Doğal ürünlerin moleküler modelleme yöntemleri yardımı ile etken madde olarak kullanılabilme potansiyellerinin incelenmesi
Investigation the usage potential of natural products as active agents by molecular modeling methods
- Tez No: 651638
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Tez çalışması kapsamında doğal ürünlerin ilaç etken maddesi olarak kullanılabilme potansiyellerinin moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, Natural Product Activity and Species Source (NPASS) kütüphanesinde yer alan fungal sekonder metabolitler derlenerek biyoaktif molekül olabilme potansiyellerine göre çeşitli kabul görmüş filtrelerden geçirilmiş ve 317 adet doğal ürün elde edilmiştir. Ardından 317 adet doğal ürün ve Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E) kütüphanesinde derlenmiş olan 83 adet protein yapısıyla“qvina”yazılımı kullanılarak docking simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Docking simülasyonları sonucunda elde edilen veriler incelenmiş, simülasyonların başarısını ortaya koymak için belirlenen kriterlere uygun 12 adet protein yapısı tespit edilmiştir. Bu proteinler arasından DUD-E kodları ANDR, HIVRT ve TGFR1 yapıları seçilerek“GROMACS”yazılımı yardımıyla MM/PBSA ve MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Ardından“g_mmpbsa”modülü ile TGFR1 protein yapısındaki amino asitlerin bağlanma enerjileri hesaplanarak bağlanma bölgesindeki amino asitlerin, belirlenen doğal ürün ve ligandlar üzerindeki bağlanmaya olan katkıları incelenmişir. Yapılan çalışmalar sonucunda TGR1 yapısında CHEMBL3577060 kodlu doğal ürünün etken madde olarak kullanılabilme potansiyelinin olduğu belirlenerek bu iki yapı arasındaki protein-ligand etkileşimleri ilk defa ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
Within the scope of the thesis study, it was aimed to investigate the potential of natural products to be used as pharmaceutical active agents by using molecular modeling methods. For this purpose, fungal secondary metabolites in the Natural Product Activity and Species Source (NPASS) library were compiled and various accepted filters were applied according to their potential to become bioactive molecules. As a result, 317 natural products were obtained. Then, docking simulations of 317 natural products and 83 protein structures compiled in the Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E) library were performed using the“qvina”software. The results of docking simulations were examined and 12 protein structures were obtained accordance with the criteria determined to demonstrate the success of the simulations. Among these proteins, DUD-E codes ANDR, HIVRT and TGFR1 structures were selected and MM / PBSA and MD simulations were performed by the“GROMACS”software. Then, the binding energies of amino acids in the TGFR1 protein structure are calculated by the“g_mmpbsa”module and the contribution of amino acids in the binding region to binding is examined. As a result of the studies, it was determined that the natural product with code CHEMBL3577060 has the potential to be used as an active agents for TGFR1 and the protein-ligand interactions between these two structures were revealed.
Benzer Tezler
- Piridazinon-üre türevi yeni bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktiviteleri üzerine çalışmalar
Studies on synthesis and biological activity of novel pyridazinon-urea derivatives
AROOJ BAKHT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEN BANOĞLU
- A study on the effect of pressure on in situ combustion kinetics of Bati Raman crude by conventional and isoconventional methods
Batı Raman petrolünün yerinde yanma kinetiğine basıncın etkisinin alışılagelmiş ve eşdönüşüm yöntemleri ile incelenmesi
EVANS ANTO-DARKWAH
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPetrol ve Doğal Gaz Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ÇINAR
- Preparation of urethane modified poly(styrene) based resin for removal of phenol
Fenol giderilmesi için poli(stiren) bazlı modifiye üretan reçinelerinin haırlanması
SİNEM ERKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHİRE FİLİZ ŞENKAL
- Development of novel biocatalysts for industrial applications
Endüstriyel uygulamalar için yeni biyokatalizörlerin geliştirilmesi
BARIŞ BİNAY
Doktora
İngilizce
2012
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
PROF. NICHOLAS JAMES TURNER
- Antitrombosit ilaç hedefleri için bazı fitokimyasalların in silico taraması
In silico screening of some phytochemicals for antiplatelet drug targets
SHABNAM POURHANAFI AHGANEH
