation of gastroenteritis causes in the 0-17 age group by multiplex PCR method
MERVE KAYABAŞ ACUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
- Merkezi sinir sistemi enfeksiyonu ön tanısı ile izlenen hastalardaki etkenlerin dağılımı ve beyin omurilik sıvısı multipleks PCR panelinin klinik yararlılığının değerlendirilmesi
Distribution of microorganisms in patients followed up with a diagnosis of central nervous system infection and evaluation of clinical usefulness of Cerebrospinal fluid multiplex PCR panel
ELİF ÖZGE DAMAR MIDIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE BATIREL
- Çocuk yoğun bakım ünitesine yatan hastaların solunum yolu multiplex pcr sonuçlarının incelenmesi
Evaluation of respiratory tract multiplex pcr results in pediatric intensive care unit patients
MEHMET FATİH AYBAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜRKAN ATAY