Tanin-prolin etkileşimlerinin model sistemler üzerinde hesapsal olarak incelenmesi
Computational investigation of tannin-proline interactions on model systems
- Tez No: 650272
- Danışmanlar: PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU, PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Bu tezde, taninler ile prolince-zengin proteinlerin etkileşimi sonucu protein agregatlaşmasına neden olması ve bu etkileşime etki eden parametrelerle ilgili moleküler modelleme yöntemleriyle yapılmış incelemelerin sınırlı sayıda olması bu alana yönelme konusunda belirleyici olmuştur. Literatürdeki deneysel araştırmalarca ortaya konan tanin-PRP etkileşiminde baskın olarak hidrofobik etkileşim gösterdiği bulgulanmıştır. Bunun üzerine bu etkileşimde etkileşimin moleküler modelleme yöntemleriyle incelenmesi için etkileşimde rol alan monomerlerin saptanması ve bunların optimize işlemleri DFT yöntemi kullanılarak yapıldı. Daha sonrasında optimize olan gallik asit anyonu ve zwitterionik L-prolinin sulu fazda ωB97XD/6-311++G(d,p) seviyesinde optimizasyonları yapılarak etkileşimde baskın olan kovalent olmayan etkileşimlerin karakteristikleri belirlendi. Bu çalışmada elde edilen verilerin yorumlanmasıyla van der Waals, zayıf hidrojen bağı (moleküller arası, molekül içi) ve sterik etkileşimler gibi etkileşimleri belirgin olarak sergilediği sonucuna varıldı
Özet (Çeviri)
The interactions of tannins and prolin-rich protein cause protein aggregation. The parameters that affect those interactions are rarely investigated by molecular modeling methods which is the main motivation of this dissertation. Experimental researches in the literature have shown that the main interactions between tannin-PRP interaction are hydrophobic interactions. In order to investigate those interactions with molecular modeling methods, the monomers involved have been optimized by DFT method. Afterwards, optimized gallic acid anions and zwitterionic L-proline interactions have been optimized in water as the solvent at ωB97XD/6-311++G(d,p) level. Characteristics of main non-covalent interaction has been determined. By interpreting the calculated data, it is concluded that the interactions between gallic acid anion and L-proline zwitterion mainly consist of van der Waals, weak hydrogen bonding (either intermolecular or intramolecular), and steric interactions.
Benzer Tezler
- Fasulye (phaseolus Vulgaris L.cv. Terzi Baba) Bitkisinin soğuğa direnci üzerine bazı büyüme düzenleyicilerinin ve elementlerinin etkisi
The effect of some plant growth regulators and nutrition elements on the cold hardiness of bean seedlings (Phaseolus vulgari L.cv.Terzi Baba).
RAHMİ DUMLUPINAR
- Glycine max L. bitkisinde tuz stresi ile nitrik oksit arasındaki ilişki
The relationship between salt stres and nitric oxide in Glycine max L. seedings
ELİF AYTAMKA
- L-prolin graft edilmiş poli(HEMA) nanopolimerinin radyoaktif işaretlenmesi ve deney hayvanları üzerinde in vivo değerlendirilmesi
Radioactive labeling of L-proline-graft-poly (HEMA) nanopolymer and in vivo evaluation on experimental animals
TANER TÜRKYARAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
KimyaManisa Celal Bayar ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR AVCIBAŞI
- Şizofreni hastalarında prolin, prolidaz, prolin dehidrogenaz, reaktif oksijen türleri düzeylerinin araştırılması
Investigation of proline, prolidase, proline dehidrogenase, reactive oxygen species levels in schizophrenia
BURHAN ÇOBAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
PsikiyatriDicle ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET GÜNEŞ
- Multifunctional formate dehydrogenase fusion protein binds to gold surface with improved reaction kinetics
Altın yüzeye bağlanabilen çok yönlü format dehidrogenaz füzyon proteininin geliştirilmiş kinetik aktivitesi
DENİZ TANIL YÜCESOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN KARATAŞ
PROF. DR. CANDAN TAMERLER